miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002184
Located between position 19089414 and 19089514 on chromosome scaffold_6 strand -
mature miRNAs for MI0002184:
         ptc-miR156a (MIMAT0001890): TGACAGAAGAGAGTGAGCAC

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
ATTCTATATCAATTATTTTTTTCTCATCTATTCTAAAAAAATAACCAAAGGATACCTACTTATCCTCTTTTTCAACCAAT
AATCTATTAACATGAAAGCAAAATCTTATATCAATTAAAATTTATTTTGCGCGGAAAAAAACTGTAGAGATTAATGTGGA
TACACAATAAAAACTATTCATTGCTATAATAAAAAGATCTTTTTACCTTTCTAGGAAAAAATGAAACACTATTAATTACG
GGTATTTTGGTCTTGTTATGTGACTAATTAGCCATTAATGATTTGCATGGGGTATTTATAATTTTTTCAAGTTAAAGGAA
CAAAAATGACTTATTTTCTCTCGAGATCAAAATTTTATATGCTATTAATTTAGCGTATTTTAGTATTTTAATTTTTTTTA
AATACAGTTAAAAGATAAAATTGCCCTTGAAATGCCAAAAAATTAAACCATTCGTCTATGGGCGTTTTAGTATTTTCCTA
GAGATTTTCTTTGTTATTTCCTGAACTATGAAGGGTAAATTAGTTATTTTAGATGAATTATTAATATTTTAATTGAAAAA
GTTAGTTGGCACGTGATAATCATGTGCCAGTGCATAGGAGGCACCCACGCCTTTTAGGAGGCGCGTGCACCATCTCCTGG
TGGCCAAACCTGTCCTTATGTTATGTCATTGAAAGCACCGTCACATCCTTATCCTCTTGGTGTATAATATATAGCAGCGG
TACGGTGGTTTATCGCCGGTAATCCTTTTTTATCTTCTTTTTCTCTCCTCAATTAAAAAATACAGTTTGGTCCTTTTTCT
TTATGCTATTTTGATTTCAATCTTTATTCTTTTGATTTTAAATTTTTGTTCTCGATCCTTTTATAAAAATTTTATTTGTT
TTCAATTTAATCTTTAAATTCCAATTTGTCATATATTGTTTTTTCCATTTTAGTTTTTATTCTTTTTATTTTGAAATTTT
TTTCCTTGGTCTTTTTATAAAAAGTTTATTGGTTTTCAATTTTATCCTTCAATCCAAATTTATGGTCTATTGTTTTTTTA
AAATTTGATCTCCATTCTTTTGATTTTTTTTCTTTTATTTATGTTATTTCTTTTTAATTTAACCCTCCACTAAAAAACTT
TAGGTTGCCCATTAATTTATTTTTTATTATGATTTTCACTCTTTTTCTTTTAATTGCCATTTTTTATCTTGGATTCTTTT
GTGTAATTGATTTTTTTTTTAATTTTATCCTCTAGTGTTTGATTTGATGGGGATTGAACTTCGCAATTTCTCCATATATG
GTGCTTCCGGTCTAATGACCCAGGTCACGAGTTTGAAAAATTAACATAAGTCAACATCATTTTTTTTGCTTATTTTATTT
TTAAATTTCATTGTTCAACATTGGTTTATTTTGTTTTCAAAAAAGATTGGTTTTGTGGTTTTCTTTGATTTTTTTTCTAT
CGGGTTATCCAAATGTGATGACTTGGACCACAGGTTTTGCGGGTTAACCCGAGGTTGGCTTGCCCCTTATTATCTAGGTT
AGATGTCTATCACGCTACCTTAAATTGACTTAGGCTGATTTTTTTATCCCGTTTTTATCCAGTTTTATATTTTCGAAGAT
TATTTGTTTCAAGTTTTATCATATAATTAAATAAAAAATATTTTTTAAAAATAAAATTATTAAACTCTATAGAGTCTATG
ATCTATGTCACGAGTTTGACAGGTCGTAATATACCGACAAACAAATTTCATCGGTGTTTTCATATGTATTTGTCAATTTT
TTTGTAGTGTTTTTTTTGTTATTATCAATTTAAATATATGAAAATTTGGTATTTGAAAATATATATATAAAAAAAAAAGA
CAATGAAATAATCAAAACACCTTTAAAAGCAAAACTTTTAAAATTGGTGTCAATGAGTTTTTTCATCTTTTACAATGATT
TATTATTATTATTATTATTAGATCATCTTAGGAGCAATATAACATTTAACCAAATATATATTAAAAAAATGGTTGGGGCA
CATATGGTGCACTCTTCATCGCATGAGAGGTGTTTGCTCCCTTCAAGCGGTGTGTACGACATCTCTCAGCATCCAAAAAA
GCTCTTCTACCATGTCGATGGAAGTGTCGCCATGTTTTCATCCTAGTGGTGTGACACGTGTAGATAGTGGTTGTCTGGTT
TGTTGTTAGTTAACCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTCTTCTCCCTTAAGAATCACAATTTGATCCTCTTTGTTGTTGA
TATTTCAATTTCAATTCTTATTTTTTTATTTCTAATTTTTATTCGTGACTCTTTTATAAAAAATTTATATGTTTTTCTTT
CTATATCTGATAAATTTTTTTAAAAAGAAATTTTTATACTACTTTCTCGATTTTTTTTTCAAAAAATGTTAATTTTCAAA
AAACATATCCTTGAAATGATTTTGCTATCAATTAAGAAATTTAATAAATTTTTTAATACTTGATTTCAAGATTTGAAATG
CAATGAATAATTCCAGTAATTAACTGCTGGGGTGAATCCAGCAATGTGATTGGCTTCCTCCACATGAATCTGATCCATAA
TAATTGAGAGTACTACATATTCATTTTTTGGTCGTAGAAAACTAATTTCTTCGAGGACCGATGAGCAAGTCATTCCAAAA
CAAAACACCCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCCAGTCTGCTCCTCCTTAATTACTTATGGCCACGCCCCAACCTAAAAACTT
CAGGAGGACAAAGGTTTCTGTCACAAATAAGTGCTTATGCCGCACTCGAGTAGAGAAAGAAAACAAAGAAGAAGAAGAAC
AAAGAGAGTTAGGGTTTTCCTTGGGTGATTGAGCAAACCCTAGTTAGTTTATGGTGCAGCTAAACAATTCTCTTGGTTTT
GATGTATACAAAACTTGATGTGTGCATCTGTGGTTCCAGATCTGAGTGATGACCTCATGGGGTGCTTAGATTTTGCCAGT
ATAATTCATTTTCTAGTTCAGAAAATTAAAGAGGGACACA