miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002273
Located between position 27741955 and 27742063 on chromosome scaffold_1 strand +
mature miRNAs for MI0002273:
         ptc-miR169w (MIMAT0001979): TAGCCAAGGATGACTTGCCCA

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
TTTCTGATAATATTTTATCTAACTTTGTTGCACGCTCGGAAAGTAATGAAAACTGTAGTCCTTGTCGGATAAATTTCGTT
CGTGATGGAATTGCAGATAGTTTAATAGAACAATAAAAATTACTTTATATAAAGTATTGTTTATTTCATGATGTAATATC
AATAGTTAAATCTAAAATATTTTAATTAAAAACCATCAATATTAATATAAGTCTTGTTTAGTTATTTTATAACCTTAATT
TGAAAAACATTATTAACCAAACACATTAAACTACTTTTTGTTCAACCTCAATTTCTACCACAGTTTTAACCAAACATATA
TTTTAATAAATCAACCTCAACTAAAAGTATACGTACCTTTTTGTTTGGCATTGCATTTCGGAAGTGCTTTTGAAAAAAAT
TAATTTTTTTTATTTTTTTTCTTTGCTTCAAATTAATATTTTTTAATGTTTTCAGATCATATTGATGTGCTGATATCAAA
AATAATTTTTTAAAAATAAAAAAAACATTATTTTAATATGTTTTGCAATGAAAAACATTTTGAAAAGCAACCATTACAAC
ACTCTTAAAAATCAAACAAAGACAAAAACTTGATAGGCATATGTAGGCAAGCATTTGAATTTGCTAATTTTAACTTTAAT
TAATGGTGTTTGGTATTGAAAGTGAATCTGGTTTTTTTTTTTGGTTAAAATTTGAATTATTTTTTTATTTTAAATTATTT
TTTTTATGTTTTTCAATCGAAAAATAAATTTTAAAAATAAAAAAAATATTATTTTAATATATTTTTAAAAAATAAGTTTA
CAATCCTTCCAAAAACAATCCTTTCATTTGAATATTGCAGGTGAATAACGGTCAATGAACTCCTACTGAATTCTTTTTTG
AGTTTTTCCCATTGCCTGTATGGTATTTTGCTTTACTGAACCAAGCTGCTTTCAGCTGCTTATTTTATAAAACTAGTGTT
CGCTTTTGATTCTCAAAATCAGAAGCTTTAAAAGGAAACTATGACTCTTGAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAGGCTCTC
CTTTTAAATCAAATAGGATACCTACTAGGCTGCTCCTACTTTTGGCGAGAAGCAAAACAGCCTATTACGGCCGGGGTATA
CAATATTTTCAAGCAAAAACACCATTTTTTAAAAGCACAATAATCAATCGCTGATGCTTTCTTTTGTTAATGCACTCTCA
ACTTACAACACAAATGTTTACTTTTTAACTCACACCATAATACAATATAACACATTAATATCTAACAATAACTCTTTATT
TATCTAGGTGAGTCAATCGAGACATGTTCCGTTTGGGAGTTGATCGGATTCAGATTAAATTTAAAAAATCTAGGTAAAAA
TAGATATGGTCAAACTTGGATAATTTGGTGGGTCAACTTATAATTACATCAAAACTCGATTTATTTTTTTTTAAATCAAA
ACAATTCATCTTAAAACAATGTTATTTTTTTATTTTTTAAAAAATTAATCTTAGTTAATCTGTTTAAATCATCACCCAAG
TATGTCGAGTCACTTTCATCAAAATAAAAGCTAGCTAAAATCCATCAAGCATGCGAAACCTCTCTTGGCATAGACATTGA
CTTCATTAACTGTGGGCGTGGCCCGTGGGAGCATCTCAAATGGGTTGATGATTTTGACGCTGGAATCATAGACCATGACA
GTGAACCAGGAAAGCTTGTTGGATACTAGAGCTCTATCCACCTTTGAAAGGGTTTTTCCCAGTATGTCTAATAAAGAACT
TTAGTCAAAAAGTTCACATACAGATCTCTTAAAGATTTTATGCTTCTTTTCTTCATTTCGAGGTCAAAATTCTCTTGACT
TCAGACAGTTGGGGAAGGTCAGAGAAACTAGTAGAGAGTAGACAGCAACAAATAAAGGAGGTCAGAGAGTCCCATGCATG
CATGATATGTGCAAGGAAAAATCCACTCATGCATGCACTTGGCCACCGTTCTTTCTCTTGGCACGATGGTGAGAATCGAA
TATGTGACACGTAATTAACCACCCGCATATTGTTGATCTTGCTTGTTGTTAGGTCTAATTAAGATTGTGTTTAGGAAATG
CACTGATCCGTAATCCCAATGGAGCCTAACACATATATGGACAGTTACTTATGATTAATTAGTAATCAAGCCACCATGAA
AAACGTCCTTCTTGTCATTTTTTATTCATTATTTAACTCGTTAATTAGGATTGGGAAAATTAATGCCTGCTAACATTCAG
AACATGAATATTTCAAAAGCATAATTACCGGTAACTGCGATTTAATTATTAGCAACATAATTGGGAAGCCATGAAATTAG
CAACTACTTGAACTAAACCTCTCTCGAACCAAAGTTTCCATCCTCGTTTAGATGAAATCACTTGAAAAAATGGCAGCTAT
ATCTGAAGATTGCTCATCATTTCCATGCAAGATCGATTTAAAGCATTAATTATAAGCATTAGGGTCATGATTTTGTAGTT
GGAAAAACTGAGCAAAAAGTTCATGAAGCAAATGCACTGTGCATTTGGATGTCTTTGCAGCCATAATGAGAATATATTCC
ATCATGGGCAGCTAGCTTATGAGAAATGAAAGGTATTGTAGGCAAATAGATTGTGGAGGAGCCATTAATGTAGCAAATCT
GGATCTGATTTTTATTCTCTTGTTGGTTATAAATAGGGGATGTCAAAATGCATTAATCACCATCACATTTTGAGCATGAA
CACAAGAGGAAGAGAGACCTAACATGAAAATAAGAGTCTTGTTAGTTAGCCAAGGACGACTTGCCTGTTCCTAGCAATTT
GGGATTTGCCCTGGACTAAGAGGCAGGACCCTCATTCCGGGTTTCAGGCAGTCTCCTTGGCTAGGTTGACAGGCTCTTCT
TTGTCATGCCAGGCCTTCTCTTCTTCCGGACAAACACGCCATTCACTCTATCTTGGTATCATTTCGTAAATGGAGGGTGA
ATAATTCAGGGGAAGTGAAGTCTTACATGAAGACAAGAGT