| mature miRNA: TATATATAGGGACGGAGGGAG species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|148764309|gb|ES611003.1|ES611003 MTGland-A002_2007-02-01_1/MTG-A002_D06_021_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Medi TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACGAGTATTATGAGCTGTTGTGAGTTGTGAATGTGTTACATGCACTTGGTATAAATCCGACAAGAATATTCTTGTGCTTGGTAAAAAAAATCGTGCGTTTAATTTCTCTAAGCTGCTCCTAAAAAAAATAAAAATCTACACTTAATTAATATTACCTCCGTCCCTATATATATATATAAGACCTTTTTTTCAAAATCACGGGAATTAAGATAGTAGATATTTGTATTAAAGTTGTTTGTAAACATTATTATTTTACAAATTTATCCTTTATGAGAGAGAATTAGTTTATGTTTTCAACATATTATTTATTATTGATTGAAGAAAAAGATGTATAATAAATAGGGGCATGTATGTAAAGAAATAATTAATGTAGTTGAAAGTAGCAAAAGAGTCTTATGAAAAGGGAAAAGAAGATTCTCAAAAGGTCTTATAATTAAGGACAGAGGTAGTAGACATAAATTTTTTGACAAAAATTAATAAAAAAAGAATATTATTTACCCATCCTTTCTTTGACTTATTTTTTTTGGCTGTTTTCTTTGACTTATTTGTTAAGTTATAAATCACCCTTAAAAAAAAAAAAAAATTAAGTGGTACATCAATTTTGTTTGCCTTTTTGATTTGGTCAAAAATACTCTACAAATTTACTCTTAATTTTGAAAAAATAATTTGTTATTATATTTGTAATCTTTAAATTAAATTTTGAGTTACTCCATAAAAAAACAAAAATCAAGTTA | |||||||||
gi|27404223|gb|CA917293.1|CA917293 EST641440 GPOD Medicago truncatula cDNA clone GPOD-35P19, mRNA sequence TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GAATTGATCGAGATTCGGAGCCTGTTCTTTTCATGACTCCTCTTAATTGAGACATGAAATACAATGCTTGACGTAAGAATCACTTTGATTTTAGTATACATATTGGGTTGAGTCGAGCAGATGATATTGAAAAAATATATTTTTTTTTCAATTCATTTATATGTAATATCTAATCTTTTTTCGGGCTCGGCTAAGTGGTGATATAGTCGAGCCCGAAAAAACCGAGCTAACCTAAATCAATAAAATTCAAAAATACATTCGCTAAGAAAAAGGAGAGAGGGGGATTCGAACCCTCGATAGTTCTTTCGAACTATACCGGTTTTCAAGACCGGAGCTATCAACCACTCAGCCATCTCTCCAAAAGCTAATTTCTATTTTATCTTTATTCCACTCAAGAGAACATGACCATACGAATTAATACCCCTTTTTATCTATGTATGATAAAGTGACTTTATTGGTCTAGTTCTCTCTCTCCGTATATATATATGCATGATCCAGCATGCTCTTTTGTGAAGTAAAAAAAACTACCCCTCGATCCACGCCTCAAAAGGGGTGTCATCTAAAATCAATGGATTAATGATAAAACCCTCCATAATGCGTTTTTTCTTTTTTTAAGGGGTCAAAAGGGATTGGGGGATCAAATGGTATAGTTCTTTTGTTGGTAAATTGGAGGATTAGAAACATGACTATTGCTTTTCAATTAGCTGTTTTTGCATTAATTGTTACTTCATCCATTTTATTGATTGGTGTACCTGGTGTATTTGCTTCTC | |||||||||
gi|260523897|gb|GT144533.1|GT144533 METCT03TR JCVI-MT3 Medicago truncatula cDNA 3', mRNA sequence TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGAAGATGGAAGACTCCACTTTGATGGAGACGAAAACTGGACCAACAATCCCACAAGTCTTGAGGATAACTTTGGTCTTCATGCTGGATTGTTGGGGAAGGAATCTAATCCCTTCCAAAGACCAACGGCTACGACAAAACAATTTGATTTGGAAACTGTGGCTTTGCATGAAATGGGTCACCTTTAGGGCTTGCACACAGTACTGACCAAAATTCAGCTATGTATCCCTATTGGGCAGGTGTAAGGAGAAATCTAAACCAAGATGATGTGGATGGAATCACGGCTCTTTATGTGCTTCATCGTTAACTAGAAATAGAAACTAAAATCTTTGTTCCACACTTAATTAAGTTATGGGAAAGGGTTGTTATATACTTCCTCCGTCCCAATATATAAGCAAAAATTAGTTAACATAAATTGATGTATTTGATACAATTTTTGAACTAAATACATTAACTTTTGTTGACCAATTTTTTGAAAGTTGGTTGCTAACTTGGTCGAAAGTTGGCGTGAATTAGATGTGTAATTATAGATAAGACACTACACTCTAATGGTTATGAGCACGATTGAGATGAGTGATTGTCTAGCTTATATTTTATAGAAGCACTAAAAAAAATCAAAGTAGTATAAATACATTTTAAAACTATGGAACATTTGAAAAATAAGAAAAAAAACATTTTAATGAGTATAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|30098488|gb|CB891320.1|CB891320 EST648289 KV3 Medicago truncatula cDNA clone KV3-49J10, mRNA sequence TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CGGGGTAAAGACATTGATATTTCTGATGAAGCTAATGAAATTCTGGTACATTCCAAACTTTCTTAACTGATTAAAAGCCATAATTGTTTTAATTGATTTGACTTGTTTGATGACCTAAGCTGAACTCATTTTTGATTATAGGATAATATTGAAACTCTTCAAAGCCTTCCTAAGACTAAGTTTTTGGATTTGTTCCAAAGCAAATATGTGCGCTCTGTAATTGTGAGTACAACATACTTTAATTGTAGAAATTAAATTCATTCATAGTGTGTGTAATTTCTCAAAAGGGTCCTAAACTATATAGAACAATTTCAGATTGGAGTTGGATTAATGGCATTTCAACAATCTGTTGGAATTAATGGCATAGGATTCTATACAGCTGAGACTTTTGTAGCAGCTGGTAAGTGAGATGAAATGCATGCTGATTATGGAAAATCAAAAGAAATATGTTTATTCTGTCATACTACATCCGTCCCTAAATATAGTACTCTGTTGACTAAATTACTTGGAATTAATCCATGAAGAAATTTGGGTTGTAGTATTAAATTTTGTGAACATAAATAAGAGTATGGTGGGTAGTAATTAAATATGTAATACA | |||||||||
gi|148766145|gb|ES612839.1|ES612839 MTGland_A025_2007-05-07/MTGlandA025_C07_030_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACGGCCGGGGGNNTAGTTTTGAACATTATAAGATATGATAATCAATAAAGTAAGATATGATAAGCATTAATCTATCATATTTTTTATACGTGCATGATAACAAACATGATATCATTATAGTAAAATAAAAAACTTATTCTCATAATTAATTAAATATTGTAAAAATTACTCCATCCGTCCCTATATATAAGACCCTTTTGCCAAAATCACGGGAATTAAGATAGTGGATATTTGTATTAAAGTTGTTTGTAATCACTATTGTTTTTACAATTTTATCCTTTGAGAAAAAGGTTAGTTTATGCTTTCAACATGTTATTTATTGTTGATTGAAGAAAAAGATGTATAATAAATAGGGGCATGTATGTAAAGAAATAATTAATGTANTTGAAAATAACAAAGGGATCTTATAAAAAGGGACAAAAAAATTCTCAAAAGGATCTTATAATTAGGAACGGAGGGAGTACTTGATTTATCGAATAACTTGATTTAATTACTGCAAGTTGATGGAGAGTCAGACCAATGACAACGATGGTGAATGATCTTATATCTTGGGTTAGAATTGAGAGTATCATGAAAAAACACTATTCTCTTAATTTCAAAATGAATGTCATTTAAGGTTTTTACACGCATATTAAAAAATGCATTAATTAAAAGAAAGAAATATGTTACTCCCTCCGTCCTGNATTAACTGAGTCAAANGCTCATTTCACACGTATTAAAAAAAATGTATAAATGAAAGAAAAAGAAAAATAATTTTTAAGTGCACTTATTNAGTATTAGTGCAATCTCCACTATGATAAATATAAAAAGGGAATAT | |||||||||
gi|157979622|gb|EX527894.1|EX527894 MTGland_A034_2007-05-23/MTGlandA034_E07_028_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTACGGCCGGGGTCCNTGAAAAACTTTGTCCTCATGTACTCCCTCCGTCCCTATATGTAACCCCCCGTTGCTTTTTTCACATTTCTTAAGAAAAGTTGTTAGTGTAGTTAATGTGTCTATTTTATGTGTTAATATTACTAAATTGTCCTTTGTTTGTATGTGTATTAAATTTGACTTTTTGTATTTTAAGACAAATTAGTAGGATTAATGAGGGGTATGTTTAGGAAAATAATAGTAAATGCATCTAGTAATTTGAAAAGGAGTTTACATTTAAGGACAAAAATAAAATCAAATGGGTGCTTACATATAGGGACGGAGGGAGTAGTATATANGGGAAAATGTTAAGAATGCCTCTAAAAAATTCATTAAGAACTTTAAATAACAACTTTTGTAGATAATTTTGTTATTTAAAAATTTGTANATTAATTTTGAAATTTTTAATTTANAGTACTTAGAAAAAGTGTTTTGTAGATAATTTTGTTGAGTTTGTTTATCTTCTACTTTANAAGAGGGAGCTTGATTGAACCTTTCGAGCAGCTAGAATAGCCAAACCACATATAATGTTTTATTGTTGCTCAAGTCATATATTTCTTCCGTTCATATTTATAAGTAAAAAATAATTTTTTAAGTATAATCTCTTCGTTTCAAAATACATGTTCAATTTTTGCAATATGCACTATTCATCTGACTTACTTTGACCATACTTTTTAACTAATGTATAAATACAAATATTANCATGTAANACGTTGTTTGANTTGTCTCGAAAATATTTTTTAAATATTAAATTTTTATAATTTTTTACTTTANNNNATTAAANATATTAANGGNCAAAATNNNNNNTT | |||||||||
gi|13595138|gb|BG580074.1|BG580074 EST481796 GVN Medicago truncatula cDNA clone pGVN-36L23 5' end, mRNA sequence TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GAAACGGCGGCTAAGCATGAAATGGGTCACCTTTTAGGGCTTGCACACAGTACTGACCAAAATTCAGCTATGTATCCCTATTGGGCAGGTGTAAGGAGAAATCTAAACCAAGATGATGTGGATGGAATCACGGCTCTTTATGTGCTTCATCGTTAACTAGAAATAGAAACTAAAATCTTTGTTCCACACTTAATTAAGTTATGGGAAAGGGTTGTTATATACTTCCTCCGTCCCAATATATAAGCAAAAATTAGTTAACATAAACTGATGTATTTGATACAATTTTTGAACTAAATACATTAACTCTTGTTGACCAATTTTTTGAAAGTTGGTTGCT | |||||||||
gi|7568880|gb|AW694143.1|AW694143 NF072H01ST1F1014 Developing stem Medicago truncatula cDNA clone NF072H01ST 5', mRNA sequence TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCACGAGGGCACCACATATTTTTCAATACACTTTCTTTATTGATACTATTATATTTTTTTGGTGTTGACCGGGTTGCATATATAACATTATGTTTCAGATTATTTGTATAATATTCATTTGAAATTCATACTTCCTCCGTCCCTATATGTAAACATCCATTTGATTTTACTTTTGTCCTTAAATATAAACCCCTTTTCAATTTACTAGATGCATTTATTATTTTTTTCCTAAACATACCCTGAATTAATATCACTATCTTGTCTTGAAATATGAAAAGTCAACACATACAAACAAAGGACAATTTCGTAATATTAATACACAAAACAGACACATTAATTACATTGACAACTTTTTTTAAGAAATATGAAAAAGGCAATGAGTGACTACATTAACGGACGGAGGGAGTATATCTCAGAAATAACAAAATAAACAAAGAATTACTCATATTATAACCCAAAATTTATTAAATGAACTATTAATATCTACATAAAATATAAAATATAATATAATATCATAGTTGTGTAAATTAAAATAATAAAAAATATGTGTTTAGAGTGAATAGAATTGACACATATAAGGAAAAAATTTATTATATGAAATTGATAAAATAAGTAAATTTAATTTTAAATCAAGATAATTATTTCAATTTTCTCTATCATTTAAATAT | |||||||||
gi|157978135|gb|EX526407.1|EX526407 MTGland-A071_2007-08-18_1/MTGland-71_G11_021_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACGGCCGGGCACCTAAACATAAATGACGAAAACAACTTTATTCAAATTGATAGAATATATCGATATAATTCAATTCCAAAGTCTCTAAAAACAAAATGGATGAATCAGCGAATAACTCACAACATTCATGTTAATAGTATAAAATAGAAAAGTACATATGCCTACAAATATGACTATATTCAAGTCTTTGGAATACTCATCTCTCCGGATCTGCAACGTTGACGACGCAAAAGTCATTGATCGAATCTACACTTGCACAAAGCTAATCTTTCAACCTGAATCAAATAAACATCGCACTAAGACGGGAATAAAAAACACACCGCACAAAGACGAGAAATCTAAACAAACAGAATCACGAAAACAAACGAAAGAAAACTGAGAATATGTGGAAATCACTTATTTAATTAGGATATAATAAAAATAACTCGGAGGGATGATTCTAAGTCAAAATTAATCATAAATCACCCATCTTCGATTGACAAGAAGAAGAACGGGATGACATCTAAGGTTTGAGAAAGAGAGAAGAGGGGTGTTCTAGACTATTTAGCAAAAAAAGAAAGAAAAAAAAACTCTTAAATGCTATATACACCCTTCATCCCTATTTATATACACCCTTTGAAATAAAAGTTTTATCTTTATAAAAAAGTTCGTACACAAATTATTTGATATATAATCATAATTAGTAGTATCACTTATCTTAAAATATGAAAAGTAAAATTAAAATACACATGAAACAAATAATAATTTAATACTCCTCACACATAAAATAAATACATTAACTACATTATCGATTTTTCTCAATATATGTGAAATTCATCAAACCAGCTTCTAATANGGNACGANGAAGTACTTAATAGTACCNACTATCGGGACTAATTAAGANTTCTATGCTGTTCACCCAAAAAATTAAATGNTCTANNNNGNNAANNTTATANTNNTCTTTNANTTNNCTT | |||||||||
gi|13781930|gb|BG646818.1|BG646818 EST508437 HOGA Medicago truncatula cDNA clone pHOGA-9L12 5' end, mRNA sequence TATATATAGGGACGGAGGGAG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TGGGGATTCTAGAGCTCAGTTTTGGACTGCTTCTGCTTGTGGATTTGTGGGACATTTGTATTTTGATGAACTTGTCAAAAGAGGCATTCTTCCATTCAAAGGTACCAAATAGTATTATTTACTTTTATCTCTTAATTTGCTTTAATTTTTTTAATTGAATATTTTTTATCTAAAAATCGATCCAAAACGAACTATATATCGGTGTGTTAAGTGTCACCCACATTAAATAAAAAGTGGATGTTTTGGAATATATACCTGAGAAAGATAACCCATGTGATAATATCTCAAAGTTTTAAAGAAAGATGTGGAATATTATTATTTTAGATAGTGGGAATGGTAAGGTAAAGAACTTGAGATGCAAATGTTTACCTTTGGAAATTTCACCATTTGAACAAGTTTGGTGTGACACATCACACATGTGACTTTGTTCACAAATACTTTGAAAAGAGGATAAGTACGCACCCATAAACCTAAGACTTGTGACTCTGTTTCACAAATAGCTTTGAATATTTACCATTTTGACAAGTTTGTGTGAGATCTATGACTGTTTCACACATAAAGTATGAAAGTTATTCTAATTGACTAAACTATATTATTTTTATTATCATTAAATTAGTGTTATGACTATTTATTACTCCCTCCGTCCCTATATATAAGACCCTTTTGCCAAAATCACGGGAATTAAGATAGTGGATATTTGTATTAAAAGTTGTTTGTAATCACTATTGTTTT | |||||||||