| mature miRNA: CGGTTCGGCTCGTTAGGTTCA species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|14872613|gb|BI267527.1|BI267527 NF109B06IN1F1057 Insect herbivory Medicago truncatula cDNA clone NF109B06IN 5', mRNA sequence CGGTTCGGCTCGTTAGGTTCA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GAGAGAGAGAGAGAGAGAACTAGGCTTTAGTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTAAATATTAATAGGTTTAAAATATGCAATTTTTTAAATAAAAAAATAAATTTTAAAATTATGTGATTCGAGTAAATGAACCTAACGAGCCGAACCGAGTTGCTCGTGAACTTTAAACGAGCCGAAATCGAGCCCAAAAAAAGGTTCGTTTTGAACTCGAGTTTCGAGCTGAACCAATTCTTATCGAGTCGAGTCGTCGAGTCAAGCTCAGACAAGTTCGACTCGACTCATTTCCAGCCCTAGGCCTTACTTTGCCGGAAGCTGGAGCTTCTATGTACCTTAATGACATATTCTTTATCCCTCCATGCCCCTACCTGCAATGCTGCCTTCTCCAACCTCCCTTTCTAATGCCACCTCTATTCCATCACATCCTTATACCAATTATGGAATGCTTCCTTTGGGACCAGTGTTTATGGCATTAACAGGCTTCCCATCTCTTCTCTCAATTTTGAGGTACTTATGGAAACCTCTCGGTCAATCCCTTGACTATCATTTTCTCAAGGCATTTGGGTTGCTCCTTCCCTTTATTATGGCCATATAACAGGCACAAACTNCAACTCAGACCCTAGGAT | |||||||||
gi|157980522|gb|EX528794.1|EX528794 MTGland_A046_2007-06-01/MTGlandA046__B01_007_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me CGGTTCGGCTCGTTAGGTTCA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTACGGCCGGGTNCTGTGTAGTTGTCCCTCGTGCATTCAGACATTTCTTTTTGTTTTCGTATTTCTTTTTCACATTTTGTTTTTCTAGAGGGTTTTGACTTTAGTCTTCCTCTTTCTTTGTTCTTTCTTTTAATATATGATCAGAGTGTTACAACAAACGACTCATTTGCATCTTATCTTTCGCTTAAAAAGAAGTTGAACTTCTCCTAAAAAAAATAGTAGAATACTTAGGATTATGTTTGAACAACATAATAATAAACATATCTAATAGTTTGAAAGAGAACTATATTTATTATTTACTTACTATTTAGAGTCATATTTTTATCTTTAAAGATAAAAACGGATTTCATGAGTATTATACTTAATTGGGAAGACGGTGAGTAGGGCCGGCAATGAACCGAACCAACTCGAAAATAGTTCGAGATTCGATTTGATAATTGACTCATTAAACTTGGTTCATGAACCAAATGAGTCGAACTTGAGTTGAAAATTAAGCTCGTTAAATAAATGAGTCGAACTTGAGTTGAGTATGGTTCGACTCGTTTAGTTCATGAACCAGCTCGATATATATAAAATATTATTTTGCATATTGTTATATAATATGTAATTTATTACAAGCTTCTTCTAATAATTATGTACTTTTTTCATAGGAATTATTACTAATTTGATTAATAATCAACAATAATTGTTATGATAGAGGAAAAAAGTTAATATCTTTTGAANGCTTTTNAACAAACATTTGTACACAAAAAGTCCCACATCGGGTGTTTTGAAAATATTAGAGAGTAAGATTGTATATATAAGAGAGGNGGNNGNNNNANNGNNNTNCANTNTAAAACNNGGNANGGGGCTACNNNAGTAAGTGCTACTNCCTTTCTACCTTCATAGCTTTATTTAATTTATATTTTTGGTTTTATTTTTAAGTCANA | |||||||||
gi|148764386|gb|ES611080.1|ES611080 MTGland_A003_2007-04-04/MTGlandA003_C11_046_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med CGGTTCGGCTCGTTAGGTTCA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CGGCCGGGCCTGTGTTAATTACTATGTGTAAATAATAGCCTCATCTTGTCCATTAAAAATTGGTATAAATTCCAATATATTTATGGGTCAAAAATTTAAATTCTTTGACTTTTGAGTTATGTGGTTCATGTGGTTTTACTCATTTCCATACCTAAAGTTACGTGTTTTGAACAAACGAATTGAATCTAATGAACCGAACCAAACTGTTCNTGGACTTTAAACGAGCCGAACTTGAGCTGGAAAAAAGTTCTTGTCAAANTCGAACCGAGATTCAAACCGANCAAATTCTTAACGAGTCGAGTCGAGCTTAGACAGGNTCNATTCGACTCGACTCATTTCCAGCCTTATATGGCNCCTACCANTANGNGGGTCCCACCNNCA | |||||||||
gi|27406624|gb|CA919694.1|CA919694 EST637412 MTUS Medicago truncatula cDNA clone MTUS-16G4, mRNA sequence CGGTTCGGCTCGTTAGGTTCA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TGGGGCGGGCAAAAAACAAATTAATTAATAATAGGTAGATATTACATAATAGATGAGAGTTCTCTTTTAACAAATCTTTCTTATAAAATAGAATAGTAGAACACCCTACAACTTTCTAAGAGTTTCATCTGCCCATTTCTTGATAAAGCTTGCCTCCAAAACCCTTCTTTCTATCCTTTTTGATAGATGGAAGCACGATATAATACGGCTGAAGCTGAACAAAAATATGGCCGAGTGAACTTGTGTTTCTTACGTTATACCCTTCTCCAATCCAGTGATAGGGATTCGGCCACAAGCCGACATGCCAGTAAACTTTAGAGGAAATCAAAGAACAAAAAACTTTACAAAAACTAAAACCATCAAGAAATGATGGTGATATTATGATATTTCATTAAGTTAAAATGGTTTTCTATCATTCTAATCTCTGCCACGACGATCACCAAATGCGCCAGGTTTACCCGACCCAAAATCTCCAAAACCACCACCAAATCCACCAGAGCGATCTGAACCACCACCGAATCCACCAAAACCACCTTGTTTGCTGAATCCACCAGAGGATCCACCAGATCTACTGCCTGAATCACCTGAACCGAAGGAGCCGAAACGACCAGAGCTTGATCCGCCATATCTATTTTCACCATATGAGCTTGATCCACCAG | |||||||||
gi|157979557|gb|EX527829.1|EX527829 MTGland_A033_2007-06-18/MTGlandA033_F10_035_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med CGGTTCGGCTCGTTAGGTTCA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTACGGCCGGGNNNCCCNATTGTATTGAATGAAACTCTTATTATTAATGAAATGTTATAAGACAGTTTTCCCTAAAAAATAAAATAAAGGTAGCCTAGCCCTTTATATTTACGTTGTATTTCTAATGCACTGCTCTTATATATGCACTCCTCTAATATTTTCAAAACTCCCCGATGTGGGAATAGTTTTGCGCTCATGTTTGTTAAAAAGCCTCGTAAATCTATTAACATTTTTTTTTCTTCCTCTCGCTTTAATATTATAATAAACATTGATTTTTAATCAAATTAGGAATTAGTAATAATTTCTATGAAAAGTGCATAATTATCAGAAGTTATATATATATATCGAGCTGGTTCATGAACCAAACGAGTCGAATCATACTTAAGTTCAAGTTCAACTCATTTATTTAATGAGTTTAATTTTCAACTCAAGTTCGACTCATTTGGTTCGTGAATAGGGGTGGCAAAAATACCCATGTCCACGGGTACCCGTAAGTAAAATTCGTCACGGACACGGGGCGGATAGCTAAACGGGTATCCATGTATATAATAAACGGGTATTTGACTACCCATTATTATATAGATACGGACACAGATTTGATTGTATCCATACCCATACCCAATGATAAATTAAGTAAATGACTAAAACATCTTTATATATCTTACTTTATCTTATCTTATTACTTAAAGTTGTTACCTTATTGAAGGAAATTTTACCGCTCACCTAAGATTCCTCATTAATAACCTATTTATTTTTTTTTTAATTTATCTTATTAAGTTCACCGTTTCTACTTCATTCACATCATAAAGCATATTCTAAATAATGTAAAAATCATGAATTTTCTATGGATTATGTATGANTTATGAAATTTGGAATGGATTATATATGAATGTTTAAAANTTGAAGNNTTTTTGTAATTAAAAAAAGTTATTTTTTNT | |||||||||