miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002207
Located between position 13103115 and 13103212 on chromosome scaffold_14 strand -
mature miRNAs for MI0002207:
         ptc-miR160g (MIMAT0001913): TGCCTGGCTCCCTGGATGCCA

References
[1]Lu S, Sun YH, Shi R, Clark C, Li L, Chiang VL, Plant Cell. 17:2186-2203(2005)., "Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis"
[2]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
CTGATGTTAAAAATGATTTTTAAAAAATAAAAAAACATCATTGGCATGTATTTCAGCAAGAAAAACTATTTAAAAAGCAA
CCGCTACCACACTGCCAAATAGGCTCTAGAAAGGATGCAACAGTTTATTGCCTAGACCGTCTAGTTTTTCTAAATTAATA
ATTCAAAAGAAATTGACCTTGCCTGGCCCATGAAGCTATGGCATGAGATTTTGGGCTGGCACTGACAGGGCTAAGAAACT
GGTGGAAGTTCCGATCCAAACTATATGCGTGACAGATTGTGCAATGCGATGCTGCATTTATTTTTTTTATTTTTTATTTT
ACTTAAAATTAATATTTTTTTAGTATTTTTAGATTATTTTGATGCGCTGATATAAAAAATAATTTTTAAAAAGTAAAAAA
TATTATATTAATATATTTTTGAATGAAAAACACTTTGAAAAGCAACCGCAATCACACTCATACCTAGTGATTTCAAGAAA
ATGTAATGGTCCCTAGGGCTTTAAAATAAGGTAAAATAATTGCTAATCAAGAATTCTCTGATTTTTACATTATTCTAAGA
GAATATTATAAGAAATTCAACCAAAAAACAGCAAAATTGTAGAGAAAGGCACCCACCCAAGTTCCCTGATTCATTCCCAA
AGCCACTGCACGAACACTAATGGATCCAAGCAAGCATAAATCAAAGTTTGCCAACAACGCAAGCAAAACCAATTAATCTA
AAAAGTAATCCCAAATCTATCTATAGGGTTTATAAATTTATGATACAGTTAATCAACACTTTGGCGAGCTGATTTGCCAC
TTAACCTGCCCTGTATTAACAGTATAAATAAATAAATAAATATTATTATCAGAAATATATAGAAAATGACACATTAGTTT
CAACCTGTTTTTTGCTAAAATTTAATTTTTTTTTCCCTTTAAATTATTATTTTTAATGTTTTTGAATTGTTTTGATATGG
TGATATCAAAAATAAATTTTAAAAAATAAAAAATATTATTTTAATGTTTTTTCAAATAAAAAATATTTTAAAAGAAAACT
TCATCACATTTTTAAACTGACTTTGCCTAGGGCATGAATATTACAGATGAATTTGTAAACGGGCCCTCAACTCAAACCAG
TCGATCTCTTGAAAACATAGAAAACAACCTGCCGACGCAAAATCTTGCGTGGTGCAGCAGTGAGTGGACATATCTTATTT
CACGAGTCTGCAACCGGCCGTAAGAAAATCCGTTAAACCATCCTCGGATAGGCTGTGCCTTTGTCTCATGCACTGGCTCT
GGCGCTGTCTGCTAAGTGATCATTCCTGTCCAAATCCGTTATTATGTGTACGCATGATTTAGAGCGCAGATGTTTACGGC
ATCGACGAGAACACCTCCTATGGCTATTTGGACAACTGGGTTCGGCTAAAATATTAAAAAAAAAAGGGATCTTCTCAATT
CAAACTTCTCTCTACGGTTTAAATTATGATTTCAGTCGTTGTTTTTTACTTGATTGTGATTGCCGCGAAATGGGTCATTA
AAAGAGTTATGTAACCATCATAATTGTATCTCACATGCAAAATGTTTTAATATTTTATATCTTTAAATATATATTAATGA
AATAATATGTCTCATATGTTAGCAATGATGTTTATTTATGTAGATTAATTGATATAAAATTACTAATTATGCATCAATGG
CATAGATTAAGAAAAACTTGATGAAGATTCACAAAAAAAAAAAAAAATTTAAAATTTAACGGGCAATATGATATAATGTA
GAACCTTACAGGGATAATCTAGAACTAATAAAGATTTTGGGCTTAAGAGGTACGCTTCATTTTAGATTCAGGTTCGAATC
TTACTAGTTATATTTTTTGGAATCGTATTTTTTAATGTAAAAAATCAGTGATTTACCATGTTTTTGTGTGGAAAATTTAT
GTGGACATGAATATAAAAACTTGAAAATTTAATCGAGTTAAAAAAAAAACAAAATGTTTACAAAATAGAGTTATACGAAA
AGAAATTAGGTAAGGGTAGCAACCTCCTAATTAATTAATTAACGTGTAATAATATATGTAATTGCACATATCGTGGTAAT
TAGAGCTTGGAGGTGGGGGTCAGGGTCTCTATTATCTAGGAGAAAAAAGACAACTTGTAAGTTGTAAACCTGCAAGAACT
TAGGGCAGATTTTGGCTTTGTACGAGCTAATAATGGAATCCAGATTACTATTGGGAAAGTAGTTGGACTATTCTCTGCCG
TCTGTTCAAAGTCTCATACCTTTCTCTTGTACTTTTTATTGTCTTCGCCTTAGCTTTCCCTTTTTATAAAAATCCTTTTC
CTCAAACCTCAGAGAAACGCACTTCTCTCATTCGCTGGCTTGATAGAGAAAGCACTAAGACACCAGAGGGAGAGAGGGAG
AGAGGCAGATGGATTCTCATCTTTGTTGCAACTACTCCACGTACTGTCCAGTTTTCGATATTTTCAGCATGTAATTGAAG
GGTAAGTCCTCAATCTAGCTAATCACGTTTAGAGATTATTATTGATTTAATTATTTGCTTGAAATCTTGCTCATAAAAAG
GAGCTCAGCTCGATCATCGATGTGTCTATTGAGGTTAAAGTGGTTTATAATTTACATTTGCTTAGAACAACTTTGAGCTC
CATTCTCTCTTTTCCCTCCTTTCTTAACCAGAAACTTGTGCCTTTAACATGTTAATGACCTAACAAGTTGTTTAATTGTA
AGCTGGATAGGGTTTTCGAAGGATGGTTGTTCTTCGTAATTTTATTGTGTTGTTAGCAATTATTAACAAGGTTTTTGCAA
ACAAATGCAATCCACTAGACTTGAAAAATAAGAACTTGATCATCTTGTCTAAATGTGGTCAAGAAATGTGCTTTTCTAAC
CTCATGAAGGGTAGTAAGCTCTTTGCAGCTTTCATTTATGAATTTTGTAAGTACTGGGCATTTTGTAGGCTGCAGAAAGC
AGGAAAATCTAGAGAGAAAAACTCCCAAGAGCAATATTCA