miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0001779
Located between position 41353226 and 41353350 on chromosome Gm09 strand -
mature miRNAs for MI0001779:
         gma-miR168 (MIMAT0001681): TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA

References
[1]Dezulian T, Palatnik JF, Huson DH, Weigel D, http://genomebiology.com/2005/6/11/p13 (2005)., "Conservation and divergence of microRNA families in plants"
[2]Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
[3]Joshi T, Yan Z, Libault M, Jeong DH, Park S, Green PJ, Sherrier DJ, Farmer A, May G, Meyers BC, Xu D, Stacey G, BMC Bioinformatics. 11 Suppl 1:S14(2010)., "Prediction of novel miRNAs and associated target genes in Glycine max"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
TAGCATAAAAGTGACTTTTACCTCATGAAATTGTCCCCAATTTTTTTTTTCTGAAACTGCACTGCTTTTTTCTTAAAAAA
AAAAAACTGCTTTTGGCATAAATTTTAACGCACGCTACATTTACCTTAGAAAAATATTTAATTTTGTCACTTATTATGTG
GATACCGTGTGTGTTGGATTAGTTATAAAAATATCATTCCAATAACTTTTTTCTAGAAAAATACAATAACTTTGTAATTG
ATTATATGAAATAAATTTTATGTTTGAATAGGATAAAGGAAACGTGATTTCAAGATTCATTTATTTAAAAAAATTGTTTT
TATAATAAACTTACAAAAAAAAATGTAGGTAGAAGTAATTATGTTTAATGGCATTTTTTATCCCTAATTTTTTAGTTTTT
CATAAATTTTACCACCAACAAATTAATTTAACATATTTTACATTTAACTTTTAAGAAATTTGTAAATTTTACCTTTTCAA
CAGTTCTAAGTGAATCACTAAACCTAATTCTTAGTTTTCTTAGGGTGAGGATAATTCAAGTAACTCTGGGTTAATGGGTT
TTGAATCTTCCCGAGTTTACATCAAGCCGTAAGCATCTCTAGTCGATCTCTAAGTTCCTTGACTTTAACCGAATTACTTC
AATAATCTTGTATTGGCTATTGTTCTTCAATTTTTGAATGATGAGCTTAAGGCGATATTTAACAAGCCATGACAATAGTG
GAGATACATTGTTCGGTCAAGACGTTGCACACAGTGGATGGAACATAAATTGGATTTGTATATGATTTGACATTGGGATT
TCCTGGTGGTAGGGTGGTTAATTTTATAAAAGATTTTTAGGGTTTAAGGGTCAAGGAATCAAGGAATCAAGACAATAGTT
TGGAATATACTGAAGTAGGAACAATGCAGGTATTGGCCTCATTTGTTCCACTTGAACTAATTTTAAATATAGGTTATTGA
TTTCCACCTCAACTAATTTAAGTATATATTTTTCAACTTTGGTTGTATTAATCATTTTCGGAAAGATATTTTAATTAGTT
TTTAATTTTTTTACTAGATGAAAGACTTACTTAACTATTCTGTAAATAAATTTTTTTAATAATTTCTCAATAACTTTTAA
TTTTTTTATATTTTCTTTTTTTATCCTTATTATATTTATCAAATTTTCTGTTTATCATTTTTAAATAAATCATAATTTTA
TTATTTTTTAAATTATTTTATATTTTTTAATTGTTTTAACAATTAATTTTATCGAACAATTATAATTAAATAAATTAGTT
TTTTAGTTTTCAACTACTTTTTTATTAGTTTTACCGAGCATAATCTTTATCAATTAAACCTAAATTAATTTCAGTAAGTA
TATATTTTTTTAGCTTTATCAATTTTACCTCTTAAATGGTGCATGGACTTAAAATAGTGGTGCATGAGATATGAGGATCC
CCATTTTTTTGGATTGAATATGATTCAAGTTTTGTAATTCATTTGACCTATTTTAGTTGTGCTCTTACACATCCTTACGA
TTCAACTCCTCTAAATTAAATAACTCACTTTAAAAGATAAAGTAAATCATCTAAAGTACTAAAGGTTTACGGTTTAATCC
ACACACTGCTCAATTAATTTAGACTTCTTAGTAAATAAAGTAAGTAATATGACTATTTAAAAAAATCAATAATTATTTTA
TATAATTGAAATATCAACCGATAATTTTCATCTCAACAGATGATTTTAATTATTCTAGTTTTGGTCACTTTAGAAGATCT
CAATTCACACCATTAAAGGTTATTAATCAGTTAAAAAAATCAAAGTTGAAAAGTTCATTTAATACAGTCTCTCTAGGATG
GTTATAAGATGACTAATAGGTTGGCAATTTTGTCTTATAGTAATTTATTCTGTGTTACTTTGTTAGATGGTCTTCTTGTT
GATTTGTGAGAAATTATTATTTTTGGACTTTTGTGGTATTTTTATTTTTATAAAAAAAGAGAAGAATATACAAAAAATAA
TAAACATCTTTTTAAGAGAAATTTTTTCAAATATACAAACTCTTAGACTCAATGTCAATTTCAATCATAATTAATTTTGT
AAAGTTAAAATCTTCTCAAGCTAAATATATAAATATTCCCTAATTATCTCCCTCCAACTCGACCCAATCCACTATTATTG
TGACTTACTTTCTTAAATTAGATCTCGTAACCAATCCATCGCTTTTGACTTACCAAAAACTTGCAAGCACAGATCACCAT
AACCAATGATATATGTAGCCATCTTTCGATCTAACTCACCTCCCATTTATTTTTCTCTCTGATATGCTTGCCAACTTTGG
CAAAGTAGAGCCCAACCAATTCATCACTCAAATCTTGCCTAACTCTCACTGACTATATATAGAAACACAGCCTTTAAATT
TTTTCCTTTAAAAAAAGTCCATGAAATAGTTATTTATTTCCCCATATTTATTTATTGTCGAGCAAACGGTATACAAAGTG
CAGCCCAAAGCGGCCCAAAACGGCGTCGGCTAAACCGAACGTTACAACAGTGAAAAGTGTGAAAGTCGGGTCAGAAAACA
CGTTTGCAGTGGCAGAAACACGCGCACGTGCAGCCACGTACTTCAACACAAAACGGCATCACTTGAGTAAATCTTTCCAA
AATCCATGTCCAAAATTTTCACGTCTCTCCCTGCCGCGCTTCTTCAGAAAAAATAAAAATAAAAAATAGACCACTTGCAC
AGTATTAATCGCATCGCATCAGTGAGAGCGTGTTATGCCACGTGTCCATATCTCCTTCGTCTGTGCTCTTTATAAATAAC
CCCTCGCTAACCCAATCCTCACCCGTTCACCACATAGGGTGTGGGTTGGGGTTAGCTTCGCGATTCTGATTTCTCTCTCA
CTCTTTCGTCTTCGCGGTTGAAGAGAGAGAGAGAGCGGTGGTTGGTGGTTTTGGTTTGGTGAAGTTCGATTCGATGTGAT
GCCATGCGATTGCGTTTGGGGATTTTGATTCTTTCTCCCT