miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002397
mature miRNAs for MI0002397:
         ptc-miR482.2 (MIMAT0006785): TCTTGCCTACTCCTCCCATT
         ptc-miR482.1 (MIMAT0002103): CCTACTCCTCCCATTCC

References
[1]Lu S, Sun YH, Shi R, Clark C, Li L, Chiang VL, Plant Cell. 17:2186-2203(2005)., "Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis"
[2]Lu S, Sun YH, Chiang VL, Plant J. 55:131-151(2008)., "Stress-responsive microRNAs in Populus"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
CCTGGAGAAGAATTAACACGTGCGTGCAAGCTTGCAGGTTAGTTTTTttttaaaaaagaaagaaaaaaactattttttgt
aagttttttcattttaaaagtatttttaaattaattttgctttatatgagttagtatatttatttcaaattaattttaaa
tgcatgtctatataatataatatttattaataatttatactctcatttaaaaaattctggctccttactgcCCGACTTTG
ATTTTTTTTGGGTACTAAATTCCTGCTGTCGGAAGGATCGACGGAGGTTTTATGAAAGCCCTAGGATTGCAAGAGTGCAC
TGGTTGGCCCAAGGAAATGAAGCAAAATAGTCACGCCCAGCACCATTAGCTTCCGATGCTCTTCGACAAATATTGAAAGA
CGGGTGTTAAAGTGGGATCCATTCACTGAAAGAAACTTTCGTCCACCCGTTCAATTCAAAAACATTTTGATCAGAATCAG
AATCGACGTCTGATATTGATCCAGTAACATATAATATCCTGATAATCTACATACATTATATACCAAGGAGATCGAGTGGC
TTCCACCCACCTGGCAAGTAAGAGTATACCCTGGTGACGTGTAAAAGACACGTGCAGTTTAAGGAAGCAACTGGACTGAG
CTTGATTCAAGTGAAAATAACTGAGATACCCTTATGAAAACCCGCGCTGGCGTGGCAAAACTGTCAAAATACAGTTGGAA
AGAAATGTTTTTGCGTGGGAACGATTTTGAGGGGAAGAAGGGAAAGAAAAAAGAGTCCTCCCTTTCCCTCCAATTTTCTC
TCTCTATAAAAACCCCACTCTCTCTTCTCTTCCTGCTTCAGCTTCAGGTTCGCTTATCATTTTTTCTCATTCTTTGCTCA
ATCATCGATTCATTACTGATTTCTTTCAATTCTTGGATCACAATTACAGTGAAAAAAAAGAAATTTCTTATAATAAGAAC
CGCTAACCTTGATGTTGATTTTGTGTTTCATTGACGGAGCAAGAGGGCGAGAGCACAGGCACATCCGATAACTTGTCTCT
AGCTTAGAAAAAGCCCACACCATCTACAAGTGTTGTTAGCTCATAGCCCAGAACATCAGCCCTGATAACATTAAGTAGCC
CATTGAAGAGTCTAGTCCATATACATCCAGACCATACATCCATCAATTTCTTGTTTGTTTCACGTTACAACATCACATCA
CCTATAACTTTTTTACGTCCAATTATCCTAACTTTTGAGTAACTTTGTATTTGAACTCGTAGCCTTGATTTTTCAATTTA
TTTTCTTTATCATGAAAGTTTTTTTCAATACATAAAAAATATAAAAAAATATATTAAAGAATCTACTATAAATAAATAAA
AAATTATTAATTAATATTTTTTATAATTAAAATTAAAATTAAAATTAAAAAATCAAATAAAACATTTGAGACAAATAATT
TCAGCCCTGTTTATTTGCTGGAAAGTGGTTTTCTTTTGGAAGGTGAATTCTGGAAAAGTGAATTCCGGGAAAGTGAATTA
TTTTCTGATGTTTGGTAGTGTAATGGAAAATAAGTTGGAAAATATTTTCCAGTGTTTGGTTATGTCATGGAAAATGAGCT
GGAAAATAACTTATTAATATTTTATTTTTCTCAAGTTTATTAAAATAATGAGGAACAAATCTTACAAATTAAAAAGTTGA
ATGAGAATGAAAATTTAAAAAAATATATAAATTATCTCAAATAAAATAAATAATAATCAAAATAATAGAGATTAAATCTA
AAAAATAAAAAATTAAAGATGAAGAAATTAAAATAATAATAATTAACATTTCATAAATTATTTTAAATAAAATAAGTAAC
AATCAAAAGAATAAGGATCAAATTTGATAGATAAAAAATTTCAATAAAAAAATGATAAGAAAAAATCAAATAACAATTAT
AAAAATGAGGACCAAAATTAATATAAAAATTAAATTTTAAGAGATGAAATTGAAAAATAAATATTCAAAACAAAATATAT
ATAGCAATCAAAAGTTTGAGGACCAAATTTGATATAATCAACAAATAATATAACATTTTTAAATTTTTCACAACTTCCGG
AAAGTGTTTTCCGCCTAGATTTTTCAGGAAAACACTTTTCTGAAAATCAAGCTAAATTTTCCTTTGACTGGAAAGTGTTT
TTTATTAACCAGTTTTTTTAATAACAAACAAAAATAAAAAAATTTAAAAAGTAGTTTTTTTTAAATTATTTTTCAATAAA
CAAACATCCCTCCATGTGTAAGAGTAGAAGTTGGTGCAAAGTAGAAATGGTAAATTAGAATATATGGTGTACTTGGAAAT
ATATTTTAAAAAATTACTTTTAATATTACTCCATCAAAACAATAAATAAAATAAATAAAAAATTTAAATTTTTAGAAAGC
CGAATTTTAAAAGCGTACCCAGACAGCATCGACGCTGTTCTCTTTATTGCTTCTTTACCCAGCAGGTACCATCCACCGTC
CAGGTCCACTCTCCACTCTCAACTAGTGGCCAGAATCTCTCCTCTCTTTTTTTTTTACATCTTATCTCTACACCAACCAC
TTTTTTGGCATGGCCCGAGACATTGGAATTAGGAGCATCAAACGCGTATTTTTTTTTTTTAATTATTATTAATATAAATG
TTTGGATGAACTTGGACGTAATTTGATTAATTTTAACATATTTTAAAATTAATTATTATATAAATTTTTAATAATTATTA
TATTAATAATCATAGGACTTAAAATTAAAATTTCAAAAAAAACAATCTCTTTAATTCCAAGATTTTACCGCAGCCCACCC
AGTAAATGGTTTCAAACGCGTCTTTTTGAAACTGGTGTTCAGAGGTTAACAAAAGCACTTTATGTAAGAAGTAATTTTTT
CAAAAATCATATCCAACGCACTTTGCTAGTTAGCTTTCTTTGCCTATATTAACACCATCTAGAAAGCCATCGTCTTCAAC
TTGCTCCTGTCTATGGTGTGTAATAGATGAGAGAAACGGA