| mature miRNA: CCAGACCCAATAGTCTTGGA species: Populus trichocarpa database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|24063167|gb|BU871643.1|BU871643 Q032G11 Populus flower cDNA library Populus trichocarpa cDNA 5 prime, mRNA sequence CCAGACCCAATAGTCTTGGA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GTGTTCCTCGTCATTATCATTTGCTTGTTTTGTTTTGCTTATGGAAGGTCTTGGGGTCCTCTATGGTGGTTGGTTCCGAGCGAGCTCTTTCCACTGGATACAAGGTCAGCTGGCCAAAGCATTGTTGTCTGTGTCAACATGATCTTCACAGCTTTGATAGCACAATGCTTTCTCGTGTCTCTCTGCCATCTTCGTTATGGGATCTTTTTGATATTTGCCGGCTTGGTCGCTTTCATGGGAAGCTTCATCTTCTTTCTCCTTCCAGAAACAAAGCAAGTTCCAATAGAGGAGATATATCTTATCTTCCAGAACCATTGGTTCTGGAAGAAAATAGTAAGGGATGGCACTAATGATGATGGATTGGATGGAAAGAAGGGACAACCAAATTAGAACAAATCTCCAGATTCGGGGAAAACTTCTCCTTTTCAAGTTCATTGTTTAATTTTCCTTTCGATTACATTTCTGTAGATAA | |||||||||
gi|73886737|gb|DT489475.1|DT489475 WS02542.B21_F09 PT-MB-N-A-15 Populus trichocarpa cDNA clone WS02542_F09 3', mRNA sequence CCAGACCCAATAGTCTTGGA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTTCAAAGCAGCTAGTACTAAAGGCTTTCTTTTTCCAGTGGTAGTAGCTCTCCGCTGTGATTCTCATCCTCTTCTTTTGTTTAGAAGCTTGCTTACAGTCATCAAGTGGTATCGCTTGCTTGCTTGCTTACAGAATACTAAGATTGGCCAAGGGTCCTGGTAGAGGGAGGGCCCAACGTTGTTGGGTCATGGTAGGAGGGAGGCCCCAACACTATTGGGTCTCGATGGGAAGGAGGCCCAAACGTTGTTGGGTTCTAGTGAAGCAGAGCCCAACGCTATTTGCACTTTTGGAAGTGTTTTGGGCCTGGTTTGTCAACCAGACCCAGCAACATTGGGTTCGGCTACCGAAGTTAGACCTAGCGCCCTGGGGCAGAGAAGGCCACGCCCCAGTTGCAATTCTTGACTCAACACACAGTAAAGGAATGCCCCCCGGGATGCTACAATGTCGTCCACAATGCAAATACTCTATGGCCATAGTGTCGTCTACATGGTAGTGTGCTATGTGCAAGGATATAGATCGACAACGTGAAATTGAACGACTGAAATGTGAAAATGATCTGCTGACTAAGAGCATCAACAATCGGGACAGCTTGAACATAATACAACTCGAGGCAAAAAATACAAAATTGGAACAAGAAAAAAGGTCACTCCAGATGATAATTGATGCTTTGTGTACGAAGATAAATAAGGACAGCGAGCATGAACTGAAAGAAGCGTGCTAAGGTTATATTAATGATGGCTGTGAATGCTGTGAATTGTAAGGTTCAAAAACTTTTATTTTCAAGAACATGTTTTTTACCATGATTTTTGTAATATACCTTTGTTTATTTTCTTTATATTTGTGTACTCTTAATTATTTTGATTTTTTTTTAAGAAGCTAAGTACTTAATACCAGGCAAAGAGATATGGTTGGTTCTAGGCGAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|52375732|gb|CV226389.1|CV226389 WS0164.B21_C04 PT-DX-A-7 Populus trichocarpa cDNA clone WS0164_C04 3', mRNA sequence CCAGACCCAATAGTCTTGGA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GATTTCTTTCTATTTAGCTATTAAACTTTCATGACACATATCTCATGTTTCACGGGTTAACCTGTCAAATTTTTTTAATAAATTTTTTATTTAATTTAATTTGTTAATGTTAAATTTTTTTATTTAGTTATCAAATTTTCATGACACGGAACTCGGGTTTAACGGGTTAATCTGGTTTGACGAGTTAACCTGAATTTTTTTTGTTGCTTTTTTCTTTTTAATTAATTTTTTTCGTTTAATTTATTTTGTTAATTTTAAATCTCTTTCTATTTAATTATCAGAATTTCATGACACATATCTCCGGTTTGACAGGTTAACCTGATTTCACGGGTTAGCCCAATTAATTCTGAGTTAGCCCGTTAATGTTTTTTTCCATGTAGTTATCAAATTTTTATGACGTGAATCCTAGGTTTGACGAGTTAACCTGGTTTGAAGGGTTAACTTAGTTAATTCAGATTTTTTTTTCTTTTTCTTCATTAGTTTTTTTCTTCCTGTTGGTTTTTTTTCTTTGTTTTTTTCTTTTTAGTTAATCTATTTGATTATCACACTTTTATGACACGACCTTGAAACCAGACCCACATACAAGGCTATTGGGTCTGGTGTTGCAGTCAGACTTCCTTAAACTTGATTCATGTAAATTTAATATTATTATTAATATTATAAATATTATCCTTGGGTCAAGTGTTGCAGCTAGACCCAAGATTTTTGGGTATATCTTTGCAGAAAAACTTAACACTCTTAGATCTTAGCCTTTTTTGATATTTATTATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|73871524|gb|DT474262.1|DT474262 WS01231.BR_F19 PT-GT-FL-A-3 Populus trichocarpa cDNA clone WS01231_F19 5', mRNA sequence CCAGACCCAATAGTCTTGGA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GATGCACACACAACAACAATCTTACCTTGTCCGCTGTTCCTTCAGCTCAGAGTCCATAGCCATGGACTTCCCTCACTGTGCTGCTACATTCTTTTTGTTTGCCCTTCTATTCTCGACTACTAAAGCTGTAGATCCTTGTGCCACTCAGTCAGACACCTCTGATCTCTCTGTCATTCCCATCTATAGCAAATGCTCACCTTTTGTTCCGCCCAAGCAAGAATCATGGGTTAACACGGTCATCACCATGGCCTCAAAAGACCCAGAAAGGCTCAAATATTTATCAACGCTAGCAGACCAAAAGACCACTGCAGTCCCAATTGCCCCGGGTCAGCAAGTCCTAAAGATTGCTAACTATGTGGTCCGGGTCAAGTTGGGCACCCCGGGTCAACAAATGTTCATGGTCCTTGACACCAGCAACGATGCTGCATGGGTACCATGCTCAGGGTGCACCGGATGCTCCAGCACCACATTCTTACCCAATGCCTCTACGACTCTTGGGTCACTGGACTGTTCTGGAGCCCAATGCTCCCAAGTCCGTGGATTTTCCTGCCCAGCTACCGGGTCCTCCGCTTGCCTTTTTAACCAATCTTACGGTGGAGACTCCTCCTTAACAGCTACTCTTGTGCAAGATGCAATAACATTAGCCAACGATGTAATTCCAGGTTTTACTTTTGGATGCATTAACGCAGTCTCCGGTGGGTCAATACCACCCCAAGGGTTATTGGGTCTGGGCCGTGGACCCATCTCGTTAATTTCTCAAGCAGGGGCAATGTACTCGGGTGTCTTCTCTTATTGTCTACCCAGTTTCAAGAGCTACTACTTCTC | |||||||||