| mature miRNA: TATACTCCCTCCGTCCCAAAT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|7206080|gb|AW560654.1|AW560654 EST315702 DSIR Medicago truncatula cDNA clone pDSIR-27L2, mRNA sequence TATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): NCCATTTATAACTCTAATTAATACAACTATCATCATTCTCAATTCAATATATTCCACTTTGTATTTATGATAGTGAAGAATCCACCAACAAAAGCACTTGATACTTCTCTCTCTCCTTCATTTATACATTTTTCTTAATACATGTGAAATAATTAGTGGCTCAGTTAATTAGGGAAAGAGGGAGTATAAGATAGGGGATGTGCATCATAAATCAATGGAATAACACTCATCCAACAGTTCACATATGTGCACATAACTCATCCACGTGGATGACTTCCTCCACTCATCCACACCCTAGCCTGAAGCCTAATAATTATAACCACGTTTCAAGATCTAAACCAAAATAAAATGGATCGATATGTAGAAAACTAGAAGAAATATAAATGAGAAATAAAAAGGAAAAAAAAAGTGTACATCACCCTTCAATTGCATAGTATATGAAACCATACATTAGTGAAGAGCCATTATGAATGGAAAGGCCAATCTAAAACTGGTTTTAATTTCAATCCATGCAGCAATAAACTGTTCTTGCAGATTTAATTATTAAATCTAGGCGTATACCTGCTCTAAATAAAACAACAAAGC | |||||||||
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gi|157982721|gb|EX530993.1|EX530993 MTGland_B017_2007-05-25/MTGlandB017_H11_041_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACGGCCGGGGTCTGANNNATTTCAAATAAATTTATTATTCCAACAACTTTTTCTTAATATATGTGATTATTGTTAGAGATTCTTATAATAAAGGATTAAGGGAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGCTTTGAAAAAAAAATTATCCCAAATTATATGTCGCTTTACAATACCAATGAAATATTAATGTTATTTTTCCTATTATATCCTTAACTATTAATTATTATCTCTTCTTTCAATTATTTCATTTATCTTTTCCATACCATTTATTATGGATAATTTTGTAAAAAAACTCATAATTTATCTTCCCCACACAATATTAATTACATTTACGTGTGAAATGGCCAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATTTGACTACATTCAATCCACAAACATAAAAACACAACATTCTAACCCCAATTANATGAATTATTCTATTTTATCTGTATTCGGCTCAAGTACCAACTAATCCGGTTAACTTAGCGGGGCTCAATTGAAGCCGGAGAAAAGCCATGTATGGACTAACCCAACACATGAATTGTTAACACTAAATAATCGAACCTAAGACATTGAGAGGAACACACTCGTANNNCCCGGACCCAATTACATGAAATATTGAACTATAAACAAATGAACAAACAANNAAAATNAAAAAAACTCANTTTGACGGANTTGGGAGTTTTNNTNGGTTTCNCCNNANTGNGGA | |||||||||
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gi|13371529|gb|BG452735.1|BG452735 NF079C07LF1F1051 Developing leaf Medicago truncatula cDNA clone NF079C07LF 5', mRNA sequence TATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTTGTATCANACACAAATTGGAGTCGCAAAACTCAACTCGCCGGAAAACGCAGCCGGAGTTGCGCATCGGCCGCCACAAACTGTGAGAAAGTTATCAAGTTTTTTGTATGAATGGCTTTGCAACTGTTGAGAAATCGCACTTCAGCGTCAACGTTCAATTTGTTCACCAATGCTCTTAGACGTTTCTCTACTGGTACTCTCATTTCTCATATTTTCTACACTTTTTCATTCTCTTAATTCCAACATTTATATCAATATTCATAGTGTATTGTAGCAGATAGAGTAACATTGTGAAAAAAATAAATACTCATTTTGAAACGGAGGGAGTATAATGCAGCTTTTTGGTTTAGGTTCAATTATAACATTGATCGATGTTTCACAAACCGAACCAGACATAGGACCGGTCATCTGGGTCATGGTTCAACTGCTTTAAACTACCTAAATTGGTCTAGCACTGTGGTTGAACCATTCAAATAACCGAACCATAGACAATATCGGTTCAACATTCAACTAGTTGAATCATTTAATTTCGGGTCGGATTTTAAAATATTGCATCTAACTATGCTGCTTCTGTTTATGTCTTTCTTGGCTGNTAAGCTGANGTTTCGAACGGTATTCCTCANGANGCACGCGANAGGATGATGTATTCCGACATAAACTCACAGATTGGGAG | |||||||||
gi|11905724|gb|BF641566.1|BF641566 NF068B04IN1F1032 Insect herbivory Medicago truncatula cDNA clone NF068B04IN 5', mRNA sequence TATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTTTGTAATACCGATTTGTGTAGTTTATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGNGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTTTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGTTTTCTTAATAAGTGTGAATTTGTGTTTTTTGNTTATAAATTAGGACGGAGGGAGTAGGAACTAAACTAGAAATTCTGNGATATTGGANAGATTAAAAACATATTTAACCCTTTTTAAATTTAATCTAT | |||||||||
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gi|14870739|gb|BI266538.1|BI266538 NF100B07IN1F1089 Insect herbivory Medicago truncatula cDNA clone NF100B07IN 5', mRNA sequence TATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTGCATACCAACTCTATCATTTAGAATTGCGCTAGGAAACTCTCGTCTCATTCAATAAAAAACGGCATGGAATAAAATCTGAAGTTTTCGTACTCCCTTTGTCCCAAATTAAGTGTCACATTTGAGAAAATAATTTGTCCCAAATATTTGTTGCTTCTGGTTTCCTGTGCAATTTTCATTTCTTTTTTCAAATTGTACCTACTAATCAATACTATATGCATCACTTTCAATTCATTATTCTCTCACTTTGTTTTAATGATAATTAGAACACACCAATAGTTAATAAGGATAATTTGGTAAAATCATCTCTCTCTCTCTCATTTATCATACTTGTCGAATACAGCACTTAATTTGGGATGGAGGGAGTATTATTTATGGAGACATTGAGTTTATTTCTTGTTGAAACTCTTATTTAGTGGTTATCCTACATTTAACATGTTCTGTTCTGCAATGTCTTTCTAATTTTTAATTACCTTGATACTAAGTGCCGTCTCTATGATTTGATTTTAATCGGTATCTTCTGATTATTTGATATTGGGGTTTTCCCCTCCTTGCTTGTATAGTTTAATTGTTTGNGGNGNGTGGCTTGNTTGTCTTTAAACTTTGCCATTATAATTTCCTACTTGNTGGGCATGTTNCGNATTCCTTGCTTGAAATCATCTTC | |||||||||
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