| mature miRNA: CTTACTCCCTCCGTCCCAAAT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
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gi|11900100|gb|BF635942.1|BF635942 NF051C12DT1F1098 Drought Medicago truncatula cDNA clone NF051C12DT 5', mRNA sequence CTTACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTTTGTAATACCGATTTGTGTAGTTTATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGTGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTTTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGGTTTCTTAATAAGTGTGAATTTGTGTTTTTTGGCTTATAAATTAGGACGGAGGGAGTAGGGAAACTAAACTAGAA | |||||||||
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gi|57493228|gb|CX524509.1|CX524509 s13dNF17H01AT012_448362 Aphid-Infected Shoots Medicago truncatula cDNA, mRNA sequence CTTACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGCACGAGGTTTTTATAATNAGGAAAAGTACCATTAATGTTGCATTGGTATTGTAAAGCGACATATAATTTGGGACAAATTTTTTTCCCTAAAGCGACATACAATTTAGGACGGAGGGAGTAGTACATTATTTTTGAAAGATCTGAAATCAGTTGAAAACAAATTGTCTCCACACAAACTGAAAATTTCAAGGGGGCCTTGTCAGTAAAATTAGTACCGATGCTCTAACTATTTTCTAATTTTCACCTTGAAATACAGAAAACAAAACAGAAGAGGTAGTGATTCTTGAACAAAAAATTTCATATCAGAAGTTCCTACACTTCTATGCACTAAATGTAAAAGTCTGTTCCAAAAAACTTGATCTTGAACTCCTCATTGAGATGGTGGATCATAACTTGTAAACTGGATCAATTCCAAGGAGATAGAAGCAATGTCTCATCACAACAAGTGTTGCTTCACATAACAAGAGTCTACT | |||||||||
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gi|11905724|gb|BF641566.1|BF641566 NF068B04IN1F1032 Insect herbivory Medicago truncatula cDNA clone NF068B04IN 5', mRNA sequence CTTACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTTTGTAATACCGATTTGTGTAGTTTATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGNGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTTTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGTTTTCTTAATAAGTGTGAATTTGTGTTTTTTGNTTATAAATTAGGACGGAGGGAGTAGGAACTAAACTAGAAATTCTGNGATATTGGANAGATTAAAAACATATTTAACCCTTTTTAAATTTAATCTAT | |||||||||
gi|13381195|gb|BG457870.1|BG457870 NF034A12PL1F1086 Phosphate starved leaf Medicago truncatula cDNA clone NF034A12PL 5', mRNA se CTTACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCACGAGCGATTTGTGTAGTTTATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGTGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTNTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGTTTTCTTAATAAGTGTGAATTTGTGTTTTTTGTTTATAAATTANGACGGAGGGAGTAGGAACTAAACTAGAAATTCTGNGATATTGNANAGANTAAAACATATTTAACCCTTTTTAAATTTAATCCATA | |||||||||