miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0001077
Located between position 2789656 and 2789741 on chromosome 4 strand -
mature miRNAs for MI0001077:
         ath-miR405d (MIMAT0001008): ATGAGTTGGGTCTAACCCATAACT

References
[1]Sunkar R, Zhu JK, Plant Cell. 16:2001-2019(2004)., "Novel and stress-regulated microRNAs and other small RNAs from Arabidopsis"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
TGATAGTTTTGATGTGATTGCCAAATTGTTATGTGTTTGTTTCGGTAAAGGGTTTAAGCTGAAAGAAGATATTTCAGCTT
ATGTCTAGGGTCAAAGATGATGTCTATCACGTCTCCTCTTGGTTTGGGAAATCATGTTCATGATCTAACTTAACCAAATT
TTTAATGTATCATGTCTAATCAGAGTTACACTCAGTGTAGAAATATTTTTAGAATAACAAGAGCTAACAAAAATCGTATT
TAGTCATATGCTTGCCGTATTGTCCAAAACAGTCTTCTTTTCTCTTTGTTTTATTGATTCTTTGACTGTGTCTATGTGAT
TAATTCTTGTATTTGGCTAATAACAGGTTTTATTAAGCAATCTCTAACTTGGCCTTATTTCTATGTATAGTTATTTGCAG
CTGATCTTTTACAAAAAATGGACAATGAAGACGAATGTACTTATGGTGGTGAAGGTGGGCAAACATCAGCAGATACATCA
CAATCTAAAAGTTTAGTAAGTGCTTCTCGTTTTAAAAGAAGTAGAACATCAGATATGTGGGATTACTTTACACTAGAAGA
TGAGAATGATGGAAAAATAGCATATTGTAAGAAATGCTTGAAGCCCTACCCGATATTGCCAACTACTGGAACATCAAATC
TGATTCGTCATCATAGGAAATGCTCAATGGGTTTAGATGTTGGAAGAAAGACAACGAAGATAGATCATAAAGTTGTCAGA
GAAAAGTTTAGTCGAGTGATTATTCGACATGATCTTCCTTTTCTTTGTGTCGAATATGAAGAGCTTAGAGATTTCATTAG
TTATATGAATCCAGATTATAAGTGCTATACTAGGAATACTGCTGCAGCTGATGTGGTTAAGACTTGGGAAAAGGAAAAAC
AGATTCTAAAATCTGAGTTAGAAAGGATTCCTAGTAGGATTTGTTTGACTTCTGATTGTTGGACTTCACTTGGTGGAGAT
GGTTATATTGTTTTAACTGCACATTACGTGGATACAAGATGGATATTGAATAGCAAAATCTTATCGTTTTCTGACATGCT
TCCTCCGCATACTGGTGATGCTTTAGCTAGTAAGATCCATGAATGTTTGAAAGAGTGGGGAATAGAAAAGAAGGTGTTTA
CCCTTACTTTGGATAATGCTACAGCAAATAATAGTATGCAAGAAGTATTGATAGATCGTCTTAAGTTGGATAATAATTTG
ATGTGCAAAGGGGAATTCTTTCATGTGCGTTGCTGTGCACATGTCTTAAACCGTATTGTCCAAAACGGTTTAGATGTGAT
TAGCGATGCATTGTCTAAGATAAGAGAGACTGTTAAGTATGTCAAAGGGTCGACATCTAGGCGATTAGCACTTGCAGAAT
GTGTAGAAGGGAAAGGGGAAGTGCTTCTATCATTAGATGTGCAAACTCGATGGAATTCAACATATTTGATGCTTCACAAA
GCTTTGAAGTATCAACGTGCACTAAATAGGTTTAAGATAGTTGATAAAAACTATAAGAACTGTCCCTCGAGTGAAGAATG
GAAGAGAGCAAAGACTATTCATGAGATCTTGATGCCATTTTACAAGATCACTAATTTGATGTCTGGGAGAAGCTATTCAA
CTTCAAATTTATATTTTGGTCATGTTTGGAAGATTCAGTGTTTGTTGGAAGTTCATCAAACAACGAAGATAAAGTAGTCC
GAGAGATGATTTTTAAGATGAGACTGAAATTTGATAAATACTGGAAAGAGTATAGTGTTATTCTTGCAATGAGGGCTGTT
TTGGATCCGAGAATGAAATTCAAACTTCTAAAGCGATGTTATGATGAGCTTGATCCAACCACTTCACAAGAAAAAATAGA
TTTCCTCGAGACTAAGATTACAGAGCTTTTTGGAGAATATAGAAAAGCATTTCCTGTGACTCCCGTCGTTAGTTCTACAA
GAGCAGGTTCTCGTGTTTCAGAACGAGGAAGTGACAACTTGGACGTGTTAGATGTAAGTACTTAACTTTGACATTTTCTA
TTATTGCCTTATTAGTTTATCTAATTACGTATTCATCGTTCCTGTTGGTAGCTAGTATAATTGAGTGGGTTGATGAAAAT
GAGTATAGTTAGTAAATCGACGATTTCATTTTGAACGTCACTCTTGATTTGTTGTCTTAGCTAAATGTTAACATGTTAGC
TATTCATGTTATAGGATTTGTTTGACTTAGATGATGTTCCAGAAGTTGAAGAAGGAAAATCAGCCTTAGATATGTATTTG
GAGGACCCAAAATTAGAGATGAAAAATCATCCTAATTTAAATGTTTTGCAATATTGGAAAGAGAACAGACTTCGTTTTGG
TGCGTTGGCGTACATGGCAATGGATGTACTTAGTATTCCCATCACAAGCGTGGCGTCTGAATCTTCTTTTAGTATAGGGT
CTCATGTCCTAAATAAATATCGAAGTCGTCTTCTTCCGACCAATGTTCAAGCTTTGTTATGTACTCGGTCATGGCTCTAC
GGTTTTGTGAGTGATGAAGAAGGTATGATACAATTTTATTTCTCATATTCTTCTACTGTTATGTGATCTTAATATATTTC
TTGGTTATGAATTGCAGATGACAAGGAAGAGACGATTGTTATTCGATCGTGAGAGTGTTAGTGAGGTTTTCATTTGTGTT
TTGTTCAAAACTCATGAACTATTGTAATAAAGTGAAGTTTTTTTACTAAAGTTTTATTGACCGGATCATGTTACAATTCA
TTAGTTTTATTGTAAAAAACGTAAACCGTAATTTTCGCGCAAAAAACGTAAACCTCGTGATTTTCTCGCCAAAAACGTAA
CTTCGTGATTTTCCCGCCAAAAAAACATGACCCCGTGATTTTCCCGTCTAAAAATGTAAACTCATAAAAATTTCTGAATC
AATAAATATCTCAAATTTAATAATAATGAATTAATGATGATAATAATTATTTATTATTGTTTTATAATATTAATTAATTA
AATTATTATTTAAATGGTTAACCCATTTAACAACTCAACC