| mature miRNA: TACTCCCTCCGTCCCAAATTA species: Papaver somniferum database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|189452047|gb|FG608553.1|FG608553 stem_S036_G02.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TACTCCCTCCGTCCCAAATTA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACCCATCTTTTATTTTTGACACATATTTCTACCCATCTTATTACGAACAATAAACAACCCATGTAAAGTACATGTTTGTCATCTCCTTATTGGATACTATCTTTTGACTACAAATATAATTGCGTAATTTTATTTTGTTTTTCCTTTTTTCTTTTTAGCACTTAGTCAAAACTCCAAACTCAAAAAATTTGCATCAATTAATTGTTTTCTTTAAGTATCCTTTCTTTAATAATTTATTAGATTTTATATTTTGAATTTAACAAAAAAAAGGCAAATCAAAATTATTTACACGAAAACAGGAGTAGGAAGCGCCAATAACTCGAAAAGAAAGATTGAGATACAAAGAAAGATTGAGATACTGCCGATGCATAATATTTTGTATGAAGATTGATAAAAGAGATAAAGGTAACTGTTTTTTTTTTCTTTTGCTTTTCATTTTTTCCATCAATAAGCACTTCATTTAAAATCAAGATTGTTTACATGAAAATGGGAATAGGAAAAGCCAATAATAATCCAAAGAAAGGAAAGATTGAGAATTGAAATATTGCAAATGCATAATATCCTCGTACAAAAAATTGATATAACAAATACAACATCCGTCCCTAATTAGATGACCTAGTTAAAATTTACTAATAAATTTAGAAATGATTTATCTCTCAAACTATATAACGAATTTTCGTAATCTTTGTATCATCGGAAAGCATTTTAAAACACCTATCTAATGAATATAAATATGGCTATCAAATTTTACATATTTTTTATAATAATACTAATCTATCACTCCACTTATTTATGGTATAGGTCATCTAATTAGGGACGGAGGGAGTAATAAGTATTTCTTTATTTTCCATTAATAAGCATTTGGTCTAACCCTGCTAATGTTTACGCAAAACATGTGTAGGAGGAGCCAATAACTAGTACGTACGAAGGATTGACACAGGGAATGATTTTGAAACTAAAATGATCATTCATTGACTTTTCTTCAGATAGAGATGCATCGATGATAAGAGTAATATGCCTAATATATAGTAACGTTAAACATGTAGTTTATAATAAAGATTGAAAATACATCTAGGCAAGTCGGGTTGTAACGTCATGACTAACTCTCTAGAAGGGGCGGTGTGGGATAAGTCCAAATTGGTGCGTTAGTCTTAAAGGGGGAGAACATATGAGAG | |||||||||
gi|189457503|gb|FG613908.1|FG613908 stem_S103_H05.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TACTCCCTCCGTCCCAA-ATTA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CATACTCCCTCCGTCCCACTAATAAGTGACCTAGTTACTTTTAGATTTTGTCCCATCGTTAAATGATCCCTATCACTAAACAAGGAGATATTTCTAAAATTATCCTTTAATTGATTATAAGAAATATAAGAAATATGCATAATTTGATAGTCATGTTTATATTCGTTACGTAGGTGTTTTAAAATGCAATTCAATAGTACGAAGTTTGCGAAAATCCGTGGTGTAGTTTGAGAGATAAACCATTTCAAAATTTCACTATTTATTATCCATAAGGGTATAACTGTAAAAATGCTTAAAAATACTTTTCTCCTTACTTGCCTTAAAAATTGTGCAAACTTGAACTAAGTCACTTAATAGTGGGACAGAGGGAGTATGTTTTAGGCCTGCGCAACAACCCTGACTGCAGTACAAAATATAAAACACGTCGTCAATGCCTTGTTCGGTTGTTACCTTTGTATCCGAGAGTAATTTCATACTGCCTTTGTCATTACATGTTCATAGGAAAATGAAATACAGCCGAAAAATTATAATCGAATTAAATAGCTTTTGTATTGTTATTGTCACTCGGACTCGGAAAGTAAGAATTGTAGCACGTCTAATACTCTCTCCGTCCTATTATTAAGTGACCTATTTAATTTTATATTTTGTCCCACTATTAAGTGACATATATCACTAAACAAGAAGATATTTCTATAATTATCCTTTTAATTGATTATAAGAAATATAAGAAATATGCATAATTTGATAGGCATGTTTATATTCGTTAGGTAGGTGTTTTAAAATGCTTTTCAATGGTATGAAGGTTTGCGAACCTTCCGTGGTGTAGTTTGAGAGATAAATCATTTTAAAATTTCACCATTATTAGCCATAAGGGTGTAATTGGAAAATATGCTTAAAATACTCTTTTCCCTTGCTGGCTTTAAAAATTGTGCAACTTGAACTAGGTCACTTAATATGGGGACGGAGGGAGTACATAATTAATTTTGTAGAGGGGATTATTATTAGCCAACACCCATCCACAGACCAAACCAAAAATTCAGTACCTCCTTGGCAATATGTAATTGACTAGGGCTTAACTCCGGGCCCGAACCGGCGCCAGGCAAGGTTTATTGGGTATGCATTTTTTTAGCAGGAATTAAATAATATTTTTAATTACAGGTTCCCTTTCTTATCCACGAGAAAGGGTAGGGAATGAAAAATTTCTCT | |||||||||
gi|189457726|gb|FG613683.1|FG613683 stem_S101_D07.SEQ Opium poppy stem cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequence TACTCCCTCCGTCCCAAATTA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCTTTTATTATTATTAATTTCTTTATTTAATTTCTTTTAATTTTAATTTTCTTATTTAGTTTTGCATTATTATTATAATTTTAATTGTTATTAAAAAAATTATCTTTAATGTTTTTTTAATATTGTTTATTTGTTTATAATTGTTATCTCTATTGTAATTAGATTTTAAAGTTAAAAATGCATTGTTGTACTACATTCATCTTATTTTCATGCCAAACACCAAACATTAAATTACATGTAGTTTTAATGCATGACATAGCAACTACATGTAATTGGCAACTACATGCATTGCTAATACTGACGTGCCAAATGGACACTTAGTGTATTGAACACTTTTATATGCTTCAAAGAAGTTAAACCTTCCTTCAGATTTTTGTGTTGGTTTTTTCCTCGAACAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTAGATGAGCTAGTTGTAGTTTGCACAATTATTAAGGTAAGGAGGAAAGGGGAGTATGTTTAAGTATTTTTTTATAATTATATCCTTATAGATAATAACTAGTAAAATTTAAAAATGATTTATCTCTTAAACTATACCATGGTTTTTCGTAAATTTTATACTGTTAAAAAGCATTTTAAAACACCTACATAACGAATATAAACATGGCTATCAAATTATACATATTTCTTATAGTAACAATAATCAATTAAAAGGGTAGTTTTAGAAATATCCCCTTGATTAGAGAGATAGCTCATCTATTTTGGAACAAAATTTAAAACCAAACTAGCTCATCTAATTAGGGACGGAGGGAGTAGTACTTAGTGCTTTTCATTTCACTCTCTTTCGGATTCCTTCAGTGTAGTTGTCGGAAATCCTACAACCTACACCCAAGTGATTCTATGAATAAAACTAAGACATCATAAAAAATCTCTAAATCCTTTTTATAAAAGTTAGAACAAATACAATGAGATATGAGGAACTTTAATTTGGAGAACAAACAACTTTCTCTCTCCTAATTTCTCACTAAAGTCTCAAAACAGGTATCTCTCTTACAATGGCTCTTGTCCTTTTTATAGGGTACATAGGGAAGACAGCTAAAAAGCCTCTATTTCGGATCTGGCTCATAATATCATCGGGTTAACCTTAAAAAAACAAAGCTGGCTCCCATGTTTGGGGGGACTGGGGGACGCCGTGACTCGCCCGCAAGAAAATTTTGGACGCCTACGCCAGGTTATTTCCCGCCCTCTTTTTGGGTGGCCGGGATAT | |||||||||
gi|189443049|gb|FG602211.1|FG602211 PF_T3_34R_B04_07AUG2003_030 Opium poppy root cDNA library Papaver somniferum cDNA, mRNA sequ TACTCCCTCCGTCCCAAATTA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGTCAAACTCTCGAATATATCTTTCAAACTTTTACAATTATAAAATTATTTTAAATATCACCAATCTAAATACTAAATGATATTTTTCTTAATAGGAAACAAATCTACTAAATCAACCCATAAAGATTTTTATTTTTATCTTCTATTTAAATATTTTTATAAATATTATGATTACCAATGTATTTTTTTTACATACTCCACATACTCCTTTTAATTTTAGTAGTAACATAGCATTTAATAGGGGTAGTTTTGTACACTCCTCCGGTCTCTTTAATATCTTGACTTAGTCAAAGCGGACTAATAATTTAGGACGGAGGGAGTAATAATTATCAACATATATCAATCTTACAGAATAAATAATCCTACCAAATTACCTGGATCCGATAATATCAGCGTATCGTTTAATCCGACATATCGGTATGTATTGGACGAACAACCATTTTTATCGCTGGATCCTCGTATCGCCGATATTTTCGATATCATCAAGGTTTTTTTTCGATTTCCGATAAAAACCTATAATATCGGCCGATACAACCGATATTGACTACTTTGATTAAGATTTGCAGAAATTGATATTGAAGGAATGAAATTCAAGATTTACAGAAGCAGAAGAATATTTACAAAATCAAGAACCTCAAGATATGAAGACGAATCTTTGTAATTTTGAGTGATTGCAGAGATCAGATAGTAGTGATTGTAGAAAAATTTGAATAGTAGTAGCTGCAGCGAAAAATTTTAAAG | |||||||||