miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002246
Located between position 14336755 and 14336863 on chromosome scaffold_18 strand -
mature miRNAs for MI0002246:
         ptc-miR169aa (MIMAT0001952): GAGCCAAGAATGACTTGTCGG

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AATTAGTTTAAAAATTGATTTAATTAAATCTAGGTGAAGAGAAGGGATTTTAAAAAAAAATACAAAATTTTATTTAAAAA
AATAAAAAGATATCTTTTGACATTGACCTCGCAAACTCATAATCTTAGTAGTTACACGAAACTTTTTGTGACCATATACA
GTATCAATGTTTGTATATATAATGAAACTAAAAAGGAGCAGAATCAATAAGCTGGAATAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGT
GGCTGTTAACCACAAGGTCGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGAGTTGACTTTTTCTTTTATGCCGGCTAATGTATGAT
GTTATCGTTTTGTTTTTAAAGGAAAACTTTTTGAATCCAAAAACCAGAAGCAGAATATTTTTTCGAAGGACACTTCGCTC
TAAAAGAACAAAGAATGAAAGCCACCATGCTTGGCTTTACTATTCATGTTGATAAAATAAATTCTGTACCCCGAATCCGA
TTCTTTCTAATAACACTTGGATCCCTGAAGTCAACTGATTAGACTTTCAAGACCAAGTTCCTGAGAGATAACTTGAGATT
AATCCAAGAAAGCCAACCACGCATTCACCGCATGCATTAATTGTTATCAACTTTCACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GATATGTCAGGAGTTGTTCGTTCTCCTTTTCTTTTCAAAAAATAAAACTGCCAACAAATTTTGAAAGAAAACTTGGCTTG
CAAAGCTCTTAAAAAATGATTCTGCACAGCATAAACCATTAATTTGAGTGGAGAAGCCATCATGGAGTAGAGTAGCCAAC
ATTCTGCAGACACTTGAATGCTTATGCTTGATCTGAACTACTTATAAGGTTAATATAACATGAATCAAAAACCACGACTA
ACTCGTTGTGAAGGCCAGATTGAAGTGTACAGAAAGAGCTCCTCATTTAAGGGAAAGGAGGAGTTTAGACTTGGCAGAAT
TAAGGCTCTAATAAGCTCTCATGTAGGCCAAGAAGTGAAAAATACAAGGCGGTGAGGGATCATTTGTGTCCCATTTGATT
AAATTGTAAGACCATATGAGAAACTGTGTGTAACTTTGCATGTAAGTAGGATGTATGAGTATACCAGTGATTGTTGTTTA
AAATAATTGTTTTTTAGAAATATATTAAAATAATATTTTTATTATTTAAAAAAATTATTTTTAACATAGGTATAAAAAAA
ATTTAAAAAAATCAAATTTTTTTTAAAATATTTTTAAAACACAAAAATAAAAAATATATATATAAATAACTTAACAGAGA
AGCAAATAGCTTTAGCCCATATAAATTCTCAAGGTTATTATATTTTAGGATAAGCGTGAAAGGAGTGCTTATTCTCGACG
AGAATAGATAGTTAGCGGTTTCTCTTGCATGTTGCATAGAGAAAAGAATAAGATTTTCTTATTCTCTCCTGTATCAAGTT
AGAATGATAGATCGAGAGAAAGTGAGATTGGATTATTTGAGATTTTGGAATAAGAATAATGTGATTTCTTATAATCTTTA
ACTATTTTATAGTAGATTTCCTCTATTGTTCATTTATCTTGTAGATCTAAATATTGAATAATATAATTTTTTTTGAAATG
AAAGAGAGTTAATTTATTACCATCAAACTTATCAATAAAAAAACAGATGTTGGATGTTGTTAATTTTAGAATTCATGGGA
TTAGTTGAGGTATGTACAAGTTGATCCGGACATTCATGTTAATTAAAAAAAAAAAAAAAACAGATGTTGGAAAATTTGTA
ACAGATTGCCGAGTTCTTTTTTCAACCCTGAATAAGTTTTAATATTATATTTATTTGCAACAAACATTTTTCCTAGAAAA
TCAGTTGATAAAATTTCTCAACCGATGATACCAACCGCAGGTATGCTGTTGCAAATAAATTTGGTGGCTAATTTATTGGA
AAGAATGTATCAGTAGAAAAATATCGGCAAGAGAGAAAATTAAATTACCAATCAATTATCATACGAAAGAACTTGTTGCT
AAAAATCCTCAACAAAAACTATTACCAATATAGCGTACTAACGACCACCAGCTATTGGTGATTATTACCAACAGCTCACC
GATTGCCAACAGTTGTTGTCTTTGACAAAAATAAAATCTATGTTAGATCGTGTTCATTGTTTTTGCTGTATGTTTCAATA
CTAAGATACTTTCTGATGAGCATCGCAGCTTGTAATTGACTTTGACATGCTAAAGAAGAATAAAACTTTTAGCTAAAGAA
ATTTCGAGCCACCTAAAATAATGCATGTTGAGCTCTCACACATGCAGGTCCATGAACGAGCACTCTAAATGACACTCCCT
TACGCATCTCCTCAGTAATCTGGTATCGTTTAGGTTTTTGCTTTCAGACTTTATTTGATTTTGAAATATTAATTTTGACA
GCCAATTATCTATTTCTTACGTTGAAAAAAACAGAAAAAAAAGTGAATGATATACCGAACAAAATATTTAGCCCCCAGCA
CTAGCTCACAATCATATCAGTATTTATCACTTTCACAAGATTTGAGGATTTAGGGGAGAAAATTTACTTGAAACACTTCT
GAATTACAAAAGTAAGAGAAATACTCTCACGAAAGGATATGAAACTAATCTAAGTACTGGCCATGCAGATGCCTTGCATA
TGAGAGGGAACCTTATCATACCACTCTATCTGAAGTCCAAGAATCAATTCCCGTTGACATATTATATTGCCACTTCTTAT
GATATCTGCCTCATGCTAATTTGGATGACAAGAGAATAAATTGACCTAGTTGCATTGATACCCTTAGGTGGCGTGATGGT
TTGGATAGAGATTTGCAATCCGTATTCCTTGAATATTTTGGGCTATAAATACGTAGACAATGCTGCGCAAGATTGATATT
GAGATCTTGTAGAGAAAAAAGAGAGTACTGGAGATGTTCCATTAGGAGATGTAATTAATTAGGGACAATGTTGAAGCTTC
TTGATGCTTATCTTGAGTGTCTTCCATGAAAAGATGAAGA