miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0007215
Located between position 47097976 and 47098078 on chromosome Gm14 strand +
mature miRNAs for MI0007215:
         gma-miR390b (MIMAT0007361): AAGCTCAGGAGGGATAGCACC

References
[1]Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
[2]Joshi T, Yan Z, Libault M, Jeong DH, Park S, Green PJ, Sherrier DJ, Farmer A, May G, Meyers BC, Xu D, Stacey G, BMC Bioinformatics. 11 Suppl 1:S14(2010)., "Prediction of novel miRNAs and associated target genes in Glycine max"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AAATTTTATTTTTTTCCATAAAAAAAAGATGTTGTCTCCATAAAATAATTTTTAAAAATGAAACAATATTTTTTGTTTTA
ACTCTTCAATTCATCAGGGAAATAGACTCTTCTCAATTTAGAGTTAAGTTAGGTGATAAGAAATCTAGTCAATAATTATT
TTCACCAAAGATCAAACTCAAATATTATCCGAATAATTTAATTTTAATTTCAACATATTAACCATTTGTGTTTAATCACT
TATATAAAATGAATTAATATAAACGATAATAAGAGATAAAAAGAGATAATAAATTGATATCAGTTCTATTATTTTACCTT
TCTAATTTAAATAATAATAGTGACAGTAATAAAATTATACAACATCAAACTTTAAAATATAAAATTATGTAAAGGACAAT
TACAATTCGTAGAAGTTTAATTTTTTTAAAACATTATGTATTTTGTTAAAAAAAATTATAATATTTTATTTATAAAAAAT
ATTATTAATTTTTTTGTCCCCACAAAAAATATTTTGGATCACTGCTTTTGGTGTAAAAGGATTAAAAGTTTTAACCTCTT
CTTTTTAATCTATAATTATCAGTGTTTTTAAAAATTTAAAGTCTTATTAATTATTTTTTTCACACTTACCATATTCAAAA
TAACTAAATTTGATCTTCACATATAAAATACCACGCTTACAACAAACTTAAAAAACACTTCATTATGCTACAAAACATAT
TTGTATGTTATATTAAATAAGGATGTTTTATACTAAATATATTAATTGCCAATAAGTTATTGGTTTAAATGGAATCCCTT
TAAACAAGTCTCAGATTTGATCCTTACCGAGAGAAAAAATGTTATTCAAAGAAGACATTTCATTAAAGGTAATCAATAAA
ATTATTCAACAGGAATTAATCATTAACAAAATTTATAAATATCCCACATCAATGTCATGGTGATTAAAATTATATTGAAT
ATATTAATTAATATTTTATATTCATTAAAGTGTCCTTAATTTGTGTGTCAACCTTAAAAATGGAGTAATGTAGCAATAGA
TTTTTTTAAAATTTTTTTTAATAAAATTCAAAGTAAAGAAACATTAATAAATCAAATAGTAGTATATAAACATGTTGGTA
ACACACTTTTATTTACTCTTTGTTATTAACTAAAATTTATTTAAAAATATAAATTTTTATAGATAATACTTCTAATTATT
TAATGAGTTAGACTCAAGATTTTATGATTTTTTATATAAATTTTAACCAATAAAAAGATATTAGAAAAAATATGTTGAAA
ATGTATTGATAACACCCTTATTAAATATTACATTTTCTTATAAAATTTTGCACATTCCTGATCAATATACCCAATTAAAA
AAATGAATACTATTACTTAGAACAAAGCTCGGATAATTCCAGAGACAGAAAAGCAGAGACAAGTTAATCATATATATATA
TATATATAAAGATAGAGAAAAGCTATAAATATATTCTTACATTTTACAACATGTTATAACCTACATTTTTATGAATTATT
TTAAAAAATATATGTTTCAATTTATTAAATTACTCCTTTTACATAAGTTAAAGTTCATTAGCAACATTTCAAAAATTATT
TTAGCAATTTGTATTCTTATAAATATTTGAAAATTTGAAATTTGGGTATTAGTAATATACTTTTCTGTAAAATAAATAAG
AATATACTATTAAATGCAAACATATACTAGTATTTTAGATTTGTATATATAAGATCAATATTTATTTTTAAATAATTAAA
ATTCATAATAAATATATTATTTTAAATATATATAAGTTATATTTTATATTTACAATGAATAATTTAAATTATAATATTAC
ATTATTTTAATTATTAATAATTTCTTTTAAAAAAATATTGAAATTTAATTTAGAAATAGAAAGAAAAGAAGAATAAAAAT
TTAATAAAATTAAGTATATAAATAAAAAATAAATAAAAAAGATAATTTATGAGCTTAGTGTGTGAAATATGAAAAATGTT
TAATTAAAGGAAGAGGGAGATGAGAACCTTCTCTGCAAATTGTCTGTATCAACTGGTAATTACTGCAGAATGATTTTATT
TTCCAGTGAAAAAATTGAAGAAAAAATTCCCAGATGAAAATCATTGAACAGTTACATAATAATCCAGAACACTGTAACCC
CTAATTCTTAGATACCGTACCATGAACAAGAATCCAGCTCGGATATGTTATCAAAATTTATCCAGCATATTTTTTTCCGT
GACCGTGCCTGTTAGCTTTGCCGGTGAGAAATGGATCAGCAAAACCAACCCTTCTAGAGATCAAACTACGAGGAAAGAGA
ACAAGCACAAAACTAAATAATGAGTAAGAACTAAGAAGAAACACAAAACTTAATTTGATAGTTCAAACAACAGGAAGAAA
TCAAAGAAAATCTAAGAATTACAAACCATTTCCTTGCTGCACTTTGCTTAATTTGACACAAATCATAGCATAACAATTTG
CTTAATTTGACACAAATCATAACAAAACAATTGCTAAGTAGCATGCCTATATAGCCTGAACTAACTTACAATGGTTGGAA
CAAGTGAAAACGACTTATATTTTTTAATTAAGTAATTTAGGGTTCAAATCCTAATTAATCTTTAGATATAAATTGAGTCT
GTGTTAGAAAGAAAATACCTATTTGTGTTCACAGCTCCCAGCTCCCGACCAATATTTGTCATCACCTTTGATGAAAGTGT
ACCAGTACCATGAAAAAATATACATATATAGTCAGAGCTAAAAGGCAAGAAAATCCATAAAATTAATTAACTGGCAAGTA
GTAGCTAGCCATAACATTATGACTTTAAACATGTTTAGCTAGAAGATGAAGTTTAATTGAGTAAGATTCCTTATCATCAT
CATCATCAAGATCTTGATTTTTGCATCATAGAGAATAATAATGAATTGTAACCTGCGAAAAAGGGAAAGGCCATGGAAGG
GAGAGACATGCAGGTGTGGTGTTATATATATACAGTATGA