miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002200
Located between position 6596931 and 6597131 on chromosome scaffold_14 strand +
mature miRNAs for MI0002200:
         ptc-miR159f (MIMAT0001906): ATTGGAGTGAAGGGAGCTCGA

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AACTATTGTGAACATACAAAAATGCCCTTTGATGTTAGTTTTAATTTTTTTTGTTTTTAAAGATATTTTGGTTGTTTCAT
TGTGCAATTAAGAAGAGAGAAGACTTATTTATTCTCAATCAATTTAATAATAATTAGTGGACCTTGTGAAAATATTTTAA
TACCCTTGATAGCTAGCATTAAGTTTTTTGGATCAAGAGGCAAAATTGTCATCACATTGTTCCAGTGGACAATAGAAATG
GGTCAAAAACTATAGTGTTTTTCCAATACCATTAAACTTCTTTTAATGAGATACTTGAATTAAATATGCTTCCTTTGTTA
TTAAATCAATTAAAAAACTCATTAATATGTATTACTCCATATTATTTTCCCTGATTTGTCTTCATTCCAAGGTACATTTT
AAATGGATTAACAATGAGTTTTTTCTACTTGGATACCTGGACCAAACAATTATGGACATGGGTAGTGTAGCGGAGCCAAT
ATTTATATTTTACTTTTAGGATATACTAGAAAGGTTGATTTAGTTGACTTGGGGTATAGTATGCTTTTTTTTTCTGGTTA
AAATTCAACCGTCTAATCATGAATGGCTTCATATTATCCTAGCAATCAAGTGTCATCCTCTCTTCTTTTTTTTATAAACA
TCAACCTCAAAGAAATTGTGGGAGAGATTTGATGTTTTGATATGTAATGATATCCAAATAACAAGTTGTGTAGTTCATGG
AGAATGGTTAATTAAGATATTTGAGTATGCAATTCTCTTAGTTTTAGTTTAAGAGGCATCAAATTAATTATAAAAATCTA
AGTATTTGCAAAAATATTTTCAATCAGAAGGCCTTAAAAACTTTATGATAATAAAATCAATAACTTTATAAAAAATACAA
TAAATAACTTAAAAGAACTTTAAATTTCAAGAATAAAGATTTTTGTTCTTGTATTTTAGAATGATTAATGCTCTAAAATA
TATACAAATTATTGAGAAAAGAAAAGATTTTGAACATTTACCTGGATGGATCAGGGATATTTATATCCCATAAACCGTTA
TTTTTGGGAAGGGAATGACCGAAAAGTCCTTTATTTTCGGTGACATTAATGAAGGATAAATATCACTTACATATTATTAA
TAAGATGGTAAGTGTGTTAGGTTCCTTAAGAGACATTTTATATTTCAATAAATGTAGTGAGATTATTAGCTCTGACATAA
ATAATTCATGTAATTGTTGGGATCTGGCATTTTACCTTGGGTCCAACTGATTGCTGAACTTAAGTATATTGAGTCTGACA
GTCTAACATGTCCATGTTTTCTTGGGTTTAGCGGACAATTGAATCCAAACATATTGGATCTGGAATCCTGTCAAGCTCAT
GTTTTTGTGTTTGGTGTCTTACAAGACCCATGTCATTTTTTATTGTTGAATCCGAACATATTAGATATGGAATTTTATCA
GGTTCATGTTTTCTTGAATTCAGATATCAACTGATTCAATACATTTGTGTCTAATATATCACTTAACTCAATTTATATTG
AGTTCGGTTAATTACCGAAATCAAATATTTTGAATTTAGCGTACCATCAACCCCTCACCTTGTTTCATTTTTTTTAAAAG
TTTAAAAAAGATCAGCGGAAAACAACTGACTTTCAATATTTATATGAAGTTTTGCTAATTAGAACTCTCTCTCTCTCTCT
AAACGATCTTATTCTCACACCACACAATTTCCAAAACTCCGTCTACTTGGATTTTGATCATTCACTCGTCTGCCACGCAA
TTTATGCCTTGCTATTATTGCTCTTTCTCCAAGACCTTTTATGTAAATTCACAAAAATCCTCACATACAATATATTAATT
CCCAATTAACTTCATAAGAATATCAAGTCCCAACACGGATACAATGCTAAGTTTGGCTTGAGAGGTTAAAATTTGAAGGA
TAATTAATATAATTTTTCTTTTTTTATGATTTCAACCTCATCAAGTCTAGATTTTGGGATCAATTATTTTTTTATAGAAA
TTATAATTAAGATATTTCAGTAATCAATTAGAACGAACGAAAATCACTTTATCAAACAATCAGATTCTTGATAAAATTAA
ACTGTCAAATTACCAACTTTGAGCCGCATAAACTATATATGTTCTTGAAATGATTTTCTAGCAAGAATCAAGATACTGTA
GCAAAATTAATTATGATTTAAAAATCTCCATTGATGGAGAGAACTGAAAAGTCACAAAGGCACCTCTTGATTGAAGGAAG
CATCCAAACATGCCCTTAATTAACCTTGGTCCACGGTGATGTTTGCAAGCCATATGAGCCTCCCAGTTGTGGGACACAGA
CCTTTTCAATTTTCTGGTAAAAGCAGGGAATGGTTAATCGACAACAATTCCCACTTAATTAGTTTTATACTCTATCTTTG
TTCAAAGACTAGGTAGGACCCTCGATCTCCACGGTCATGCTCCATGATCAAGAACCAACTTAAATATTAATGCGTATTAT
TCACAATTCACATATTAGTCCAGCCAATAATTACACACTAATGTTACGCAATGAGAAAAATACCAATCAGATTTGCAGTG
ATTCAAAATAAATTAGGCAAAGAAACCCCATTATCAGATTCTTAACAACAACGGCTCAGATTAAATCTTGAGACCCTGTT
TTTGCCCTATAAAAGGATCCCTCTTGTTCACTAATCTTAAGCATCGACTTCTCCCTCCATCAATGTGGTTTTCACTTGCT
AAATAGTCAATGTTGCTTTTGTTGCTCCCCTTCTTTCTCTTTCTTCCCCCCCCCCCCTCACTCAAAGTACAAAACATGAC
CATCACCAAGAAAAAGTGCTAGAACATGCATGATTCCATAGATATTTTATTACTTCATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATATATAAATGTGAAATATACTAGACTATGCTTTATTACATCAACATAGCTGTACTTGTATTTATT
GTCATGCATTATCACGTAGCAAATTGGTTAGGATATTGGT