Basic information from miRBase |
hairpin accession number: MI0005395 |
Located between position 25278944 and 25279207 on chromosome 1 strand - |
mature miRNAs for MI0005395: |
ath-miR839 (MIMAT0004261): TACCAACCTTTCATCGTTCCC |
References |
[1]Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana" |
>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AGACGAGTTTTGTGAAGTCCAAGGGAGACGGCCTTGGTTATGGTGGGGATTGGGCAGTTCGGATTGATGTAAAAAATAAA
GGGTAATTGCTAATATGCATTCGTACTGTAATATACTTTTCTTCACAGTGTCGGCTTTTTGTTATTTTGGCTTATTGATA
GAAATTCATTTTACACTGTGGCATGACAATGGGTTTTTTATTTGACCATGGTGGAACTAAACTAGGTTGAATGATGATGT
GAAGAGAAGTGCACATCTCTTCTTTTATTTAGCTGATGAAGGTGGCAATGTTTTAAATTTAGGCCAAGATGGTTTAGATT
TCCAAGGGAGCTCTCTCCTGGTTTCGGGGTCACGTGAAGATGTAGGAGACTGGCAGATACACTTAAAATCACAGGTAATT
TGTGATTGAAATTGCTCTGTAGAATTCTTAGGACTTTTGTAGCTGTCTCTGCTGGAAGTGGATCTGCGGGTGGTTTGACA
TTTTCTGTCATGTTTCGGATGTCATCCGCTGATGCTCATCTGGATATAACCATTTTGATTGTTCTTCATTTGCAGAATCA
GCTCGAGACACATTATTCCGGTTTCAAGACGCCTCACATATATAATTTGTCTGATCTAGTTCAGCAAAATCTTGCTCTGC
AGGTCTGCTAGTTTTCGAGCTCATAACTCATTTTGAAAGGGTCCAAAGTATATTTTTTTAAAGACCGCAATGCTTACAGT
TCTCTTTGCTTGTATGTTTTCAGGCAAGGAAGTTTGGACGACTTCAGCTCTCTGACACATCAGAGGATTCTTCTAACATT
TACATCTTTCAGGTAATCAGTCTTAATAAAGATGTATGCATGTGTATTTTTGTAAAAATATATAGAATTTTCTTAACTCC
TATGGAATCTGTGATCAATATGTTTCACCATGTCCAATGGCAACATACAGATTTCTGGGAGGCTACCATTTACGATTGAT
ATTCCCTTCATCTCCGGGATCAAAGGAGAAAGTTCAAATGTGGAAAAGCGTTTAACAAGTCTCACAGGTATAGTTAACCT
CCTGTTATTATCAAGCATCATTAGTGATGTGTTTTGATTTTCTTAACCTTAGTTTGTGGATGTGACTTCCATTTGAGTTT
GAGTATGGAAGAACTTCTCCTCCGTTTATGAGTTTTTTACGGCAACATTATCCTTTTGAGTTTCATAACTCAGATAAAGA
ATGCTAGTCTGAAATTTATGTTTGGGTTCTGTGTGTATTTTTGTGTTTCTTAAGTGTCCCTCCAACCTGAGGAAAAGCAG
TAGCTTATTATTCTGTAGCTTCGCTAAGAATACTAATTATGTGTATCTGTTATGATTCAGTGGAGCGTCCATTTAAGAAA
TGTTCTCTGATGGCACTATATCATTGATGTTGTCTACTTTTATTGCATTTGTACTAAGTTTCATGTATATGTCGTGTAGG
TTTGCCACTCTCTGATCTACTTAAAAAGAAACATCAAGAATTTGATGCAAAGTTTAATGAATGCTTCAAGCTTTCTGAAA
AGGTATGCTACACATGTTACCCATGCTAATAAATATTCTTTAGCTCACCCAGAGGTCTTGTTTCATGGATCTTCATGTTG
TTGTGAAAAAATCACTGTTAACAACTTTGTCTGGATGTGAAGTCGAGAACAGCGATTGCTGAGCACTTGCTGTATTGACT
TCAGCAGTTTCATTCTTCACCTCTCAGAATCTCCTTCCACTAGGATTAGTCTCTCTCTGCTTATGTGCTATTCTGTTTCT
CAATGGCGTACATATGTTGTCAGCTCCTAGTTGTCATAACGTACATATAGTTAATACTTTGCATCTATTCAAATCGATGT
TCATAAAAGATTGAGGGTCTCAATCTCAGTTTCCTCTGGTTCCAGCATGATTCAGAAACATTGGGGGTTGGAAGGACTGC
AATTGCAAACATGCTTGGGGGCATTGGTTACTTCTATGGCCAATCAAAAATTTATGTTCCTAAAAGCACTCAGGCGAGTT
TATTTCCATCCAGCATCTTATGTATTATTTTTTCATCCTATTTATGTTCCTCCCATCTGCAAACTAGCTTGGACCTCTCA
CAGAACCACACAATTGATACCTTCTATTGCAGCCTGGAAGTCGGGATAATTTCTTGCTGTATTGGCCAGCCGAGCTGTAC
ACAGCTGTTCCAAGCCGACCTTTTTTTCCTAGGGGGTTTTTGTGGGACGAAGGTTTCCATCAATTGTTGATCTGGTTCGT
TCTTATTAATCATTTGTCTGTTGAAGATTTCTTTGCTATGCTATTGCCACTTTTGTTTGACCAATTATTATTACAAAATT
ACAAGCTATATTCCTCCTACTAGTTGATCATACTTTGGAATTTGTTGTGTGTGCTTTGATCAGGCGGTGGGATATTCGTA
TAACCTTGGATATCGTTGGACACTGGTTAGACCTATTGAACATAGATGGATGGATTCCACGTGAGCAAATTTTGGGTGCT
GAAGCTTTGAGGTATTTACTCTCTCTCACTAACCGTGGTAGTCATGGTTATTGTTGTAATTGTTTTATAGTGTTTCTCTA
CCTGCAGTAAGGTTCCAGAGGAATTCGTAGTTCAATACCCGAGTAATGGCAATCCACCAACTCTGTTTTTGGTGATACGT
GGTAAGAATCTGTTGTTCTTTTATCTCTACTTACTTTTTCGTTTGTCATTGCTCTCTTTGTTTCATGTATGCCTTTGTGT
CATAAAAATTAGTTTATTTTACTACCAATCCTTGACCAGCATTTATTATAGAAGAGGGAATCAGCAATATCGTTATCAGC
TTCCTTCCGTTTGTTGTACCGATATTTCTGTTCCTACTACAATTAGATGTTTAGAACTTTGTAGCCAAGATCATAAGAGT
GCTTTCGGCTTCCTACTAATTTTGTGGATTGAAAATGTGACCTATCCTTGTAAATATAGATAAAGGCTTACAATTAATTC
AGCTCCATATAGTGACAATCTCTTTTTTTCAGATCTGATT