mature miRNA: ATAATAATAATAATAAT species: Papaver somniferum database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|171478390|gb|FE966720.1|FE966720 PLATE_T3_030_D11_02DEC2004_089 Opium poppy elicitor-treated cell culture cDNA library Papave ATAATAATAATAATAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCGACCTTAAGAAGCATGTGATCGAGCCAGTCATCCCTGCCCAATACCTTGATGACAACACCATCTTTCACTTGAACCCATCTGGTCGCTTTGTCATCGGTGGACCTCACGGAGATGCTGGACTAACTGGTAGGAAGATCATTATTGACACCTACGGTGGTTGGGGTGCTCACGGTGGTGGTGCTTTCTCTGGAAAGGATCCTACCAAGGTGGATCGCAGTGGTGCTTACATTGTAAGGCAGGCAGCCAAGAGTATTGTTGCTTCTAAACTTGCCCGTCGTTGCATTGTCCAAGTTTCTTACGCCATCGGTGTTGCAGAGCCATTGTCCGTGTTTGTTGACACTTACAAGACAGGTACTATCCCAGACAAGGACATATTGAAGCTGATCAAGGAGAACTTTGACTTCAGGCCCGGAATGATGTCAATTAACCTTGACTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAGGTTCCAGAAAACTGCTGCTTACGGACACTTCGGCCGTGACGACCCTGACTTCACCTGGGAGACTGTCAAGAACCTCAAGCAAGCTTGATTCTGATTCTCGTTTATAAGGAAATTATATGGGGAATATAAGAAACAGCATATCTATCTGTACTTTTTAATTCAACATAATTGAGAAAAAAAAGCGAGGAAACCGTGCCCGAGGTGAAACTTCTCTGAGTTGGTAGTGGGTTTTAGGAGTTTGTAGCATTATTATTATTATTATTAT | |||||||||
gi|189455177|gb|FG608112.1|FG608112 stem_S031_C08.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence ATAATAATAATAATAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTGATAGTTCGAGTATCCTGATCTTGTTTTGATTGTTGAGTTTCTCACTCAAACAAGATAGATAGAAACCATAAATTTCTCTTCGTCTCAGACCTTGTGATTCCACAAGTTTAATACTTATGAGGTGACTAAGAATATAAGATGCTCTTTGGGAGTCATAAGACCGTATTTTGAAGTTAGCTAGACTTTCTCTATTGCTATCGATTTCCAGTCTCATCTTGATCGACAACCAAAAAGGAAATCACATATAGGCTTATCTGTGGGAGGCAGATTTGTTTAAAGTCTTTAATTGAATTGAATCAACTCTTAGGCTGTAAAGGAAGTCATCTAAGGGAATCAATTGCGCGAGTCCTGCTGGGATTGAAGATGCGTAAGGAGCGCGACTGTAATTGAATTGTTGTGAGGGTTTAATTCGGTCTCAACTACATTTCAGTCGGAACTTTTTTGTAGTAGGATAGAGTTTGTAGCGGCTTAATACAGTTTGGTGTTCAATATGGACTAGATCCCGGGATTTTTCTGCATTTGTTGTTTCCTCGTTAACAAAATTTCGGGTATATGTGTTATTTGTTTTCCGCATTATATTTTTTATCTTTATAATTGAAATATCACAGGTCGTAAGTAAATCAATCAAAGTAGATACATTTATCCTTGTTTGTTGGATACGACTTGATTGATTCTTGGATATTGATCTTTGGAACCGTCCAAGTACTCTCACACGCGAATCAGGTTCACGAATTAGTCTTTGAAAACTTTCTGATTGTGAGAAATAGAAATATAACTCTAAATATTATTCCTTGATTGAGATTCATTAAGTTGAACTCTCAGAATTGTATTTAAGTTTTTCCTTACAGGTTGCCTAAGAAAAAGTTGGTGTTGTATTTTGGTACTCCCGCTTTTTCATTTCATTTACCTTTTCTCCGAATTTCCTTATAAACATGGGCGTAACTATGCTGGACTATACTTGGCTGAGCCACCCCCACTAAATTATTTTTATAGATTTACTGCATTCCAAAATAGTGCATCCCAGTGCACTACTGCCAGCCAAGGTAAGAATTTCCTAATTTCTCTCGCCTCTTTGGGCGCAGTCAGTAGCAAAACCGGAACCTATGTGCCGGGGAGTTGAACGGAAAATTATTAATATTATTATAATTATATATATTTTAGCGCGGTGGAGGAATTCTTAACGTGCGGCGTTACTTTTTTAGAAAAGAAGCT | |||||||||
gi|171478787|gb|FE967221.1|FE967221 PLATE_T3_035_H08_01DEC2004_050 Opium poppy elicitor-treated cell culture cDNA library Papave ATAATAATAATAATAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CGGCTCCTTAGGAGCAGATCTGGGCATATCAATCAATACCCTTTCCTCCTCCGTCCTTCCTGCTTCTGTTTCTGTAATTTTTCCCAATTTATTTAGTTTTGCTTTTGAGTTGATAGAGTTTTGATTCCAGCGTTTTCAAGATTTAAATTGGTGGATGTTTGTCTGATTTAGAGTAGGTATGATTCTCCTTATGATGAAGAGAAGAGATCAAGGCAAATCATCATTACCAGTTTGAACCTCCATTCAAGTCGCAGCTGCAACAATAGTTCCGACTCCGATAACTCTTATTAGCAGATCGGTTTTTCAATCTTTTTGCAGTTATACTAGGTTTACAGGATTAGTGTTTAGATCTACTTCAACAGCAGCAACAACAGAAGAGACAATATCAGCAGCAACAACATAAGAGACAATATCAGCAGCAACAGAAACAACAAAATCAACAGGAACACCCAGTAAAGCAACACCTCCGATAACAACTCAGACACATATGCAGACCGATTCATTCCACTTCCGACGGATTCATACCGAGCTTGCTACCAAATTTTATTTTAGTTTAGTATTATTAGTATGTTACATTAGCTACTTTGTTAGAAAAATCTTGAAAAATGGATGGATCATTTGTTGATCCTAACATCTTTGCCTAGTGCAGAGATGTTAAATTGTTTGATGT | |||||||||
gi|189446517|gb|FG598645.1|FG598645 PFR_T3_40R_G10_10SEP2003_068 Opium poppy root cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA seq ATAATAATAATAATAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGCAAACTCTGAAATGTTGAGACTATTGGTGTAGGCTATTTGGAAAGTATGATTATTATTTTCTCTCTGTCTCCTCCTCTCTCTCTCACTCCTTCTTCTCCAACAAAA | |||||||||
gi|189452379|gb|FG609528.1|FG609528 stem_S049_E04.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence ATAATAATAATAATAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TATGGTTGTGCTTTAAGATCAATCAATTAGATAATCCAACCTTTTGTTGTTGATATAAATTGATTGACACTTGAATATTGGTCTTTGGTACCGTTCAAGTTATTTCTATTATTCAATCGAGCTCGCAAATTCCTATTTGCTGATTGCAGATTGGATTGAGAAATTGAGATATAAACTCTTTGATATACTTTTCTCTAGATTGATTCTGACTGTCTAGTTGATTCTCTTGAAAGTATATTGGAGTTTGTCTATTCAGATTGCCGAACGAAATATTGGGTGTGGTTGTTAGACCCCCGCTTTTTCAATTTATATTCATTTATACTCCCTCTGTCCTTAAATAGATGACATTCATTTTTAAATTTTGTCACACTAATAGGTGGCCTATCATTAAGATATTTCTAAAACTACTCTTTTAATTGATTATTGTTAATATAAGAAATTTGTATAATTTGGTAGACATGTTTATATTCGTTAAGTAGGTGTTTTAAAATGATTTAAGTGTTACAAAATTTATGAATATCCGTGGTATAGTTGAGGATATAAATCATTTCTAAATTTTACGAATTATTATCCATAAGGATTTAATTGTAAAAAATACTCTATCCCCTCATCCTTTCCTGAAGAATTGTGCAAAGTTGAACTAGGGCATCTATTTAGGACGGAGGGTGTATTTATTTATATTTTAATTTTTATTATTATTTTCTATTTATTAATTTTTATGACTTTTTTTTTTATTAAGATTGGTTCGGCTAGCTTTTTTTTCCTATCAGTTCTTAGTTGAGGGTCGCCTAAGTTGATTTTCTTTTTATAGTCGAACCCAGGTTCGGCGAGTTTTTTTTATATTCTAGTCGAACTTCAAAAATAAAAAAAGTTGTCCTCCGTATGCGAAGATAGATTAAGGTTCTGCTAAGTTGATTTTTTCTCTTAGCTGAACCCAAATTCGATTAGATTTTTTTTTCCTAACTGACTTAAATTGTTATCCGCATATCAGATATAACGAGAAACCAATCGAGCATGAGTTGTCTTCGCATAAAAGATAGATGAGTCGTAGAAAAACTAGCGACGAACTATGAAAATCAATAACAATAAAATTTTAATGTCAGTAAATATAAAACCATAAATAATCTAGGATTAGCGGTACATATATGGGTAAGGTTTCACGGTTACAC | |||||||||
gi|189452379|gb|FG609528.1|FG609528 stem_S049_E04.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence ATAATAATAATAATAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TATGGTTGTGCTTTAAGATCAATCAATTAGATAATCCAACCTTTTGTTGTTGATATAAATTGATTGACACTTGAATATTGGTCTTTGGTACCGTTCAAGTTATTTCTATTATTCAATCGAGCTCGCAAATTCCTATTTGCTGATTGCAGATTGGATTGAGAAATTGAGATATAAACTCTTTGATATACTTTTCTCTAGATTGATTCTGACTGTCTAGTTGATTCTCTTGAAAGTATATTGGAGTTTGTCTATTCAGATTGCCGAACGAAATATTGGGTGTGGTTGTTAGACCCCCGCTTTTTCAATTTATATTCATTTATACTCCCTCTGTCCTTAAATAGATGACATTCATTTTTAAATTTTGTCACACTAATAGGTGGCCTATCATTAAGATATTTCTAAAACTACTCTTTTAATTGATTATTGTTAATATAAGAAATTTGTATAATTTGGTAGACATGTTTATATTCGTTAAGTAGGTGTTTTAAAATGATTTAAGTGTTACAAAATTTATGAATATCCGTGGTATAGTTGAGGATATAAATCATTTCTAAATTTTACGAATTATTATCCATAAGGATTTAATTGTAAAAAATACTCTATCCCCTCATCCTTTCCTGAAGAATTGTGCAAAGTTGAACTAGGGCATCTATTTAGGACGGAGGGTGTATTTATTTATATTTTAATTTTTATTATTATTTTCTATTTATTAATTTTTATGACTTTTTTTTTTATTAAGATTGGTTCGGCTAGCTTTTTTTTCCTATCAGTTCTTAGTTGAGGGTCGCCTAAGTTGATTTTCTTTTTATAGTCGAACCCAGGTTCGGCGAGTTTTTTTTATATTCTAGTCGAACTTCAAAAATAAAAAAAGTTGTCCTCCGTATGCGAAGATAGATTAAGGTTCTGCTAAGTTGATTTTTTCTCTTAGCTGAACCCAAATTCGATTAGATTTTTTTTTCCTAACTGACTTAAATTGTTATCCGCATATCAGATATAACGAGAAACCAATCGAGCATGAGTTGTCTTCGCATAAAAGATAGATGAGTCGTAGAAAAACTAGCGACGAACTATGAAAATCAATAACAATAAAATTTTAATGTCAGTAAATATAAAACCATAAATAATCTAGGATTAGCGGTACATATATGGGTAAGGTTTCACGGTTACAC | |||||||||
gi|189446439|gb|FG598606.1|FG598606 PFR_T3_40R_D04_10SEP2003_026 Opium poppy root cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA seq ATAATAATAATAATAAT |