| Basic information from miRBase |
| hairpin accession number: MI0002213 |
| Located between position 8032134 and 8032295 on chromosome scaffold_6 strand + |
| mature miRNAs for MI0002213: |
| ptc-miR164b (MIMAT0001919): TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA |
| References |
| [1]Lu S, Sun YH, Shi R, Clark C, Li L, Chiang VL, Plant Cell. 17:2186-2203(2005)., "Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis" |
| [2]Dezulian T, Palatnik JF, Huson DH, Weigel D, http://genomebiology.com/2005/6/11/p13 (2005)., "Conservation and divergence of microRNA families in plants" |
| [3]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)" |
>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AAGATATTGGAGCCCTTTTAAAATATATTTACATTTCAGAGGGTGGGGCTATAGTTTGAATGCGTACGGACTCGTATTAG
GTAGCATTTTATTTTTGACAATTTGTGATAGAGAAGTTTACGAAGAAAAAAAGTCTCTTATACGTCATGTTTTCAAGGCA
TGAGAAGCATCTATGACTTAATTTGATGACGGGAAGTGGACTTGGAAAGAGACTTGAACACCATGGAAGGACAATAAATA
CAACTATGAAGATTTTAAGCCTCGCATATCTCTAGTGTATTGGTATATCTGTGTTTTTGAAGTCGAGTTGCTTCCCACTG
CTTTCTTAAGCTGTGTTTGGTGAAATTCTATTTTGTTGTAAAAAGAAAATGTGTGTGGGCAGGGACGGAGCAAGAAAAAA
AAATTAGGGGGGGTCAAATTATAAATTAGAGGGATTAAATTTTTTTATTATTTTTATTAAATATTTACACTGTATGTGGG
ACTGTGGGTTTAGTAAAAATTACAATTACGTACAATCATGGTGTTTAAAACTTTCACATCTCTAGTTTTTTTGTGTTTCC
ATATTTTAATATTTTTGAAGTATATATAATTGTTTTTTCTACTTTTTGTTTAAAAGTTGCAAGTGGTTAAGATTTATTCT
GTTTTTTAAAAAAAGTATATAATTATTTCAATTAAAATTATTTTCCTTTTGAATTCAAATAGAATATTCCATGCTTTGAA
TCAAAACTAAGATATTTTATTATGATGTCCACTTTTTTGTAAGTAAAATGCAATATAATCTTAGAAGCATAATTATAATT
TGCCAAAAAATGTTTCCATTAATACTACTTAATTTCAACTATATATCATGCTACAACACAATAATCCAAATACAACACAA
GTTGATAATTCCAAACAAACTTTTAATTTATCCAACTATTGCAAAAAGATAAAATAACAATTGAAAGGATGTATATGTGT
GTGTGAGATAGGGGATAGAACCATGCAAATCTATAATAATCATCAATAAATTACATAATATTTAAATATAGCTATCTATA
TGTAAATCTAACTATCTATAGACTTTATAAAAAGAAATTGAGGAATTATTGATTTTTTTAACAATTCTGAGTAAACTATC
TGGCCACTATCTTGCTAGCTATTTAATTTCCCTTTTAAATCAATCTATCTATCTTCATTGAAAAAAAAAAGCGAGAAGGA
GAAACTAGCATTAATGTCTTCTGGAAATCGAATCTTGAATCATGCTGGAGATTATTTTTCCAGTTTTATATATAAAACAC
ATCACTACTTGTATCCAGATAAATAAGGAAAATGAAATGTCATTTGCATTGAAAACACTTCCAAATTCTTCCAAGGAGTC
AATATTCCAATCTATATGGAAGATCATGTTAGGACAACGCGGATCTCCGAACTGAAAGTGATAAAGGGTTTGGTTTTATA
TCCACCTTCGGCTAGAGGGGTGGGGTTGAGACATGAGACCACAATGGAGGGCATTGGTACGTAATTCATTATGGAACAAG
ATGCCTGTGATCGATGAGCTTGGATATTTTCCCAACCTAGCTAGTTATTATCATCATTGTCCATGGACAATGGCGTTGGG
ACATCCAGTAATAAACATGCAGTTATAATTATACGGATTCTGGGGAACCTAACTTAATCATACTACCACCTAATACATTA
ATACAAGTAGCGATTATTATAGTGACCTAGAAATCTAGAATATTTATGCCCTTCACCAGTAAAGTGAATATATATTTATT
CTTTTTCCTAACTACCTGTTTGCTTTGAATCTTAACCTACTTTTTGGATCAAAAGTTGGTTAATTAAACTCAAAAAAATA
AAATTAAAACTCATAGACAAATGAAGAGAACGAACTAGAAGTTCTACTGTTTTTCTTCTTCTCTTGAGTGAAAATTATTT
CAAATTGTAGTGTAAATTTATATTAGTGTCCTTCCTTTCTCAAAAAAATCTCAAATTTGAACATGTCATGTCTTACGAAC
AATTAAAACAACTAAATAAACATCACTTCGTGCTTAACTATGCGCCTGCGCATGTTACATGCATACATGGATGGTAGCTA
CCTAAGAGATACATGTTAGAAACTCTCTCCGGGAACTGGTTAGCAATTGTAGTTTATATATTCTCTTGACAAACCACCTA
TGGCTTTGGATTCCTTGTCATTCGTCAATTATGTAAGGGTCATTCTACCCCGTATGGTTAATTTTGATTTCCTTAATATT
GTTTGGTGTTAGAAATAATTAGAAGAGAAAAAAAGCATGGTGAAAGAAAATTCTTTTTCATATCGTATTATTCTTGAAAT
AGAGAGAATATTATGGGCTTGAATTTCGATTACAATGCTCTTGACACATAACTTTTTTTTTTCTTAACCCCTTATTGCTT
AGTATATGAACACTAACTAAGCCGCTCGTGATGAGTAAAGGATCTAAAGCTTATGAATTGTTAAGATCTTGATAGATTTA
TCTAACTATTGTGGCTTAATTTCCCTCCCATGGATAAGAAATAATGCATGAATATACTTAAACGCGCCATTGTGAAATGC
ACTAATTGTAACTACAGTTCATCAGGTGCCCCCAACAAAACAATTGGATTCGGTTTGGTTGTCTTGAATTAAGAATTGGA
AGCTACAGGGTATAGATGTAAATAAATGTATTTTGCGTTAGTGATGCTGTGGTCCAAAGCTATTCATGATGGTTGTGACA
AGCTGTGTTTGAGGTAAATTGGTTTGCAAACTCATAAGGTCCCACATCCAACTAAGCCTTTTCATTTCTTGCCTCGCAAC
CACCTTTGAACACACATCTCCATTTACCTCTTTTGTTATAAATTAGTGGACACTGGGTATTGAAAACTGCAGATAGGTGT
CCCAAATTCACCATTTTAGGACCTCTCCCCCTCTCTTTCTCTCTCATTTTCTTGAGGTAGTTAGGCTTAATTTCTAGCTA
GAGTTATAGTAGTGGCATCGAAGGAAGAGAAGGGGTGTGT