miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002265
Located between position 15560467 and 15560570 on chromosome scaffold_1 strand -
mature miRNAs for MI0002265:
         ptc-miR169o (MIMAT0001971): AAGCCAAGGATGACTTGCCTG

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AACCATAGTTATCATTCCTTCAGGCCAATATTATAGAGAATCCATATTCATCCATTACTCATATGTTACTTTCTTATGCA
TGTTCATTTCCTCATAATAACATACATACATATATCATGTATATTTTCAGAGTTAGTATCTCAATGTGCAAGTGTTCGTA
TGACTCAATTTCTTTATATAGTATTCACGTGAAAGTCTACTGTTACTGTCTAACTTTGAACTATTACTGTCCAATTTCCA
ATTGTTACTGTCTAACTTTGAGCTGTTACTGTTTGACTTTTCCAACTGTTACTGTTTGACTTTGAACTGTTACTGTTTGA
CTTTTCCAACCGTTACTGTTTGACTTTGAACTGTTACTGTTTGACTTTTCCAACCGTTACTGTTTGACTTTGAATTGTTA
GTGTTTGACTTTTTCAACTATTACTGTTTGACTTTGAACTGTTACTGTCTAGACATTTGAACTGTCACTGTCTACACTTT
GAACTGTTACTGTCTAGACATTTGAACTGTTACTGTCTACACATTGAACTGTTACTGTCCAACTGTTACTATCTAGACAT
TGAACTGTTACTGTCTGAACACCATCAGATTTTTAACTATATCTAAACTTATAGAACTCTGTTTCAAGCGAGATTAGTCT
CGTTGGAAAGCTAATACACGAGGCTACAAGTTCTTTGAAGGAAGGAGAACCCAGTTCTGCCTTTGAGATAGTCAAAATTG
CTCATCAACAAACACTACCTTACAGGGTCTGTCAAGACCCAATCTCGGTTGATGACCCATAGCTGGGGTTCTACAGCTCC
ATATTAAGCAAGACCAATTTCTTAGTTATCTAACATCCAAAACTACAATTACTATGAGAAACTTGATCTTAATTCTCTCA
TCCTTCTACTCGAATTCTCTCCAAAAGTTAGGAGATGAATCTGTCCAGATTCATCAACCTTTCCATTTACACACAACATC
CACAATTTAACTCTTTCTCTATCATCTCAACCCCTAGTCATATCACATATCATTTAAGACTGTAAAAAAAAAAAGAATAT
CTTTATAAGAGCCAATTTATCTTTTTTATTTCAATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNGTGTATCGCCTGGAAATCGTATTACATTCGGTATTATAACTCTAACTAGATATACTATTTTCTCCCGTTTT
TCTGCATAATTATTATACTGCAGTATATATCTTTTATCCATGTTTTTTATTCTTGAGTTCTGAATCATGTCTGACCAGTA
TTAAATATAACTAAGTGCTGAAAAGCCAGTCCTTAAAGTGAAGGATGGTGGCAGATTAGAGGTGGGAAGGAGGAGATGTT
AATTTTGAGCAAAATTTGGGACCTAATTCTTGATTCTCTTACCGGTTTTCAGAAGAATTTTGATTTGTTTAAATAGTACG
GCGCCGCCGGCTTGAACAATTAAATTGTGGATTATCATTAATTTGTTTGTTTGTTGCTTATTAGTTTTTATTATGAGCAC
CGGATTATCAACTCAGGATAATATTTTTATTAAAATAATATTTTTTTTTGAGTTTATTCAAATTAATTTGACAATATCAA
TATGAGTTAATTAATATTGCCATATTAGTTGAATTTTACTAAATTAATATTTTTTTCAGTTTAACTTAAAATTTATTATA
AATTAAATTTTAAATAATAAGTTTTTTAAATTAACCTGTGAAGTTAAACCGAGATTAACAATTATACTTTTAAACACTAC
AAAAAATAAAATAAAATGAATTACCTTCTCATCTTTCAGCCCTTTTTAACAAGGGAGAAGATGGACCAATTCCCGTTGCT
TCTTAATGAAAAGCTTATGAACTGCATCCCAAAAACTTGAAAGTATTTTTCCATAAAAAAAACAAAATTGAAGGAAAAAA
GAAAGAAAAACAGATGGAATAATCGAAAACGATGGATGTGAGCTTGTAATTAAAGACAATCAACTAGAACAGAACATTCT
TGTATAGTGGCACATGCATGCGTTGACCTTAATTTAAGATTGGTTCATCTTTCCATATATGCCCAAAAAGTCACGATATC
TAAAAAGGGTTGTCATTTATCAGCTAAAGCTAGTACAATCAATGCCAATCTAGCTATATAATTCTAAATCCTTTGTTAGG
TATAGAATTATGCAACAATATTAAACGTATATTTTGTTGTTTTTGTAGTTCAAACTACTTTTCAAAAAAAATAATTTAAT
TGATTTTTATTTGAAAAAAATATTAATTTTGTTTTGTTTTTTAATAATTTTAATATGCTAATACAATAAAAAAATTTTAA
AAAATTACTTTTGAGCTGACTGAATTAAAAAATTACTTTTAATTCTTCTTAATCATTCATGTTCCAATTGCAACATAAAC
TTCACCTCATCTTGCTCAACATTGTACGTATATAACATTTGAGCTGATAATGCTGATAATGCAACATAAACTTCACCTCA
TCAGTTCAATATATATATCTCCAAAATGATCAAAACCTAACCATCATGGTGTTATGATGATCAGTTATGGCCCTATAAAG
ACTAAGCAAGACAATTAATTTGTTCAGATAAACTATATGCATGAATATGTATATATTTTATCAATACCCCTTGAAGGATG
TGAGGGGTCAACGAAATCAATTCATTCAAGTTGATAATCCCCTTATCTGCATAAATTCTTGCAGAACCCTTAAGAGGGAT
ATAATCTGGAGGAATATTTCCCATCATGGGCATTCAAATAATGTAATGTTGAGTTGCGTAAAATGCAATGAAATCGATCG
GAGAAATCCTCAAGAACATAGAGCATTATGAAAGTGATATTTTCTATTCTTTCATGGCCTATAAATAAAGACTTCGACAT
GTAGAATTAATTGGCATTGAATTTGTAGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA
TATGAATTGAGAGAAGAGAGGTCTAACATGAGGATCAGAG