| mature miRNA: GATCCCTTTGGATGCCTCCTT species: Solanum melongena database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|261648310|gb|FS049484.1|FS049484 FS049484 library PST Solanum melongena cDNA clone PST03L23 5', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AAGAGCTTTTTGAAGAATGGCTTGAAATGCAATAGGCTTGTATGAGTTGTGAGATATTCGGATGCCTCCTGGACATTGAAAAGATGGCATCCCAAGGGATTTGATCCTTGGATTGAGGCAGTGATGGATCCTCTTTTCATGAATAAGGATAAGGCAAAGGATTGGTGATCTTCATGCAATCTCCTAGATTGATCTTGATTGATTCCTGTAATCTTCCTGGTTTTGTAGACTCTTTTTGATTTATAATCTTCTTGAATATTTACAGTAGTAGATTGATCTTGATTGATTCATCTTGATTGTGTAGTTCGTCCTTTTAGATTGATAGTCTTCTTGTTATGAGATATACGGATGCCTTCTTTATATTGAAAAGATAGCATCCCAAGGGATTTGATCCTTAGATTGAGGCAATGATGGATCGTC | |||||||||
gi|261609238|gb|FS010266.1|FS010266 FS010266 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL05A23 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTCC | |||||||||
gi|261701946|gb|FS043316.1|FS043316 FS043316 library PLA Solanum melongena cDNA clone PLA02C22 5', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CATCATCAAAAATCAAATTAACACATTTCTCTAAATAGCAAAATGGCTAAGTCACTTGCCTTGTTTCTTGTATTCAATGTCCTCTTTTTCACTATGGTTAGTGCATGCAACACTTGCCCTGGCCCAAAACCAAAACCACAACCACAACCAACACCAAGCCCATCTCCTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTACTTTTTTTGTTCC | |||||||||
gi|261731093|gb|FS008127.1|FS008127 FS008127 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL01D08 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCATTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTTCAC | |||||||||
gi|261732216|gb|FS008530.1|FS008530 FS008530 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL01O11 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCTTAAATGACTTCTTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTTCATATATTTTACTTTACAAATAAGAAATTTATTGAATTGC | |||||||||
gi|261732123|gb|FS008421.1|FS008421 FS008421 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL01L11 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACACTTGCCCTGGCCCAAAACCAAAACCACAACCACAACCAACACCAAGCCCATCTCCTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTTCATATATTTTACTTC | |||||||||
gi|261732329|gb|FS008825.1|FS008825 FS008825 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL02H17 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTATTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTTGTTCGTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTTCAT | |||||||||
gi|261734304|gb|FS056442.1|FS056442 FS056442 library ROT Solanum melongena cDNA clone ROT01D18 5', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATCATCAAAAATCAAATTAACACATTTCTCTAAATAGCAAAATGGCTAAGTCACTTGCCTTGTTTCTTGTATTCAATGTCCTCTTTTTCACTATGGTTAGTGCATGCAACACTTGCCCTGGCCCAAAACCAAAACCACAACCACAACCAACACCAAGCCCATCTCCTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCAT | |||||||||
gi|261732181|gb|FS008495.1|FS008495 FS008495 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL01N11 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTGCCCTGGCCCAAAACCAAAACCACAACCACAACCAACACCAAGCCCATCTCCTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCTCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTTTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTTCATATATTTTACTTTACAAATG | |||||||||
gi|261732135|gb|FS008433.1|FS008433 FS008433 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL01L19 5', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATCATCAAAAATCAAATTAACACATTTCTCTAAATAGCAAAATGGCTAAGTCACTTGCCTTGTTTCTTGTATTCAATGTCCTCTTTTTCACTATGGTTAGTGCATGCAACACTTGCCCTGGCCCAAAACCAAAACCACAACCACAACCAACACCAAGCCCATCTCCTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGCTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCAC | |||||||||
gi|261732244|gb|FS008740.1|FS008740 FS008740 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL02F05 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACTTAAGGCTAGTATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCAGTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCTAAATGACTTCTTTTTTTGTTCCTGGATTTTCATTTGTTCCCATAATGCCCTTGGGATTAATTTGTTTTCGATATTTCGTTGTTGAAATTAATAACTAGCATTGTTGTTCGTGCTATTTGTGCTTGTACGTCCCGTGGAATTTTAATGTATTTTTGTTCATATATTTTACTTTACAAATAAGAAATTTATTGAATTGT | |||||||||
gi|261659742|gb|FS083813.1|FS083813 FS083813 library SmFL Solanum melongena cDNA clone SmFL26A10 3', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TAAAAATTTTGAACTTTCAAGAAGATGATGAAGAAGATTTGGAGATAATTTTTCTTGATTTTGAAAGCAACTTAAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCAATCTCTATATACGTTGTTCAGATTTTTCAAGAATATCGACAGGTACATGTTAAATTCTTCAAGATATTGTATTTTTGGAAGGTTTAACATGGATACAATAATATTTTTTTTTGTGAGAGTTCAAGTAATATAACTTTCTATTTATTATGTTGCTTGAACTCTCCAAAATGTTGTCAGGCCTGTATCGATTAGATCTTTTAAAAATATACTATTCTTTTGAAGGATTCAACACGTATTGTGCATAATTTTGAAGTATCCAAACAACATATAATCTATTACATAAAAAAAATATTGAATTGGATCATGCTATCCCTTTGGACTCCTCCTTTTGGAGCTACTAATAACTTGGAGATGTGATGAATAGCAAAGAAACATCAATGATGGTAGATGAAACCATTTCAATGTGAAGCAAAATCACAAGAGAAAATGTAAGTCCAATTGGAAGCACACATTAATCAATTTCTTTTTTATATCAGTTTGTGTGTATCTCAATTATTTTATTGTTCAAATATCTGTTATCTCCAATCACCACAGATTTATAAAATTTTAGGGATATTTGG | |||||||||
gi|261733672|gb|FS009239.1|FS009239 FS009239 library CAL Solanum melongena cDNA clone CAL03D20 5', mRNA sequence GATCCCTTTGGATGCCTCCTT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATCATCAAAAATCAAATTAACACATTTCTCTAAATAGCAAAATGGCTAAGTCACTTGCCTTGTTTCTTGTATTCAATGTCCTCTTTTTCACTATGGTTAGTGCATGCAACACTTGCCCTGGCCCAAAACCAAAACCACAACCACAACCAACACCAAGCCCATCTCCTAATTCACAAAGCAAATGTCCAAAAGATGCCTTAAAGTTAGGTGTTTGTGCTAATGTGCTTAATGGTTTATTAAATGTAACACTTGGAACTCCCCCTGTTAAACCATGCTGTAGTCTTCTTGGAAATCTTGTGGATTTGGAGGCTGCTGTTTGTCTTTGCACTGCACTTAAGGCTAATATTTTGGGGATTAACCTTAATCTCCCTATTTCACTAAGCTTACTTCTTAATGTTTGTAGCAAGGAGGTTCCAAAGGGATTCACTTGTTCCT | |||||||||