| mature miRNA: TAATACTCCCTCTGTCCCACT species: Papaver somniferum database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|189458071|gb|FG613188.1|FG613188 stem_S095_D06.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TAATACTCCCTCTGTCCCACT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCGGTATTTTGCACAAAGATTAAGAAACACAAAGATAATAGTTTTTTTCCACAATTACCCTAGGTTAGTATTTAATGTTCCCAGTTTTAGATGTCTAGGTTTTTGTTATTTTGTTGGAAAAATTCAAATTAGAGGAAATATATAGAGAAAAGTATTTAAGAGTGTGTCTTGAAAATTGAAATACACAATTCTCCAAATTATGGCATGATTCCAAGTTAGGGCAAATCAGGATAAAAGGTGGAAAAATATGAAGTATGGCAAGTATTCTAGGACAAAAAAAATCCTCAATTTTAGCATCTAAACTAGGATGGAGGGAGTATTATTGGTTAAGGATGTCGTCCTATATCTACAACTTGTGCTTGATTAATGCGTTAGTTTTGTCTCTTGATTATCGTTCAAACTTCTACTGTTTTTATAATCACATGATTGATGTATTGTGATAGGATTAGATTTTTGTTTGGTTAAGTGGCCAATTAATTAGACTTGCATCCTTGTCCATAGATAATTGAGGGTTTATCATCGAGCGATAACCCTAAATACAAGTAGCATGATATGATTACGGTTTGTAGTGATACACTCTCGTAATCATATGTAGAGCTTGACTATTGTCCGAAATGTCATACGCAACGTATGACAATTGCATTGATTAGCCTATTTCTGAGAACTTAATGCTCCTAGGTAATTGAAACTTAATTAGCGCAAGGCGTTAGGTTATTCCTTAAGTAGAATTCATATTCGCAGCTCTAATGGGTTTGTTGATGAACTTAGGAATTAACGGATTATCTTGCTCTCTTGGAAGTCTAGGGCTTTTGATAAAAAAAAGAGATTAAATTGTAATTCTAATCATGGATGCAGCACTTGTTTAAGATAGAGATGACTCCTGGACCAAATCTCTCTCTATTGATAATTTCCACAATTTCATTACTTATTGGCTTGGTTATTTTGATAAAACAAAATCCCCATTGGTTACAAGGAACCAGAATTTTTAAACAACAATTGCCTTCTGTGGAACGAACTCTTCCTTACCTTGGCCTCCTTTTATTTTTTGTGAGAGAAAGGAATAATTTT | |||||||||
gi|189457503|gb|FG613908.1|FG613908 stem_S103_H05.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TAATACTCCCTCTGTCCCACT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CATACTCCCTCCGTCCCACTAATAAGTGACCTAGTTACTTTTAGATTTTGTCCCATCGTTAAATGATCCCTATCACTAAACAAGGAGATATTTCTAAAATTATCCTTTAATTGATTATAAGAAATATAAGAAATATGCATAATTTGATAGTCATGTTTATATTCGTTACGTAGGTGTTTTAAAATGCAATTCAATAGTACGAAGTTTGCGAAAATCCGTGGTGTAGTTTGAGAGATAAACCATTTCAAAATTTCACTATTTATTATCCATAAGGGTATAACTGTAAAAATGCTTAAAAATACTTTTCTCCTTACTTGCCTTAAAAATTGTGCAAACTTGAACTAAGTCACTTAATAGTGGGACAGAGGGAGTATGTTTTAGGCCTGCGCAACAACCCTGACTGCAGTACAAAATATAAAACACGTCGTCAATGCCTTGTTCGGTTGTTACCTTTGTATCCGAGAGTAATTTCATACTGCCTTTGTCATTACATGTTCATAGGAAAATGAAATACAGCCGAAAAATTATAATCGAATTAAATAGCTTTTGTATTGTTATTGTCACTCGGACTCGGAAAGTAAGAATTGTAGCACGTCTAATACTCTCTCCGTCCTATTATTAAGTGACCTATTTAATTTTATATTTTGTCCCACTATTAAGTGACATATATCACTAAACAAGAAGATATTTCTATAATTATCCTTTTAATTGATTATAAGAAATATAAGAAATATGCATAATTTGATAGGCATGTTTATATTCGTTAGGTAGGTGTTTTAAAATGCTTTTCAATGGTATGAAGGTTTGCGAACCTTCCGTGGTGTAGTTTGAGAGATAAATCATTTTAAAATTTCACCATTATTAGCCATAAGGGTGTAATTGGAAAATATGCTTAAAATACTCTTTTCCCTTGCTGGCTTTAAAAATTGTGCAACTTGAACTAGGTCACTTAATATGGGGACGGAGGGAGTACATAATTAATTTTGTAGAGGGGATTATTATTAGCCAACACCCATCCACAGACCAAACCAAAAATTCAGTACCTCCTTGGCAATATGTAATTGACTAGGGCTTAACTCCGGGCCCGAACCGGCGCCAGGCAAGGTTTATTGGGTATGCATTTTTTTAGCAGGAATTAAATAATATTTTTAATTACAGGTTCCCTTTCTTATCCACGAGAAAGGGTAGGGAATGAAAAATTTCTCT | |||||||||
gi|189448064|gb|FG604144.1|FG604144 PF_T3_61R_B07_27AUG2003_061 Opium poppy root cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequ TAATACTCCCTCTGTCCCACT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATTAGTTTTGTTTATAAAACTGATTAGTCCCCTTGATGTGATTTGTTCCTTTGGGAATTTTGTAATAGTTTTTGTGCTTGTAAGATTAAGGTGGCTAGTCAAGAATTGGTGGAGTTACTATAGATATGTTTATTGTATGATGACCTTGAAAAAATCTTGTAATGGTTTCGGGTTTCCAAAATCGGTTATGTTTATGAAAGTATTCTAAGGTTCTCCTCTTTTATGAAAAAATGTACACATCCTTTCACATTTTTCAGTGGTTATAATCAGAAAATTCAATAATAAGAGAAGCACCCTATTTGGAAAGTCCACACTATTCAACAAAAAAAACAAAGCATAATGTGAGTGAGAAAACGCTTATGATAACAAAGTAAGTTAATGTTATTGATTTTCATCTTATTTCTCTAAGGGATGTTGCTGGAGGTGTTTGTCTTATTTGAAAAAATAATATACGATGGTTCAGGATTGTATTATAGTTCCAAAATATATTTGAGAGTTTCCATATATTTTCACAAAACTACCAAAAACGTCTTCATGGATTATATGGTTTCTTTTAACAAAGTAATAGCAATTAATATTTCAAAAAAAATTCATGGACATGGAAAAAAATTTAATCTTTTTCATTTTTATTAATTTGCGTGAAAATTCCCAAACCATCATCGAAAGTGGAACGGAGGGAGTATAAGAATTCATATACTAAGTATAGGTATGGAATATACTCCTTAGAAA | |||||||||