| mature miRNA: TACTACTCCCTCCGTCCTATT species: Papaver somniferum database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|189458071|gb|FG613188.1|FG613188 stem_S095_D06.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TACTACTCCCTCCGTCCTATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCGGTATTTTGCACAAAGATTAAGAAACACAAAGATAATAGTTTTTTTCCACAATTACCCTAGGTTAGTATTTAATGTTCCCAGTTTTAGATGTCTAGGTTTTTGTTATTTTGTTGGAAAAATTCAAATTAGAGGAAATATATAGAGAAAAGTATTTAAGAGTGTGTCTTGAAAATTGAAATACACAATTCTCCAAATTATGGCATGATTCCAAGTTAGGGCAAATCAGGATAAAAGGTGGAAAAATATGAAGTATGGCAAGTATTCTAGGACAAAAAAAATCCTCAATTTTAGCATCTAAACTAGGATGGAGGGAGTATTATTGGTTAAGGATGTCGTCCTATATCTACAACTTGTGCTTGATTAATGCGTTAGTTTTGTCTCTTGATTATCGTTCAAACTTCTACTGTTTTTATAATCACATGATTGATGTATTGTGATAGGATTAGATTTTTGTTTGGTTAAGTGGCCAATTAATTAGACTTGCATCCTTGTCCATAGATAATTGAGGGTTTATCATCGAGCGATAACCCTAAATACAAGTAGCATGATATGATTACGGTTTGTAGTGATACACTCTCGTAATCATATGTAGAGCTTGACTATTGTCCGAAATGTCATACGCAACGTATGACAATTGCATTGATTAGCCTATTTCTGAGAACTTAATGCTCCTAGGTAATTGAAACTTAATTAGCGCAAGGCGTTAGGTTATTCCTTAAGTAGAATTCATATTCGCAGCTCTAATGGGTTTGTTGATGAACTTAGGAATTAACGGATTATCTTGCTCTCTTGGAAGTCTAGGGCTTTTGATAAAAAAAAGAGATTAAATTGTAATTCTAATCATGGATGCAGCACTTGTTTAAGATAGAGATGACTCCTGGACCAAATCTCTCTCTATTGATAATTTCCACAATTTCATTACTTATTGGCTTGGTTATTTTGATAAAACAAAATCCCCATTGGTTACAAGGAACCAGAATTTTTAAACAACAATTGCCTTCTGTGGAACGAACTCTTCCTTACCTTGGCCTCCTTTTATTTTTTGTGAGAGAAAGGAATAATTTT | |||||||||
gi|189457726|gb|FG613683.1|FG613683 stem_S101_D07.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TACTACTCCCTCCGTCC-TATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCTTTTATTATTATTAATTTCTTTATTTAATTTCTTTTAATTTTAATTTTCTTATTTAGTTTTGCATTATTATTATAATTTTAATTGTTATTAAAAAAATTATCTTTAATGTTTTTTTAATATTGTTTATTTGTTTATAATTGTTATCTCTATTGTAATTAGATTTTAAAGTTAAAAATGCATTGTTGTACTACATTCATCTTATTTTCATGCCAAACACCAAACATTAAATTACATGTAGTTTTAATGCATGACATAGCAACTACATGTAATTGGCAACTACATGCATTGCTAATACTGACGTGCCAAATGGACACTTAGTGTATTGAACACTTTTATATGCTTCAAAGAAGTTAAACCTTCCTTCAGATTTTTGTGTTGGTTTTTTCCTCGAACAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTAGATGAGCTAGTTGTAGTTTGCACAATTATTAAGGTAAGGAGGAAAGGGGAGTATGTTTAAGTATTTTTTTATAATTATATCCTTATAGATAATAACTAGTAAAATTTAAAAATGATTTATCTCTTAAACTATACCATGGTTTTTCGTAAATTTTATACTGTTAAAAAGCATTTTAAAACACCTACATAACGAATATAAACATGGCTATCAAATTATACATATTTCTTATAGTAACAATAATCAATTAAAAGGGTAGTTTTAGAAATATCCCCTTGATTAGAGAGATAGCTCATCTATTTTGGAACAAAATTTAAAACCAAACTAGCTCATCTAATTAGGGACGGAGGGAGTAGTACTTAGTGCTTTTCATTTCACTCTCTTTCGGATTCCTTCAGTGTAGTTGTCGGAAATCCTACAACCTACACCCAAGTGATTCTATGAATAAAACTAAGACATCATAAAAAATCTCTAAATCCTTTTTATAAAAGTTAGAACAAATACAATGAGATATGAGGAACTTTAATTTGGAGAACAAACAACTTTCTCTCTCCTAATTTCTCACTAAAGTCTCAAAACAGGTATCTCTCTTACAATGGCTCTTGTCCTTTTTATAGGGTACATAGGGAAGACAGCTAAAAAGCCTCTATTTCGGATCTGGCTCATAATATCATCGGGTTAACCTTAAAAAAACAAAGCTGGCTCCCATGTTTGGGGGGACTGGGGGACGCCGTGACTCGCCCGCAAGAAAATTTTGGACGCCTACGCCAGGTTATTTCCCGCCCTCTTTTTGGGTGGCCGGGATAT | |||||||||
gi|189449826|gb|FG605023.1|FG605023 PF_T3_72R_G06_04SEP2003_036 Opium poppy root cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequ TACTACTCCCTCCGTCCTATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AAGAAAGAGATAATCACCTCGAATCATATAGCAATAGCCAGAACAACTATGGGTCGTCTGCATCAAAAATTGTTATCACAGACAAAAGGAAATTGCAACAAACCAAGAAAGTGAATAAACATAGTACACCCTTGTTTAGTTTCATGTTTAAGACAACTACATCTAGTTGTGGTTCAGGTTCAATAAAGGGGTCTATATAAAATATTTTCATGGGTTGCACCTCCTTATAAGTAAGATCCGAAATATCAGGTTGTAAAGTCTGCAAAAACTCAAATACTCCCTCCATTCTAGATGAAGGGGAGGGTGTTTTCACGTAGATTAAGAAAATGGAAAGAGATTAATTTTTTTTCATATATATCCCTTAATAATAATTATTAAAATATTTAAATCTCTTAGTTTTTTGTTCCTTGTTTCTAGTGGTTGATTCCAATGCAGGGTCAAATTAGGAAGAAAGTGTGAAAATTATGGAAACCTTCATCTGTTTTGGTACTAGAAAAAACCCCTTCCCCTTCATCTAAAATAGTACGGAGGGAGTAATAATTTAGAATCACATAATAATAACCTGAATAATTGAGGATCGTCATAGTCAATCATATTTGACTCAAACAGTTGACCGCAATGAAAGTGGTGGTCATTTTTAAGCAGATGTGTCGTTTCTATTTTCCTAAAATGTTTAGGTTTAGTCTCAGAACTTAATAACTGACACATTTGA | |||||||||
gi|189443049|gb|FG602211.1|FG602211 PF_T3_34R_B04_07AUG2003_030 Opium poppy root cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequ TACTACTCCCTCCGTCCTATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGTCAAACTCTCGAATATATCTTTCAAACTTTTACAATTATAAAATTATTTTAAATATCACCAATCTAAATACTAAATGATATTTTTCTTAATAGGAAACAAATCTACTAAATCAACCCATAAAGATTTTTATTTTTATCTTCTATTTAAATATTTTTATAAATATTATGATTACCAATGTATTTTTTTTACATACTCCACATACTCCTTTTAATTTTAGTAGTAACATAGCATTTAATAGGGGTAGTTTTGTACACTCCTCCGGTCTCTTTAATATCTTGACTTAGTCAAAGCGGACTAATAATTTAGGACGGAGGGAGTAATAATTATCAACATATATCAATCTTACAGAATAAATAATCCTACCAAATTACCTGGATCCGATAATATCAGCGTATCGTTTAATCCGACATATCGGTATGTATTGGACGAACAACCATTTTTATCGCTGGATCCTCGTATCGCCGATATTTTCGATATCATCAAGGTTTTTTTTCGATTTCCGATAAAAACCTATAATATCGGCCGATACAACCGATATTGACTACTTTGATTAAGATTTGCAGAAATTGATATTGAAGGAATGAAATTCAAGATTTACAGAAGCAGAAGAATATTTACAAAATCAAGAACCTCAAGATATGAAGACGAATCTTTGTAATTTTGAGTGATTGCAGAGATCAGATAGTAGTGATTGTAGAAAAATTTGAATAGTAGTAGCTGCAGCGAAAAATTTTAAAG | |||||||||