miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002256
Located between position 12354617 and 12354855 on chromosome scaffold_17 strand +
mature miRNAs for MI0002256:
         ptc-miR169f (MIMAT0001962): CAGCCAAGGATGACTTGCCGG

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
CCAATCTCCCTCTGCATAGGAATCTGATGCACTTATTTACCTTTGCTTCCTCTCCTTTCCCATCAAAACAGCTGAGATCT
ATGAAGCCTGAAGCCAGCCTACTGCCTCTTTTGATGAAGCCTACTGCCTAAACTGGAAGACCAGGTGTACGGGGATTTGA
CATACACTTGGCCCACCTTGATGATCTCACCTAGAAGAACCAAATACATTTGGAGATCTTGATATTGACTAAACACTTGT
CATGTCCCTGATAATAAATTACCGAGCTCTAAGAACCTCTTTAGTGGCACGCCTTTATTGTTTTTCTTGTTAGTGGAACT
TGTCTTTTAATTATGGAGACCGTGTTTCTTCCATCCTTTGGTGGCTGTATTTCTTGCATCCTATAGCACTTGTATTAAGA
GTAACTTGGGTTTTATTTCCTGCAATTCTCTGCTACACCAATCGAGTTTGATTTTTGAATTTATGCTGGGTTTGATTATT
GGAAATTGTTTAGTTGCTCTGCAGTGTTTGAGTATTCTAACGTTAACTGAATTGCTGGATTCACCCTGGCCTCTTGAATC
CTCATAGGCAATTAAGATGTGTCATGCTATAATTCTTAGCTGGGATGTCTTTCTGTATGGATGAATTCTATATTCAAGAA
CTTCTACACAACTTTTACACAAATACATTTGTTTAAAATGTGATAGACCTGATTGAAGCCAGAAGCAACATTTCTTTAAA
GCATGCATTATATACCAAGAAATTTATTGAAATTGCATTGGAGCTTGGAGTTATGAGCCATGCATTGAAGAAACATATAT
AGTTGCATTCTAGTATGTCCTTTGTAAATTTTTAACTAATCTGTGCCCTTATTATGTGCTTGGATGTTCAAATGTGCCCT
TGCCTTGATTGTACAATTGGCCAAGTTGCTGTATCTGGCAGTTTTTATTGGTTTGATTTGTATTTTGTAGCCCAGAACTT
AATTTTGTTTATAGTGATGAGTTTTGTGAATGAAGGCAGAACTAAAGATGAGAATTTCTTGAAGGCTCGTATCACGGACT
CTGCTGTGCTGTCTTGTCCTGCCCGGGTAAGTTTGGAGGTAGTCTTGCTTGAAATATAAACAGTAATTCACTGTTGCTTG
TATTCTCAAGATGAGTTCCCAACTGCTATATTTCAGTCTCTTTAACTCATGCATGTAAAAAAAAATAACAAAAGATATTA
TAAATGTAAAAAAAATGCTCACGGAGAATTAAGGCAGAAGGAAATTGTTGTGCAATAGAACTCAAAAGGTATGTTACGAA
TCACTTTTGATGGATTTTTATAGCTCAGACACCATCGGAGGCTTTCCTGGATTGTTGGAAAAGGTTGAACTCAGGGCTTC
AAGTGGTAGGTTATTTTCATATGAAATGCTGTGTGCTATATAGATTGTTGCACAGAGATAATGGCCCTGATTGGTTTTTG
TTTTACAAAAAAATTGTGGCAGGTTCTGTCAGGCATTAACATTTCATCAGTTTACCTGGCTAATCACAGATGCCAGCACT
TTAACTGTGGAAATCAAGCGTATCCAGTTAATTTTTTCAGCGAGCTTTATATGTTTGTATTTGTATGTTTGTGTATTCAG
GCACATGGAAACAACAATTAGATAATTTATTTGCAACGAAATTAAAAACAATAAACTCTAATAAAGTGCTTCAATCACAT
CTTCTTGTCGTGTTGGGCATCAAACCCCTTGGCTAGATGAAATTTGTTTTTCTGGGTCAACAAATGAGCAGTGTGGTTTT
CTTGTCATGGAGAGGTAGAAGTGATACCGACCACCCAGAGGCTCTATTCAATGAGGTCGCTGGTCAAGGTTTAGAACTTT
AGAGAGATGAGAAGAGCTTTCCATGATCTTGAGAAAATGAAGATAATCACCGAGAGAATCACCAAAATGCTCGATTGAAT
CAGCGAATATCGTGGAAAGGAGTGTTGCCATCGTAGTTCTTGTCTGGTTTTATCTACGTCGGGCAAGTCCAACTGATAAT
GGCCGGAGGCTGCGTGCCTCCTTTTCCCCAAAGAGAAACATTGTATAACAAAGGAAATCCCTCCTGCGAATTTCAACTCT
CGAATGTCTTGATTGGACTATGACTTGCAGACACTTTCCTGAGGCATTTGTCTCTCATTTTCCACTCAAGATTCCAATTA
CCTTTGTTTCCTGGTTATAGCCAACCAGACGACGGGAGAGAATAATAATAACAAATTGCTCTGTTATACAATTGCGTCAA
ACAGGCCAACTTGTTGAAATTCTCACAGTTGTTCTTGTGTAGGCCCATAATAGTAAATTTGCCCACCTAACTCCAGGCAA
GTGTACTGCATCCAGTGGACAGGTTCCATTACTCCGTCAAAATGGTGTGCAAATAATTAAAAGGGTTGCTGCTGCTCTGA
GTTCACGTGATGGGGATAGATCGTATAGGCTTAATCTCTCTTGGTTTTAGCGCCAATGGACGGTCACATCAATCCTCATG
AACCCTCCTTATGGACGGTCACTCAACTTTTCCTGTTACTCTTCTAGACAAAGGACATATATTTGAGCAGTTCTAGAGAT
GTCCTCTCTGTACAAAAGATAACATCATTAATACTATAGATCACGGACACTTGTCTTTATAAACGACCTCATGGGTGCTT
CTGTCTATTGCTTCAAACCCTATTCGTCCATGCTCTGCCAAGAGAGCCTTACTCCAATCTACCCCTTCCTCTCTACCTGT
TTCCACATTGTTTTTGTCGAAATTAAAAGAGATAGTTCTCTTACATATTTTCTTGTAAGGAATTATTGTCTTTCTTCTTC
GGGAAAATTCCTACACATCCTTGTGTCGTTTAGTTTAGGGCATCGTGAGGCTACATATCATTGGTGCTGATTTCTTTTCC
CCTTTCTTTTTGTCTGGTGCTTCTTCCCTTCACTCTTGGAAATGATTATTTCTTGGAGGGCCTTTTTATGTCATTTGTTA
TGGTACTTTTCATCCTAGGTCTTGCATGAGGGAATGGGGT