| mature miRNA: TAATACTCTCTCCGTCCCATA species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|148766203|gb|ES612897.1|ES612897 MTGland_B001_2007-02-17/MTGlandB001_A02_008_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ANGGCCGGGNNNNTTATAATATCAATATAACATTTATTAATTTTTTTTCACTAACATACTATTATTTATTGTATTTCAATCATCTCTAACTACCTCACTAACTATAATTAATAACAATGTTTTAGTAATTGATACATATTTTGTCATTAACATCAACATTATCATTTGCTTAATAACTGTGTAAAACTCAAATAAGACGCCTACTGTGAGACGGAGGGAGTATTGTTGAGGCAAAATTCCTAATTAATTTTAAAGATAATAAAATTTAATGATTAAGGATTAAAGGGACTTTGATTAATTCCTTGGTATTTAATTTGTGCTCTTGAGTGTTTTACTAAGACAGAAACAAGGTTTGAATAATACCAAGATACATGAAATCAAAGGACATTGAATCCATGAACTAATTCTGAAGTTCAGAAAGTTAGTTCAGAAAGTTGATCAGTGAAGTTGATCAGAACGTTCTGATGATAATCCAGAAGGTTGTTCATAAGCAAACCCAGAATCATCAAGAACATGAAGAACATGCAAACTACAACGTGACATAAATATATGTCCAGGAAAGTACAATTGCATGGATGTATCAGCAATAAAGGCTTGGGCAAGCAAAAGTGTCAAAAAGGTCTTCAAGGTTCATTCAAGACTATGAACACTTGAAGTTCTAGGAATATTTCATAGAGGANATTATCCTANAGGTTACTTTACCGCACTTCAGTTGTGTCTCTACTATTNNNATTGATTACATCAAAAGTANTCTTACAAATCATCCTAAAGTANNANCAAATGAAACATTCNNNNNGGTCNNAATGTTC | |||||||||
gi|151389080|gb|EV258951.1|EV258951 MTYDQ37TF JCVI-MT1 Medicago truncatula cDNA 5', mRNA sequence TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GATACAAATATTTAGTTACCATCACTTTCATAATAAAATGCCAGAAAATCTCAAAGAACCTCGTCTTGTAACAAGAAAGTTCTTAGCCAAACCTCAACGAGAAGGTGTTGGTGCTGTTGTTAGAAGAAGCATAGGAAGATTTGAGCTCAAGTACTTTGATCCTTTCCTTGTCTTGGATGAATTCTCAGTTGCTGCTCCTTCTGGATTTCCTGATCATCCACATAGAGGTTTTGAGACTGTTACATATATGTTACAGGGTGCAGTAACACATGAAGATTTTGAAGGACACAAGGGAACAATTGAAGCTGGTGACTTGCAGTGGATGACTGCTGGTAGAGGGATAGTGCACTTAGAAATGCCTGCTTCTCAAGGAATCCAAAAGGGTCTACAGCTATGGATCAACCTTGCTTCCCAGCATAAAATGATTGAACCAAAGTATCAAGAAATTTTAAGCAAGGACATAGTAGAAGCTACAAAAGATGGTATCAAGGTTAGAGTTATTGCAGGGGAAGCTCTTGGAATAAAGTCACCAATTTACACAAGGACACCAACAATGTATTTGGACTTTACTCTTAAACCTGGAGCACACTTGCAACAACTTGTACCTAAATCTTGGAATGCTTTTGTGTACATATTGGAAGGAGAGGGTATTTTCGGAAACAAAAATTCTCATCCTACAACCTCTCACCATATTCTCCTTCTAGGTTTGGGGATGGTCTAGAGCATGGAATAATTCTTCTAAGTACTAGATTCATTTTGGTTGGAGTGACCATTAGTGACCAGTGTACAATTTGGACCCTTTGTGATGATACTCAGAGAGATGACAAACTATTGATG | |||||||||
gi|157984817|gb|EX533089.1|EX533089 MTGland_B045_2007-06-07/MTGlandB045_B07_031_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CNNTTACGGCCGAGCCTATAATTTAGGACGGAGAGAGTATTCAACTATATATATGTTAANACATGAAGAAAGACATTACATCGCAGGCACGCATGGAAGAAATGAAGTGGGTGGATAAAATCAATGAGGAGATTAACAACAGCTGTTCTTCAATACCTGATGAGATTGAAAAATGGAAGAAGCGTTCCATTTACAAAGTACCCTCACGGCTGAAGGAGCTAAACAAAAATGTCTACAAACCACAAAAAATTTCGTTTGGTCCTTATCATCATGGTGAGGAGCATTTGATGGCAATGGAAGAGTACAAGCATAGAGCCCTTATTCATTTCCTAAAGGAATGTAAAAAACCCATTGAGTTATTCGTCCAACGTTTGGATCAAGTGGTCCATGAACCTGCCACTTGATCCAATTTGGATACTTGACAAGTCAAAGTTCCTTCAAATGATGATTCTTGATGGTTGTTTCATCTTGGAGATTGTGAGACGTCCTTCTCCAAATAACTATAATAATTTGTTGCCATATATCTTGCGTGACATGCTTATACTTGAAAATCAAATACCTATGACGGTTCTTCATACATTGTTGCAGGTTGAAAAAGGCGATAAGGTAATAATATTAATGGTGTTTTCTTTAAAATTATTTTTTTTTATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACNTGT | |||||||||
gi|157977740|gb|EX526012.1|EX526012 MTGland-A070_2007-08-17/MTGland-70_C20_039_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Medi TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TNACGGCCGGGANNGACGTTTTAGGCATTTCACACGTATTAAGAAATATAATTAATTTTGTGTGGGAAATAGATATTATGAGTTATTTTACAAAATTGTCCTTAATAAGTTGTATGGGAAAGATAAATTAAATAATTGAAAGAATAGAGAGTAATAAATAGTTAAGGATATAATGAGAAAAGTAACTTTAATGTTTCATTGGTATTGTAAAGCGACATATAATTTGGGACAAATATTTTTTCCAAAGCGACATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATTTAACAAAAATATTTAGTCTCATCGATATTGTGAGTTCAGACGCGCCTCTGACTTGACTATATATGATAAAATAAAGGCTAATAATCCATCAACACCCTTTCATCTGTCCACCCTTCTACCACTGCCTATGTGGCAATTATTTTTTGTCTCATTTAACCAAAATAATAATAAAATAAGAAAATAGTACAGTCTCTTTCTTTCTATCAAACCTCACAACACCAGCCCATCTTTCTTCTCTGTTTCGCACGCTCCCACCACCACCGCTCCTTCCTCACTGTCTCCTCCACCGGCCGGCGGCCTCGACCACCCTCTCCTCCCCATCCATTATCTTCTTTATGCTACTATTACACCGTCCTGTTTTAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTATATGTGAAGGAGAGAGAGATGAGATGCNAGATTCGACATCAAAGCCGGCAGAAACGAGGCGTAGAAGCGGCGGANGTGGGCTGCGTATTCATTACCNTCGACNGTGAGTGTTCTATGTTTCGGTGGNGAGATACGANNNTTATATGACAGAGAAAGGNNNNNNGGGGTGG | |||||||||
gi|14870739|gb|BI266538.1|BI266538 NF100B07IN1F1089 Insect herbivory Medicago truncatula cDNA clone NF100B07IN 5', mRNA sequence TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTGCATACCAACTCTATCATTTAGAATTGCGCTAGGAAACTCTCGTCTCATTCAATAAAAAACGGCATGGAATAAAATCTGAAGTTTTCGTACTCCCTTTGTCCCAAATTAAGTGTCACATTTGAGAAAATAATTTGTCCCAAATATTTGTTGCTTCTGGTTTCCTGTGCAATTTTCATTTCTTTTTTCAAATTGTACCTACTAATCAATACTATATGCATCACTTTCAATTCATTATTCTCTCACTTTGTTTTAATGATAATTAGAACACACCAATAGTTAATAAGGATAATTTGGTAAAATCATCTCTCTCTCTCTCATTTATCATACTTGTCGAATACAGCACTTAATTTGGGATGGAGGGAGTATTATTTATGGAGACATTGAGTTTATTTCTTGTTGAAACTCTTATTTAGTGGTTATCCTACATTTAACATGTTCTGTTCTGCAATGTCTTTCTAATTTTTAATTACCTTGATACTAAGTGCCGTCTCTATGATTTGATTTTAATCGGTATCTTCTGATTATTTGATATTGGGGTTTTCCCCTCCTTGCTTGTATAGTTTAATTGTTTGNGGNGNGTGGCTTGNTTGTCTTTAAACTTTGCCATTATAATTTCCTACTTGNTGGGCATGTTNCGNATTCCTTGCTTGAAATCATCTTC | |||||||||
gi|7238724|gb|AW573991.1|AW573991 EST316582 GVN Medicago truncatula cDNA clone pGVN-50D10, mRNA sequence TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AACCCTTTGGTATTCAAGGGATCATGGTTGATTGGTTGTAATAATTTAAAATTCGATTAGAAGGTAAGTAAAGTTTAATAAAAAATTGTTTCATTCGAAAATCTAATTCGTATTCTCCTATGAATAATTTGTACTTTAACTAACTCACTAATCAGTTGAGTCTAATTGTTTGGTTAACACCGGATTTTTTTGATTAGTCTCTTATATTTTCTTTTGAGGAATTAGTTTAAAAAACATATTATGTAAAATTATACATATCATCTTCAACAAAATTAAAAAACAAAATTACACATATTATCTTCAAAAACTTAAAAAAAATTACACATCTTATATAAAATTTAGTTAAAATCATTAATCTCAACTTTTCTTAATACTCGTGATTTTTGTAAAGTGATCTTATAAAAAGGGACGGAGGGAGTATTCAAATTTAATATTTCAATATTTTTTATAAGATATATAATGTATTTTTGTTATAGTTTATGATATTACAATTTTACACTTTAAAAAAGAAGTCATTGATGTTTAACTTTCTATGCATCGTATGGGTACCAATGCTAGTGATTTCATATATAAAAATACTATATAATAATTTTTTTTTTATATGTCCTCTTTCTTTTTTTTGAAGAGGATATGTCCTCTTTCTATCATCAAA | |||||||||
gi|148765281|gb|ES611975.1|ES611975 MTGland_A014_2007-05-10/MTGlandA014_D03_013_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AAATTGAATGCAACTTACATTTAATTTTACATTGGAAAATATGATTTATTTGAAAAAACATAATAATAGCATAAAAGTTGATCTTTTTTGCTTATATTTTGAGACAAAGAAAATGAGATTTTTTTGCTTATATTTTAGGACGGAGGGAGTATTAAATAGGTTATTTTTGTCTTTTTAAGCAAAACAATATCTCACCCTCTTGTTTCCGTCAAATCCAGCAAAGAAAGGATTTTTACGTGGGTCCCGCCTGAAACTTTCTTTCCTTTCTCATTTGTAGGGGTTCCAAACAATGGAAAGTAGATCTTTCCACTAACTTTCTTTCCTTCTTCTAATCTTTCCACTAAACCAAACACACCCTAAGGGAAAGAATGAAACACATAGGTCCCACACTAAAAACCATTCCATGCCAATATGGGCAGAAAGGTTTGAGGAAACAACCATTTTTGTTTAAAAAGTCTAAAACACCCCTATTAAACCGAACAACCAAAACAATCCCTTCACTTCGATCTTTCTTTCCTCCAATTTTCCAATCCACTTTCTATTAAACCAAACAACCAAAACAATCCCTTCACTTTCCATTCCCTTTCTTTCCTCATACAATCTTTCATGTCACTATCTTTCCTCTTACTTTCTCTTCTCATCCAAACATAGCCTAAAAGTTGTCCTTAGTAATGCAACGGTCATCGTTGCAAAGTAAAAATGTCCAACGCTCCAAGTTGCAAGAAAGGACATGCA | |||||||||
gi|157982721|gb|EX530993.1|EX530993 MTGland_B017_2007-05-25/MTGlandB017_H11_041_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACGGCCGGGGTCTGANNNATTTCAAATAAATTTATTATTCCAACAACTTTTTCTTAATATATGTGATTATTGTTAGAGATTCTTATAATAAAGGATTAAGGGAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGCTTTGAAAAAAAAATTATCCCAAATTATATGTCGCTTTACAATACCAATGAAATATTAATGTTATTTTTCCTATTATATCCTTAACTATTAATTATTATCTCTTCTTTCAATTATTTCATTTATCTTTTCCATACCATTTATTATGGATAATTTTGTAAAAAAACTCATAATTTATCTTCCCCACACAATATTAATTACATTTACGTGTGAAATGGCCAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATTTGACTACATTCAATCCACAAACATAAAAACACAACATTCTAACCCCAATTANATGAATTATTCTATTTTATCTGTATTCGGCTCAAGTACCAACTAATCCGGTTAACTTAGCGGGGCTCAATTGAAGCCGGAGAAAAGCCATGTATGGACTAACCCAACACATGAATTGTTAACACTAAATAATCGAACCTAAGACATTGAGAGGAACACACTCGTANNNCCCGGACCCAATTACATGAAATATTGAACTATAAACAAATGAACAAACAANNAAAATNAAAAAAACTCANTTTGACGGANTTGGGAGTTTTNNTNGGTTTCNCCNNANTGNGGA | |||||||||
gi|27810992|gb|CB065414.1|CB065414 EST645095 HOGA Medicago truncatula cDNA clone HOGA-19A17, mRNA sequence TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTGACTTGAACACTTGATATACAATCAGTGGTGTTCTCAATACAATACAGAGAATTGAGTTTGACTTGGACTTTGAATTTCTAAGATGTATCAAATCAGTGCAGAAATTCAGTGTGCTTTGTAGAATCAATTTGACAGAGTTTTGGCGCTTTTGAACTTTTATATCTCTATCTACAATCTTCAAGTCTTCACTCCTTTATATAGAGGCGTCAAAGAGACGTTGAGATAATCAGTACGTCTAAAGAGTCGTTTGAAATCCTTTGATCATTCACCAGTAATCCTTTGCCTGATTTGGGTGTAGTCCTTTGAAGAATCAGCTTCAAATTTATTCCCATCTTGAAGGCACAAATTCTGCAGGCATAGCTGTTGTCTTGTCTTGTAGCGTGGACAAAAACAGAGTAGTGGAGTGAAGAATATTGGATGGAGAGAGTCTTGGAGCAAAAGAAAGGGATTTGGAGCAGATTGGACACAAAAACATGAAGATTGGGAAACAAAATATATCTCCCACAAGTCAGAAGCTTGGCACGGCCCGTGCTAGCCTTGGCACGGCCGTGCCACCCTCTAGATGCCTTTTGCTGCTTTTGCTTTGACTCAAAGCTATTCTATTTTGGCGCACAATCTACCGAGGAATATTCTAGGAATATACTTGCTTAGATTTTAAGTCAATTGTGTACTATAAATAGAGTAGCTAGCCATCACTAAACATTCATCTTTACTTGGAATACAATAAGTGACATTTGCTTTTCTAATAAAGTTCTTTTCCTTTCCTTT | |||||||||
gi|157982306|gb|EX530578.1|EX530578 MTGland_A068_2007-06-27/MTGlandA068_H01_001_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TAATACTCTCTCCGTCCCATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACGGCCGGGGTTGTGGACGGAGAAAGTATTAAGAAGCGTTAGTGATACATCACTAGTACTACACTATATATAATACGTATGAATGGATTTATTTGAGTGTGTGAGTGGAATATTATAAGCACTTGCAACACGTAAATTAAAGCACAAGAAAAATGAAAGTATAGGGGTGAATATTAAAAAGTGGGAGAGAGAGAGAAATTAAGGAAAACGAAGTGTTAGTTAAGAGTGTTGTGTTATTTATTTTCTCATTTAATTTGAGCACATGTTTCACGAGTATGTGATTTATTAATGACGACGCTCAGCATACTGCGGGGACAGACTTTAATAGCGCCGCTTCAAATTCACTACATGTGATATCTATGCTCCATATGGTTTTGTCAACCTAGAACCATTTTTAGGTTTCAATTTTTGTTAAGAGAAATGTTAACTTATGTCTTTAGAGTGTATGTTAAGAATTTTATTAATAAAAATTATTCGTTGGAAATTGTGTTAATTTATTGTTCAAAATGTTTAATGTTAATTATTTTTCAATAAATTTTTACCATTAAAGGAATAAAATTAATGCTTAACATGTGCCCTAAGGGCAAAAGTTAACATGACCATTTTTTTAAAGGAAATAAATTCATAGCATTTCATTAGATAATAAGTCAATGATATATGGTGGGACGCAAATAAAAACACTCAGTATTTACGAGGTTGTTTGTGCTAATTCACAAACGACCCAATATGCTTGCCCTCGGTTAAACTCAAATATAGAGTTAGTATTTTGCTTCCACCATTGAAAGTGTCTACCATTGTTTTAGAATTAAATGGGAAATTCATACCATCGAGTCCCAACTCAACTATTCACTACAACGCTTGAGGAAGANTCNNNGTTATTTTCNCTTCTGAAATTGCTCTTTAAACCACAAAATACCTAANTGCCCTGATGGAGTATGCTGCNTCAAACAAGTAATACTCTGGTAGTTTGANCANANNANGTTTCTNNNNATNGNANTTTCANNGNACANGCTNNANNANGANATGGNATNGAAAA | |||||||||