| mature miRNA: CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|30101523|gb|CB894354.1|CB894354 EST647146 HOGA Medicago truncatula cDNA clone HOGA-30N2, mRNA sequence CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AACCTATTAATGTGATTCATGCTATGGTTTCTTCATTTCACGCTATTAGTTAGTTAGATACTACGAAACACGAATGCTCCTCGGATTAGGTGTGTCATGGTGTTAGATACATATCGTGTCCGACACTGACACGACACCGATTACATTTAATTTTGTAATTTTTTCAGATTATTATTGGTGTCGACGTGTCCGTGTCATCTACTCTGTCTATGTCTGAGTTTCTGTTTCATAAGTCCGGATCTTTGGGTTTTTCTTTCTTGACAAAAAATTATTCAATATTTTCTTGTTTTCTAGTCATCATTTTGTTTTCTTACAGGATAATTATTAGGGTTTCATAGAGGTGGTAGTTAAAGAAAATTGTATATAATAGAACATATTAATGTGATTCATACTATGGTTTCTTCATTGCATGCTATTAGTAAGTTAGGGACTATGAAGCACAAATACTTCTCGGATTAGGCGTGTCCCGGTGTCAGATACATATTGTGTCCGGCACTGACACGACACCCATTACATTTAATTATGTGATTTTCTCAAATTATTATTGGTGTCGATGTGTCCGTGTCATATACAATGTCCATGTCCGAGTCCGTGCTTCATAAGTTAGGGATGGAATGAAACTAACACTTCGGGATCTTTGGGTTTTCTTGGATAGTGAAAGAGAAGAATTAATGGAGAGTGGCAAGAATCAGATCACTGAAGCTGGTTCACTTGGACACGGGGATATGATACATGTCAAGCTTCCCGGTGGCTCTTGGTGGCCTGCACAGGTTGTTAATGATGAGGCAATCCTTCAGAGCTTTCACCTAGA | |||||||||
gi|13606772|gb|BG588632.1|BG588632 EST490441 MHRP- Medicago truncatula cDNA clone pMHRP-57E15, mRNA sequence CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GATTTCTTCCCTGATTTCAGCTTCGGATCATCCCTAAACACCCGTATGGATTGGAGAGAGACACCGAGAGCTCATATTTGGAAGGTGGTGCTTCCTGGTTTACAAACGAAGATGTGTTTGTTGAGCTTCAAGATGAGAGAATGCTTCAGGTTAGTGTTGAGAGTGGTAATTTCATGAGTAGGTTTAAGATTCCTGATGATGGTAACCTTCAAGAGCTTAAAGCGAATATGGTTAATGGTGTTCTTGTTGTCACTGTTCCGAAGATTCAACAATCTTCTGGTTCTGGTGGGAGGAACATTAGGGTTGTTGAAATTGAAGGCACCGACTGAATGTGTATAATCTCTTCAGTTTGTTTCCTTAAATTGTGTCTATTTCAAATCATAGTATGTATATGTGTGTATGTATGTATGTATGTCTGTTCTTTTGGGATTTAAGTTTATTATTGTAGTGTGTTACCATGCTTCTATGTGCGTGTCTATTTCATATCACAATATATATGATATATAATAATAATAGTAATAATGAGTCTCTATGAAACACAAACAATCCTCGGATAATTGTGTCCTATTGTCGGA | |||||||||
gi|30101523|gb|CB894354.1|CB894354 EST647146 HOGA Medicago truncatula cDNA clone HOGA-30N2, mRNA sequence CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AACCTATTAATGTGATTCATGCTATGGTTTCTTCATTTCACGCTATTAGTTAGTTAGATACTACGAAACACGAATGCTCCTCGGATTAGGTGTGTCATGGTGTTAGATACATATCGTGTCCGACACTGACACGACACCGATTACATTTAATTTTGTAATTTTTTCAGATTATTATTGGTGTCGACGTGTCCGTGTCATCTACTCTGTCTATGTCTGAGTTTCTGTTTCATAAGTCCGGATCTTTGGGTTTTTCTTTCTTGACAAAAAATTATTCAATATTTTCTTGTTTTCTAGTCATCATTTTGTTTTCTTACAGGATAATTATTAGGGTTTCATAGAGGTGGTAGTTAAAGAAAATTGTATATAATAGAACATATTAATGTGATTCATACTATGGTTTCTTCATTGCATGCTATTAGTAAGTTAGGGACTATGAAGCACAAATACTTCTCGGATTAGGCGTGTCCCGGTGTCAGATACATATTGTGTCCGGCACTGACACGACACCCATTACATTTAATTATGTGATTTTCTCAAATTATTATTGGTGTCGATGTGTCCGTGTCATATACAATGTCCATGTCCGAGTCCGTGCTTCATAAGTTAGGGATGGAATGAAACTAACACTTCGGGATCTTTGGGTTTTCTTGGATAGTGAAAGAGAAGAATTAATGGAGAGTGGCAAGAATCAGATCACTGAAGCTGGTTCACTTGGACACGGGGATATGATACATGTCAAGCTTCCCGGTGGCTCTTGGTGGCCTGCACAGGTTGTTAATGATGAGGCAATCCTTCAGAGCTTTCACCTAGA | |||||||||
gi|157980000|gb|EX528272.1|EX528272 MTGland_A039_2007-06-29/MTGlandA039_G06_018_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACGGCCNGGGTGNCCTGCATCATGTGCGGGNNTCCTACATATTCCACTTTAGAAGATAAGGNGAAGATCAAAGGTGATATCCCTCATATTCCACTTTTAGATAGGTTTCTAACAAAGACTATATATCTGTAATGGGCCTAACCCTTCCCTGTAACCCCTCACTATGAAAGAAGATTTACAGCACTAGGTTGTCTTCGCTTTTCATTAGCAACAACAATTAATGGTAAGATCGTTAGTTATATACCTATCAACACCCTATGAAGCACAAACATTTCTCCATCTTCAAGAGTTGGGGTTCAAACACACTTTCTTCAGACAAAAACACCGGTATAACACATGCATAACACTCCTTACTAGGCGTCTGACTAAAAAAAAAATATATTTTTTATTGACATGGAAATGTGCCATACATGGCTAGGATACCTCTTGGACAATTCACCAATACTCAACTATGGGTTGAAAAATGTAGTATACAACTCTTATAAAAGAATTTTAATTTTGTTTTCAAAAAACTTTTGTTAATGTCAACTATACTCAACTATCCATGAATGGTTGAAATTGACTTCATTCATTCATACTCTTAACTAACAGCACCATATATATATGCATGCATATCTTGCCCCATTGTCACATATACATTAGACATTGTGTTGGTGTGTTTGTGTTGATGTCAGTACACATGTCTAGTGTGAGTTTTAGTCTGCAAAATTTGTGCTTTAATTTTAAATTNAAAAAGACAACAAATGTGTAAGTACAACTCATGATAAAAAGCAGCAAAGACNTTGATATGCTGCAAAGACTGANTANGANNAGTCCTGTAAGTACAACTCATATGANAAAAAACTGCAAGAAATTGATNTGCTGGGGNNNNGGNTTGNATCCNCNNCNCCCCACATCTTANCACNTAGTGTTCGTNAA | |||||||||
gi|148766155|gb|ES612849.1|ES612849 MTGland_A025_2007-05-07/MTGlandA025_D06_021_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCCAATAACAACTCCTTCTCCGGCTGTTTCAAATCCACCACTTTGAGACCATGCTCCTTGTGGCAGACCCAAAAATTGTGGAGTATGTGTAGTTGCAGTTCTAACAGAAAAATCCAAAACCACATTGGCAACTTCATTGCTCCATGATAGCCTTTCTGCCTTCATAATTCAGTAAATTCGAAAGTCAAGAATACATTTGTTAAAGCAAATGAAACAAAAATAAAATAAGGAAGTAGTAGTGTTGAACTATGTAGCACCAACACTTCTCATTAAAGACATGCATGGTGTCTGATACCGACGTGACATTGACAAGTGTGGTTATATTCAATTTTTCCGTTTTATTAAATTTTGACCGGTGTTAACCTGTTAGTGTCATGTTTGATGTCCATGTCTGTGTTAGTGTTTCATAGGTGCTAAAGTCAAATCATGAATACAAAATAAATAATAACAAACAAACATGTATACAGCATATGTCTATGGACATAATCATGATGCTGAAAACTATCATCATACCTGCTGTTGGGTAACAAGCACAGCAAATCCATTAATCAGGTAATGGTAGCTATAGAGCTTCAGATATTTCTCTCCTTTCAACACTTTCTTCAACAATGAATCGTGCACTCGGGTAACATATGAGCTAAATCTCCTATCCGTCTTTGTAATATTTGCATATCTAGAAAAAAGAGCAACAGCAATAGATTTCATAAACAAGCTTGAAATTGAGAAAAGTAAAGTA | |||||||||
gi|30102182|gb|CB895013.1|CB895013 EST647805 HOGA Medicago truncatula cDNA clone HOGA-33E18, mRNA sequence CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCATTCATGGATTTCCACTTCCCACTCCCTTCACCCATCACCAATTTCTTCCCTGATTTCAGCTTCGGATCATCCCTAAACACCCGTATGGATTGGAGAGAGACACCGAGAGCTCATATTTGGAAGGTGGTGCTTCCTGGTTTCACAAACGAAGATGTGTTTGTTGAGCTTCAAGATGAGAGAATGCTTCAGGTTAGTGTTGAGAGTGGTAATTTCATGAGTAGGTTTAAGATTCCTGATGATGGTAACCTTCAAGAGCTTAAAGCGAATATGGTTAATGGTGTTCTTGTTGTCACTGTTCCGAAGATTCAACAATCTTCTGGTTCTGGTGGGAGGAACATTAGGGTTGTTGAAATTGAAGGCACCGACTGAATGTGTATAATCTCTTCAGTTTGTTTCCTTAAATTGTGTCTATTTCAAATCATAGTATGTATATGTGTGTATGTATGTATGTATGTCTGTTCTTTTGGGATTTAAGTTTATTATTGTAGTGTGTTACCATGCTTCTATGTGCGTGTCTATTTCATATCACAATATATATGATATATAATAATAATAATAATAATGAGTATCTATGAAACACAAACAATCCTCGGATAATTGTGTCCTAGTGTCGGATACGTGTCGTGTCTAATATCTTCATCTGTGTCTGTGCTTCATAGGTGTGTATGTTTTTTTTAATCTATGTAATGTTATGTTATGTTAGACGCAAATATTGTATGTTTC | |||||||||
gi|260523433|gb|GT140262.1|GT140262 METCU65TF JCVI-MT3 Medicago truncatula cDNA 5', mRNA sequence CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGAACCAAACTCATTTGTTTCTTTCTTCTCATTTCTGTTGGTCCAACCCTTATTTTCAGTTTCATAATAATTATTATACAGCTACCCAAACCAAACCATGATGAAGCTTGAACATTCCTTGTTTCTTGGGACTTTGGCTCTGCTCTTAGCCACCTCTTTCTCATCAGATCCTGACTATCTTCAAGACCTCTGTGTTGCTGACCTTGCCTCAGGTGTGACAGTGAACGGATTCACTTGCAAAGAGGCATCCAAGGTAAATGCTTTTGATTTCTCCTCCATCATACTAGCCAAACCAGGAAGCACCAACAACACATTTGGCTCAGTGGTGACTGGAGCCAACGTTCAGAAAGTTCCAGGACTCAACACTCTTGGTGTGTCTCTGTCAAGGATTGATTATGCCCCAGGTGGCCTCAACCCACCTCACACTCACCCACGCGCCACCGAGGTGGTGTTTGTGCTTGAAGGCCAACTAGATGTTGGGTTCATAACCACAGCCAATGTGCTCATATCAAAGACTATTAGCAAGGGTGAGATATTTGTGTTCCCAAAAGGCTTAGTTCACTTCCAAAAGAACAATGCCAATGTACCTGCTTCTGTTCTTTCTGCATTCAACAGCCAACTTCCTGGTACACAGTCCATTGCTACTACCTTGTTTGCAGCCACACCTTCTGTCCAGACAATGTGTTGACAAGACATTCCAGTGGGTACCAAAGAGTTGAGAAATCAAGTCTAGCTTGCACCCAAAAGTAAATTATCATGGTGTGGCGTTTTGTCAC | |||||||||