| Basic information from miRBase |
| hairpin accession number: MI0002278 |
| Located between position 325728 and 325830 on chromosome scaffold_21 strand + |
| mature miRNAs for MI0002278: |
| ptc-miR171b (MIMAT0001984): TTGAGCCGTGCCAATATCACG |
| References |
| [1]Lu S, Sun YH, Shi R, Clark C, Li L, Chiang VL, Plant Cell. 17:2186-2203(2005)., "Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis" |
| [2]Dezulian T, Palatnik JF, Huson DH, Weigel D, http://genomebiology.com/2005/6/11/p13 (2005)., "Conservation and divergence of microRNA families in plants" |
| [3]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)" |
>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AACAAATTTTTTAATAACTAAGATCACTAATAAAAATATAATGACATCCTCTATTAATTTTCACCACAACCATCCAATTT
TTTTTTTTAATCATTTAGTTTATTATGCGATCTATATTATTTAATTTGGGTTATATTTTACTTTAATTATTTTAGATTTT
TAATGTGTTAAGATTTATTTATCAAGTTTGAGTCTATTATATCAAGTTAGAGTTAGCTTTATTCTATTTAAACTATTTGT
TAACATTATTTTGAGGTTGATAAATTTTTATCTACAAGTTTCTGTAAGTTGTGTATTTATTTCTCTTTGTATAATTGGGT
AATTTACATCCGTTATTTCTCAACAAAATTTTAGCTGTGGAGTGTAGTCTACAATGTGTGAATGGATTTTATTCCTAATA
AATGTTTAAAGCTCACTTCACTTGGAGCATGACCATAATGTCTACTATAATAAAGGATTCTTGTATGAGCTGTGCAATTT
AAGGTTTGATTGTTTGTACGCCGTGTACCATATAAAATAATAAAAAAAATTGTTGATTTTTATGCGGTGCACCACATAAC
AAACGTTTTTTTTTTTTTTTCAATTTAGTTGGTCAAAATACAAGAATTTGTGAAAGGCTATTGCATTATACTCATAAATG
ATTTTAGCTTTTATATTTTCACTTTTGGTTAGGTTGCTAATTTTAATCCTCAATATCTTTTATTTTATGTCCTAATTCAT
TAACTATGAGTGCAATTGAGTCAAGTATCTCAATGTTCTAAAACATCCCTTCAATTTTAAAAAAAAATACTTTCCCTAAC
CTTTATATATTAATATAAAGCTTTTATCAAATAAATAAAGATGGTGAGATTCGAACTCGTGACCGTTTGGTCATTAAAGC
TCTGATACCAAGTTAAAGAATCATTTCAACCTAATAGTTTAAGTTATTAGGTTAGGTCCAAGATATAATTTATATTATTC
TCTAACAGAGACTTGATCAATATTGTTTATTTTTTTGCTTTTTTTTAAAAAAAATAATATTGTTTCATTAAAAAAAAACC
CATTAGATCCGGGTCAACCCATCAACCTTTGGTTAGAGCTTGGTCAGGTTTTTTAGCTATGGGCATAGGCCTTGGGTCTT
GTGTTTGAATTTTGAATTTGTTTTTTTGTTAACCTATTTTGAATTTGAATTTATTATAAAATAATTTGTTGGACAATAAA
GAATTATTTTTTGCTAGCCCATACATCCAACCCATGAATAAAAGGAGTTTGAATAAATTATTTTTTTTAACTTGAATAAT
TTTTTATGAATAAATTGACAAATTTTAAAGTTAAAAGACTATCAAGTTAAATTTATAGAATTTAACTAAAATATTATGAG
GTTAATTTTGTTATGATGGGTAATTAAAAGAAAACATTGAAAATTAATTCTAGTAATTATCATAATTAATTTTACATTAA
TTTTGATTTCAAGATCCATTATAAAAAGAGAATGAAGATAGTGCTTTAAACATATTTTGAGACTCTTCTTCACTTCAAAT
TTATAATTACCTCATTTGTTTCTTAGCAAGTATTTCTCCTACCCTCGGGCCTAGATTTTATTTATTGTAGAGAAATATAT
TGATTCTTATTTCTTAGAGTTTGTGAACTTATTTAGTAGTGCAACTGAATAAGATAATGTTTTTAAAATCTTGTGAAGCT
GATTGCATTAACTATATTTATACCAAGAAAAAAGTAACAAAATCTTAAAGATAAATTATTTATCCTTGATGATAATAATT
TTCATCTTAATTTGATTTAAGTGTTTCAACAAGTAAGTATTTTACATGTGAACTTATATTATTTCAAGGTTAATAATTAT
TTTATATGATTAGTATACATGCTAGATTTTGTTTTGATTCTCATTGAAAATTTCAATATATATTTATAAATATACATGCT
AGGATTCTATTAATTACAAGATTAAATTAATTACATGTTGCATAGAGTAAGTATTAATTAATCCAATGACATAGGCTCCA
AGACAAGCATATGCCTCTGAGTTCGACAATTCATATTAGTAATTCATGCTTCGTTAAATCATGTGCCTTTGAGTTCGACA
ATTCATATTAGTAATTCATGCTTCGTTAAATCATATGCCTTTGAGTTCGACAATTCATCTTGTTTCAAGATAAACACAAA
TCTCTTAGAGACGCAAGCCATACAGAAGATGGCATCAAACTTCACTATTATTTTTCCATCAAAATTCAGGCATTTTACGA
CACTTTTCTTACAAAATAAGTTTTCATGTTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTCAAACCAACTTTGCT
ATCAATTTTGTTTCGTAAAAAATCAACTAGCTAGACTACACTTAACCCAGAAATTTTCACCACCAAAAGATTTGGTTTGC
TTTGCTTTTTTAAAATTCAAAATGATGACCGGTGGCACCATCCCAATGGCAACATGCCCTCTCTTTCAAGCTCTCTTTCA
CAAGTCATAAATACAAATTGAAAGCTCAAGGGACCTCAGAGTGCTTTTTGCATCGTTCGTATAAGCTTTAAATTTAATAT
GCTCACCTTCTTTTTTTTGTTGTTGGGTTGTCAGTGAATTTATTGCTAACTTCTTGCCTATACATCCCTTCTTCTCATCT
CTCTTTCTCTCACAGACACAGACATACACATTAAGTAATGAATCACAATCTCAGAGTCATGGAACATTTCTTTACCTTGC
AGGAAACAAAATCCCATTTTCTCTTCCTTCATAGTTTCTTTTCCCTACTCCCTTGATTTTTCTATCTCTATATATATGGA
GTCACTTGAAAGCTCTCTTAAAACCCTTTTCTTGGTATATACATTTCACCTGAAACCATCTCTTTATTCCTTCAATTCTT
GGGAATTTTTAGGGCGTGGTGTTGCATGTACTTATGTTTGTTTCTTTATGAACTAAGTTTTACTGGTGTGGTTAGTTTTT
CTCTTGAAATTATGTACTACTATAAAACTTGTCAACATAA