miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002267
Located between position 27741711 and 27741825 on chromosome scaffold_1 strand +
mature miRNAs for MI0002267:
         ptc-miR169q (MIMAT0001973): TAGCCAAGGACGACTTGCCTG

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
TACATATTGCATGTGAACAGTAGAGAGCATCTTCCTGTTCATGAACTGCATTCAGTCCAGTCTAAACCTAAATGTATTAA
ATCAGGTCCGATTTAATAAAAAAAATCTAAAAACAATTTTTAAATATTGTTTTTTATTCAAAAAACTAGTGTTTAAAATT
ATTCAATGGCACTACATAATTACATTAGAAGGATATCATATGATGACGTAACATTTGCAGAATTTGATCGCAAGTCTAAT
TTTATTTCTGATAATATTTTATCTAACTTTGTTGCACGCTCGGAAAGTAATGAAAACTGTAGTCCTTGTCGGATAAATTT
CGTTCGTGATGGAATTGCAGATAGTTTAATAGAACAATAAAAATTACTTTATATAAAGTATTGTTTATTTCATGATGTAA
TATCAATAGTTAAATCTAAAATATTTTAATTAAAAACCATCAATATTAATATAAGTCTTGTTTAGTTATTTTATAACCTT
AATTTGAAAAACATTATTAACCAAACACATTAAACTACTTTTTGTTCAACCTCAATTTCTACCACAGTTTTAACCAAACA
TATATTTTAATAAATCAACCTCAACTAAAAGTATACGTACCTTTTTGTTTGGCATTGCATTTCGGAAGTGCTTTTGAAAA
AAATTAATTTTTTTTATTTTTTTTCTTTGCTTCAAATTAATATTTTTTAATGTTTTCAGATCATATTGATGTGCTGATAT
CAAAAATAATTTTTTAAAAATAAAAAAAACATTATTTTAATATGTTTTGCAATGAAAAACATTTTGAAAAGCAACCATTA
CAACACTCTTAAAAATCAAACAAAGACAAAAACTTGATAGGCATATGTAGGCAAGCATTTGAATTTGCTAATTTTAACTT
TAATTAATGGTGTTTGGTATTGAAAGTGAATCTGGTTTTTTTTTTTGGTTAAAATTTGAATTATTTTTTTATTTTAAATT
ATTTTTTTTATGTTTTTCAATCGAAAAATAAATTTTAAAAATAAAAAAAATATTATTTTAATATATTTTTAAAAAATAAG
TTTACAATCCTTCCAAAAACAATCCTTTCATTTGAATATTGCAGGTGAATAACGGTCAATGAACTCCTACTGAATTCTTT
TTTGAGTTTTTCCCATTGCCTGTATGGTATTTTGCTTTACTGAACCAAGCTGCTTTCAGCTGCTTATTTTATAAAACTAG
TGTTCGCTTTTGATTCTCAAAATCAGAAGCTTTAAAAGGAAACTATGACTCTTGAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAGGC
TCTCCTTTTAAATCAAATAGGATACCTACTAGGCTGCTCCTACTTTTGGCGAGAAGCAAAACAGCCTATTACGGCCGGGG
TATACAATATTTTCAAGCAAAAACACCATTTTTTAAAAGCACAATAATCAATCGCTGATGCTTTCTTTTGTTAATGCACT
CTCAACTTACAACACAAATGTTTACTTTTTAACTCACACCATAATACAATATAACACATTAATATCTAACAATAACTCTT
TATTTATCTAGGTGAGTCAATCGAGACATGTTCCGTTTGGGAGTTGATCGGATTCAGATTAAATTTAAAAAATCTAGGTA
AAAATAGATATGGTCAAACTTGGATAATTTGGTGGGTCAACTTATAATTACATCAAAACTCGATTTATTTTTTTTTAAAT
CAAAACAATTCATCTTAAAACAATGTTATTTTTTTATTTTTTAAAAAATTAATCTTAGTTAATCTGTTTAAATCATCACC
CAAGTATGTCGAGTCACTTTCATCAAAATAAAAGCTAGCTAAAATCCATCAAGCATGCGAAACCTCTCTTGGCATAGACA
TTGACTTCATTAACTGTGGGCGTGGCCCGTGGGAGCATCTCAAATGGGTTGATGATTTTGACGCTGGAATCATAGACCAT
GACAGTGAACCAGGAAAGCTTGTTGGATACTAGAGCTCTATCCACCTTTGAAAGGGTTTTTCCCAGTATGTCTAATAAAG
AACTTTAGTCAAAAAGTTCACATACAGATCTCTTAAAGATTTTATGCTTCTTTTCTTCATTTCGAGGTCAAAATTCTCTT
GACTTCAGACAGTTGGGGAAGGTCAGAGAAACTAGTAGAGAGTAGACAGCAACAAATAAAGGAGGTCAGAGAGTCCCATG
CATGCATGATATGTGCAAGGAAAAATCCACTCATGCATGCACTTGGCCACCGTTCTTTCTCTTGGCACGATGGTGAGAAT
CGAATATGTGACACGTAATTAACCACCCGCATATTGTTGATCTTGCTTGTTGTTAGGTCTAATTAAGATTGTGTTTAGGA
AATGCACTGATCCGTAATCCCAATGGAGCCTAACACATATATGGACAGTTACTTATGATTAATTAGTAATCAAGCCACCA
TGAAAAACGTCCTTCTTGTCATTTTTTATTCATTATTTAACTCGTTAATTAGGATTGGGAAAATTAATGCCTGCTAACAT
TCAGAACATGAATATTTCAAAAGCATAATTACCGGTAACTGCGATTTAATTATTAGCAACATAATTGGGAAGCCATGAAA
TTAGCAACTACTTGAACTAAACCTCTCTCGAACCAAAGTTTCCATCCTCGTTTAGATGAAATCACTTGAAAAAATGGCAG
CTATATCTGAAGATTGCTCATCATTTCCATGCAAGATCGATTTAAAGCATTAATTATAAGCATTAGGGTCATGATTTTGT
AGTTGGAAAAACTGAGCAAAAAGTTCATGAAGCAAATGCACTGTGCATTTGGATGTCTTTGCAGCCATAATGAGAATATA
TTCCATCATGGGCAGCTAGCTTATGAGAAATGAAAGGTATTGTAGGCAAATAGATTGTGGAGGAGCCATTAATGTAGCAA
ATCTGGATCTGATTTTTATTCTCTTGTTGGTTATAAATAGGGGATGTCAAAATGCATTAATCACCATCACATTTTGAGCA
TGAACACAAGAGGAAGAGAGACCTAACATGAAAATAAGAG