mature miRNA: ATAATAATAATAATAATGATG species: Mimulus lewisii database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|238472504|gb|GR201595.1|GR201595 CBPI4830.b1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI4830 5', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GACCCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGCGGACGCGTGGGTTTATTTTTCTTTTATTTTTTTTCAAAATTTTATTTCATTATTATTAATATTATTTGAATTATTTTCCAACTCTTTCTCCCCTCTCTTCCCTTTTCTCCATTTCTTTCCTCATTGGCCCTTCCCAATTCGCAAAAACTTTTAGTTATTATTATTATTATTAATATTATCATTTTTTTTTTGGTTTCATGTCCATTTACATTATATTTATTTATATATATATTTTTTTTTTGAGATATAAAAAATTATATAGTTTTGTTATGTTTAATGTGTGCTTATGTAGAGGTGGCGGTGGTTCTTGTTTTTCTTTATTTCAAATTTTCTTTCTTTATAAACAGGGCAAAGGAGATTAAATACGCTCTTTATACGAATGTGTGTGTGTGTGTGTATATACAGTAAAAGTATAATCCGGGAG | |||||||||
gi|238471928|gb|GR203611.1|GR203611 CBPI6040.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI6040 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GTACAACCATTCTTTGATTTGAAATCAGTCTGTACAGTTCTTCACTTGGAATATTATTTGAATTCTTTTTTTTTTTTGCAAACTATGTTGCATATTTCAGACTGAAGTTTTAACCTAGCCTTTAATTTATTCCATTTTTAACAAGAAAAAAACATTGCATTGCTGCCCTATTATTCTTCCAAATGTTATATGTATGGTGTGTATGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATTATAGACTCTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATGTATATATATAAAACAAAATTTGGAGAAAAAAGAAAGAACACAAGTAGAACAACCAAAAGTTGTTCGTGTAAAAAAAAAAACAAGAAGTATACTGTAACTAACAATTTTTCACCATCCAAGAGAACATGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATTACTACTATTATTATTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGAGGGTGTTGGAGGTGGTGAGATGGATGTGAGCTACAAAACACCTGATTTGACACCTGAAAGCAGAAGAAAACAAAGACAAAAGTTATTTTATAAATCTAGGAGACTCTTTTAATGCTGCACTCCTCAGTAT | |||||||||
gi|238466066|gb|GR197848.1|GR197848 CBPI2433.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI2433 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CATCACTTTGAGGTTGATAAAATAAGTACCAGTTGTATACTGGGTCAGTTCAATTGATTATGTCCCTCTCCTTACAAACTTGTGGCTTCATGCTGATACGTTTCTTCCGGCTTCACATCGTGGTTAATTTTTACCTTTCATCCTTTTGGGGTTGATAAAATAGGTATCCATTGAGCACGGGATCGGGGAAGGTCAATGTAATCAACTAGCCCCTCCCCTCCCCACAAAATTTCAGGCCTTGTGCCTATAGTAGAAAGATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTATTACTACTACTACTACTATCGCCAGTACCACCACCACCATCACTCCCTTCCCATTATCATCGTCATTATTATCATCATCATTATCTTCATTCTTATTTAATTTGCAAAATTCTACATTATTTCATTGAGCTTCTCTCCAGAAATACACTGCTTTAAACAAAATAAAATCCCAGGTATAATGGGTGACAACTCCAGGTGTATATGTTACCAATGATGGGTTGTGTTAATATATGGACTTCAAACTCATGAATGAGAAACCTTGTCAAATAGTTTTGACTGTATGTAGATCGTGCAGGTGGAGTAGGACACATGTGAGGAAATAAATAAGAATGAGCTGAGTAACATTTGACAAGATTGATAAGAAAACAATAAATGAGATCCAATCAACTTTTTCTACTGATGTTAATGTTTTTGTTGAATATCTTTTGTATATATAAATAAACTGCTTTATTAGCAACTTCTTGC | |||||||||
gi|238471158|gb|GR205433.1|GR205433 CBPI7078.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI7078 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACGATTATTATTATTATGATTATCATTATTATTATTATTACAACTACTATTGTTTGATTTCATATCCTACCAAGGTCAACTTTGCCTTTTCATCCTTTCATTGTCAATACAATAAAGTACCAGTCAAGTACTGGGGTTGATATAACAAATTCTACCATTTCCACCAAAAATTGCTGGCTTTGTTGCCAAAATTTGAAACTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTATAGAGTGGTGGGTTGGCAAAATCATTAGTGTTTGGATAAAGTGCTTTGCAACATTTTTTCTAGCTCTTTACATTCTGAGGTCAACTTAGTCTTTCATCGTTGGGAGGAGGGAGCAATTAAATTGATTTTCTTCTTCCCCAAAATATCTGACCTTGTGCCTATGTTAGAAACAATCATTATTATTTATATACACATAGTAGAAAGGATTATTTATATGTATATATATATGTTTTCAAACCATATTTTTTTCATTGCACAGTTATTGATTTCAATTGTCATGTAATATATTGCCTTGCCTATTTTTATTGCTCTTGTGGTAAATAAAGAAGCCATCAGCATCAT | |||||||||
gi|238466264|gb|GR198046.1|GR198046 CBPI2562.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI2562 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GTGTATATATATATATGTATATATATATATATATATACACACACATTCGTACATACATATGAGCCAATATTCCTACGTGCATATGTATGTCTTTTCATTCCAGAATTTCTATTTTAAATGGCCCTCATTGCCTGCTCACTTTCTCACTTTGTTACTCATTGTTTCTCATATATCAAAATGAAAATAAAATACATACAAAAATGGAAGTAATCACTAAAAGCACCACCAATAGTGAAAGATATGCAATTACCACCCCTTCGTATTTATGAAATAGTCATCTGAATTATTCGTGGATATTTGATTTAGCTTGCTGTAGTAGAATAATTAGAAAAGCTTGTTCATGCTATAGTTATTGACGTAACTTAAATTATAAGAATGTTTACTGGATTAAATAAGTTGTATTCTTTGCTTAGATAGTTGTTGTTGTTGTTATTGTTATTATTATTATCATTATTTTTATTATTATTGTTGTTATTATTGTCGTTATTATTATTGTTATATTTATTACTGTTATTATCATTTTCAATATTATTATTATTATCACTATTATTATTATTATTGTTGTTATTATTGTTGTTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTGTTGTTGTTATTATCGCTAATGTTGTTATAATGCTATTCCCAATACTTTTATTCGTGTTGTTATAGCCTTTTCTTAATATTTCTCTTAATGTTGTTTTCATGTTATGATTAAAGTTGTACAAAAGCTTTATACAGT | |||||||||
gi|238470204|gb|GR201023.1|GR201023 CBPI4436.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI4436 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACACAGGGGCGGGGAGAAGCAAATACACATTAGCAAAAGGGTGGCATTAGTAATGGGTAGTGTAGGAGAGGTGAAGGAAGAGGAGGCAGATAATTGGAGTTTCAAAAAAGGGCAGATAGCAGGGTGAGGGGAGCAACGATGCTGGAAGGATGAAAAATAAATACGGGGGGCAGGCCAAATTAGTAATTAAAAATGATTAATAATGATCAGCAATTTTTGATATGAGAAGGCAGAAGGAGACAGACAGTGGGTCGACAAGGGCTTTCAAAATGTGTAGGGGTGGCGGTGTTAGGTAGACGTGATCAAGAAACATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATATTATT | |||||||||
gi|238465015|gb|GR199389.1|GR199389 CBPI3410.b1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI3410 5', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATTTAATCCCTTCCTTGAAAATTACAGGCATTTGTGCCTAAATTAGAAGACCGGTCAACTTTGCATTTCTTCCGTTCAGAGTCGATAAAACTGAGTACCAGTCAAATACTGGGGGTCGATGTAATCGACTTGCCCCTCCCCCTCAGAATTTCTGGCCTTGTGCTTAAAATTAGAAAGAATTATTAAGGCGGCGAACAGTCTGTCTCTTCACCTTCTGAGTTCAAACCCCACCCAGGTCTATATTGGATGTTATCCCTCCGGGGTCGATCAAATAAGTAGCAACCAAGGACTGGGATTGATGATGCAATCGATTTTTCCCCACCTATTAAAATTGCTGGTCTTATACCTAAATTAAAACACATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTGAAAATAAATCGAGAAACTGTGAAACAATATTCATAACAGAACAATTAACTCGAAAAGAAGCAAGAAAAATGGTTTCAGTTTTTAAAGAAAATTCCTAATAAACTTTTTATTTTCTGTTGTATCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGATAATGATGATGATGGTTGTGGCGATGACTATAGCGATGACGCGATGATGGTGGTGATTGTAGTGTTCATGATAAAGATGCTGATAAATGGTGATGACGATGGATATGACGATAATGATAATGATAACTTTTGACTATTGTTCTTATTGAGGATGATGATGATAGTGATGATGATGATCATGATGATGATGATCATGATGATGATGGTGATGAT | |||||||||
gi|238469377|gb|GR208829.1|GR208829 CBPI9051.b1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI9051 5', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATTGCTGGCCTTGTGCCAAAAAAAATTAAAATCAATATTACTGTTGTTATTATTATTATTATCATTATTATTATTAATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATGACTACTACTGCTACTACTACTACTATTGATTACTATAATTATAAAACTATTATTCTCATCGAATTTTGAAAGGAATTATGAGTTTTTTTGTATTTTTTTTAAGATTGTGTGACAATGAAGGCATTGAGACAAAATAAAATGAAATAAAATAAAACAAACTCATGTAAAGAAAAAAAAAAGAAACTACAAAAATTACAGCAAAGAAACAAACAAATAAACATTGTCTCAGGTTTTGACATATTCCTAATGACATGTTTTAATTAATACAACTAATTAATAGGCCCTTGGCTGGCTATTTTTCACCTTCATTGTTCAACATGGCTTGTTCTTTCATTTATATATTCTCTTTGACATTAAACGTATCTTGATGTATGTGCACAAGTGTGTGTGTATGCAAGTGTGAATCGTGTGTGCATGTATGCATTGCATGTATGCATCTTTGTGCATTTTTACACATGAGTGTTGGTTTTTCTTTTTTTTTTTCGGTGAGTCCATGAATGTATGTATGTGTGTGCGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCTTTGTTCCCTTTCGTAAACCAATGACAGTATAAGGACTTACCACCACCAGATCACATCAGGGAATGCTGTCCCAAAATAAGTGCAC | |||||||||
gi|238473366|gb|GR202025.1|GR202025 CBPI5120.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI5120 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACTATGATTAAACAACGGATTTGTCCTGCTCCTATTATTTTTATCATTATTATTATTACTATTATATACATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATAAAATTTTATTTTGGCATTGCTGTTGCGTACTATTAAAAAAAAAACTACAAGTACTTCTTACATGGCTTTCATACCCTTGACTTCGATTTATGTATGATGGTGTCTACCTACCTACCTACCTACCTACCTATCTACTTACCTACCAATCTGTCTATTTATCTATCTATCTATCTATCTGAGTGATCGATTGATCTATCTATCGATCCATCCTATTGGAACGCTCCACTGGTTGCAATTTGCATTTATTTATATATTTTTTTTTTTTTACTCTCCCGTGCTCCTTCTCTCCTCCTCTCGTTCTCCACTTCTTCGTTCCTCCTTCCTTCCCACCCCTCAACAATAGCCAACACATTTTCGATGATTCGATTCGTAAGAAAAACAACCTCTCCACCAACACGTACATGTACACACACACACACACACACTAGTTCTCCACAGTATTCTTCGAAGAGAAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTACAGTAACAATGAACTTGAAGAAACTAGAAAGCAAG | |||||||||
gi|238466968|gb|GR200046.1|GR200046 CBPI3850.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI3850 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TCACCTCAACACTCACTCATTCTTCATCCTCTAACTACAACTACTACTACTACTATTTTTCTTCATCTGTTCATCTTCCTTCTCACCACTACCATCTTGTAATAAGTCATTATTTTGTTATGTTTTACATTATTTTACATTTACCTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTAATCTTTCATATTTCATTTAAGGGGATTTCTTATAACCGGTCTCTGTTATCCTGATGTTTCTGTTTTGTTTTGTTTTTACCTGTCCATTGGTTTTGTATGGGTGTACACCTCTGTGATATGTGCTGATATATAAGCGTTTTTTTCTTTGTTTTTTGGTTTAGTTTTTCTTTAAAATAATTTTGTTCAAGCTTTTTTTTTTCTTTTATCATCCATGTATTGCAAATTCAAAATGCAACTCTAGAGAGATAGCAAGTCTAAAAAAAAAAAATGAAAGAAAAATGACATCTATATATATATATATATTGAAAACATTCACAGCTTACGTGTCACTTTGCTAACTCTTGTTTGTTTATTATTACCATTATTATTATCAGTATTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCGATTGATTAATTATTATTATTATCATTATTATTAATACTACTCCTAAATACCACTATTATTTCTGTTCTGTTTTCTTTTTATTTGTGTGTATGTGTGTGTTCTTTCTTCTGTGCGAACGAGAGGACACCTGTTCATTGTATCTCAAAATAAAACATTGTTTTCC | |||||||||
gi|238472824|gb|GR207747.1|GR207747 CBPI8426.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI8426 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCCCATCCTTTGGAGCATGCAATTTTCCAAGAACAAACAGTAAGAAAGTTTAAAGAAAACAAAAATTACAAAAAAAAATTAAAAAATAATAATAATTTCCATGCATTGGTGTTGTAGTTTGGTGCAGTTTTGTGGTTATTGAGTAGTGGTAGTGATAATGATTATTATTATTGTTATTATTATTATTATCAATGGTTATTGTTATTCCATGCGAGGTCTCACTGTCGAATGACGGCGCCAGACTAAAAAGTCACTGACCCTGTCTGGGAGCCCGATGAAATCTCACCGCAGAAAAACCCCCTCGTTCATCGAATGCGATATCTGCAGACCTCCGCCAAACGCAGCCACCACCAACCAAACCACTCACTATTTCCGACCCCACCCATCCCGACATGTCCCTTTCCAACAAAAAAAAAAACATATATAAAACAATGACTGGAGAATGGAGAGAAGAAAAAAAGCGTAATGAACAAAAAATAAAGCCCCCCCCTCCATTGCCATGGTCCCCCGCCCCCCACCTGAGAAAAGTACGAATCAAATTACAAAAAAAAGCTTCATAAAGAATATTAAAAAAAAAAATGAAAAATTACAATAAAAGTTTTGAAAATTTCCCCACAAAAAAAATT | |||||||||
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gi|238472471|gb|GR201562.1|GR201562 CBPI4807.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI4807 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GACCGGATGTCTTTAGACTAAAACTTGTGCAACACCCCGACTCATGACCCTGCTCACCCCCTCNCCACACACAACCCCTGTAAATATACACACCCTGTTCCTCTCTAAGAAATTATTATCATTATTATAATCGACTCTTCCCACCCTCAAATGTGCGGCCATGTGCCTGTGTTAGAAAACATTTATTATTGTTATTATTATTATTATTGTTATTCATTGGATGGTCAAGTTGAGGCCGTGGGGGAAAAGGTATATGACTCGGGTAGTTTGGGGTATCCAAAAGAATTTTAAAATAAATTCTTGGCATCCACAAAATATCTGACTTGAAACTCACCCCACCCTCTACAATATTTGGTGTACCAGTTATATACTGAGGTAAACAATTTCAATCAACTGCACTTTTGTTCCTTTACAAATATGACATGGTGCCCTCTCAAAAGAAATCCATTATTATTGTTATTATTATTGTTATTATTATGAGCGCCATGGTGTGGCGGCAAATTCTTGGCAAATCAAATCTACAATCGGGGTTCCAATCTCACCATTGGAACTCGTTCATTTACTTCATTAAGGCCCCTTGAAGAGGGCAGCACTATCATGACTTTCTTTAATTTTAAGGCTTTGAGCCTAATTTAAGCAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACAGTTATATTTTGTTACTGTGTAACTTGTATTTGATAAAACCTATAAAAACCATTCTACATAC | |||||||||
gi|238474417|gb|GR206100.1|GR206100 CBPI7471.b1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI7471 5', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATTATTATTATTACTATTATTATTATATGTATCCATGGCAATGCTAACGATGCATGCAAGGTGTGCATAAATGCAGGGTCGTTGTGCACCGTTAACACTGCAATGGATACATATTATTATTATTACTATTATTATTATAATTATTAATATTATAATTATTAATAGTAGTCTTAGTAATAGCTGCTATTAGAAGGGATGGTTTAAACACAGACATACACATATATTGCATTTGTCGAGAAAGATGGTCTTAATTGCAACTTCAACACTCTGGTGTTAGTGCCCCTCCAATCACTTAATAAGGGCTATATATACACTCTATATATAATATATACACTATATATATATATATGTATATATATCTATACGTGCATACACTTGTATTATTATATATATATATATCTTTTTCTAGGTAAGTTGTTGTAATCATTCTCTTCTGACTTTCAAATCTGTTCTAATTAGGTTAATAAAATTGTTAACATCTTANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAG | |||||||||
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gi|238470269|gb|GR201088.1|GR201088 CBPI4477.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI4477 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TCTGCCAAAATTCCAAACCATTATTGTTACTATTATTATTATTAGTATTAACCATTTTTATTATCATTACGAAGGCGGCGAGCTAGCAGAATCATTAGCACACCAGGAAAAATGCTTAGCGGCATTTCGTCCGTCTTTATGTTCTGAGTTCAAATTCTGCCGGGGTCAACTTTGCCTTTCATCCTTTCGGGGTCGATAAATTAAGTAACAGTGAAACACTAGGGTCGATTTAATCGATTAGTCTCCTCTCCCCAAATTCCAATCCTTTCTAGAAAGGATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTCTTATTATTATTATTATGCAGAAATTCATAAGAAAAGCATGGATTCCCACAACCTTCCCTTAATGCTTGAGTTTCAGATATCATTTAAATTGCTCCCAACATAATCAGCTATATTCAAACTATGGTTTGTATTCTCATTGAATTTTTATATTCACATGTTTACTCATATTAAATTGCAATATGGTGCATTGTAATTTTGCAATTTTTGTAA | |||||||||
gi|238470074|gb|GR200893.1|GR200893 CBPI4356.g1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI4356 3', mRN ATAATAATAATAATAATGATG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AACTAGCCCCCTTCCCACTAAAATATCAGGCCTTGTGCCTATAGTGGAAAGAATTATTATATCAGTGTTCTTGGCTCATTTTGTGAGCTCAAACCCCATCTAAGTTCTTCTTTTCATTCCCCTGGGGTCAACAAAATAAAGCACCACCTGTCATCAATGGTATTTCCTTAATTACAAATCTTATGCCTAAATTAAAAATTATCATTGTTAGTGCAGTAGATGCAGAATAATGCCAGGTGATATTTTATCCAGCTCTTTGTTTTGAGTTCAAATCCTGCTATGGCCAACTTCACTTTTCATCCTTTTGGAGTCTGTAATTATCAGTTAGGTACTGTATACAATATAGTCATACAAAATTTCTAGTTTTGTGCCTGTACAAGAAACTATTATTATTATCATTATTAAGGTGATGGATTGACAGAATTATCAGAGTGTTGTATGAAATGCCTTGTATTTTTTCAGGCTAATTAATGTTCTGAGTTCAAATTCCACTGAGGTCAACTTTGCTTTCCATCCCTTTGGGGTTGATAAAATTAAGCATTAGTCAAATACTAAGGTCGATGTAACTGATTAACCCCACTGATTAAAATTGCTGGCCTTTGTGTCAAAACTTGAAACTATTGTTATGATAATTATTTTTATTATTTTATTATTGTGGAGAATGGTAAACTCAGTAGAGCATTCAATAAATTGTCTTTCACAGC | |||||||||
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gi|238476233|gb|GR204890.1|GR204890 CBPI6769.b1 CBPI Mimulus lewisii floral buds (L) Mimulus lewisii cDNA clone CBPI6769 5', mRN ATAATAATAATAATAATGATG |