| Basic information from miRBase |
| hairpin accession number: MI0002285 |
| mature miRNAs for MI0002285: |
| ptc-miR171i (MIMAT0001991): TGATTGAGCCGTGCCAATATC |
| References |
| [1]Lu S, Sun YH, Shi R, Clark C, Li L, Chiang VL, Plant Cell. 17:2186-2203(2005)., "Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis" |
| [2]Dezulian T, Palatnik JF, Huson DH, Weigel D, http://genomebiology.com/2005/6/11/p13 (2005)., "Conservation and divergence of microRNA families in plants" |
| [3]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)" |
>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
ATTATATTATCAAAAATTAATTAACTTTTTTTAGCACGAGTAAAAATCTTTTTTTAATATGACTTTGATGACTAGATAAA
TTGCTATTTTATGTTAGTTTTAAAAAAATTAATGTCCATATTGTAAAGTAAAGTGAAAATAATGATTGCTATTTATTATT
TCAAATATTGCAATTTTGATTTTAATATATATTAAAAATAATAATAAAAATTTATATTTTATTTTATCTTGTACATTATC
GATATATCAACCTAATATAATATAAAGATATTCACTCTAATTTATATATTACTATATTAAAGATAGCTTCACCTGTCTTT
TATTTCATATTTTCACCTTTACTTAGTTGTTTCTGTCTCTCCTATCTCACAATAATTAAATGACTAAATTTTATTATATT
ACCCAAAGCTTACTCTTCTTTCTACCTATCAACCTCCATTCATACCTAATCATCACACATAAGAGGCAAGCAATCTTTGA
ACCATTTTTTTTTAGCATATATAGTAAATTTTTTTTTGATAAAATAACATTATGCAAAAATTATTTTAAAAAATAATATA
GTTTAGAGAATCGCATATAACATCTGTGATTCACAAATAACAAATATCATTTGCAACTCACTTAAATTGCAAAATTATTA
GACATAAAATTCAATAAGAAGAGATGATAGATGAGAGAGAAAAAAAAAGGAAAGATAAAAAGAAAAAATCTCTAAGATAC
ACTGAAATTCTGATGACGACACCACTGATACCGTTGAAAATATCTTGATAAGACAATCCAATGACACCAAAAAAAGTCAC
TAATGACTTATTTTAATATATTTTTAGATGAAAAACACTTTAAAAAATAACTTCTACCACACTCCTTAATCCTCTCCTAA
TGAAAGACAACTACCTCATCTATACCAAATTAAATTAGAAGATTCAACAAATTAACAAGATTATAACTTGGTTTGCCCTT
TCTAAGGCTGCGTTTGTTTATCAGAAAATGATTTTCGAGAAACCACTTTCCAAACTTTCATGTGTTTGTTTGCCATTAGA
AAAGTTGGTTAACGGAAAACACTTTCCAGTCAAAGAAAAATTTGGCTTGGTTTTCAGGAAAGTGTTTTTCTTTTATTTTG
GGCGGAAAATATTTTCCGGAAGTTGTGAAAAAATTAGAAATGTCATATTATTTGCTGATTATATCAAATTTGGCTCTCAA
ACTTTTGATTGCTATATATATTGTTTTGAATATTTGTTTTTTAATTTCATCCCTTAGAATTTAATTTTTATATTAATTTT
GGCCCTCATTTTTATAATTATTATTTGCTTTTCCCTTATCATTTTTTAATTGAAATTTTTTATCTATCAAATTTGGTTCT
TACTCTTTTGATTGTTACTTATTTTATTTAAAATAATTTATGAAATGTTAATTATTATTATTTTAATTTCTTCATATTTC
AATTTTTTTTATTTTTTAGATTTGATCTCTATTATTTTGATTATTATTTATTTTATTTGAGATAATTTATGAAATTATAT
TTTTTTTTCAATTTTATTCTTGTTCAACTTTTTAATTTGTAAGATTTGTTCCTTATTATTTTAATAAACTTGAAAAAAAT
AAAACATTAATAAGTTATTTTCCAGCTCATTTTCCATGACATAACCGAACACTAAAAAATATTTTCTAACTTATTTTTTA
TTACACTATCAAATATCAAAAAATAACTTATTTTTTCAGAATTTATTTTTTAAAAAAACATTTTCTAACAAACAAACGGG
AGTAAGTAAAAAATGAAAACCAGAGATAATTAATTGCATTAACTGCCCTCCCAAGTCTTTTCATAAAGCCAGTGAATTAG
AACTTAAAAAGTTCTAAAAATGGTCTCACGGGAAGCTTGCCTTATTAATGTTGCCGCCTGTTCGTTCAGAGAGAGATTCC
CTCATTAATGTTGGTGGCCTTTCTGGTTCGCAATTAAGACAGTGGATATCGCCATCCATTCGTTGCCTCACTTAATTTTC
CTTTTTCTTTTTCTTTTTTTAATTTTACCCTCCTTTTGCTTTTAACCATGGCACCCATATTACAATCTTGCCCATCCGAA
CATTATTTATGCAGCAAAGGGCAAGAATTTAATATTTTGACCTGCTCCATCTGCTATCAATCCAAGCAATCATGTGAAAT
GGTTGAGGGACGTGTTTTTGCTTCTTACACGCTGAGGTTTAAACTCAAATTAATTGTTAAGGTAATTTCTTAAGTATTCT
CTAACCTCAACATGATATAGCAGGGCTAGAAATTAAAATTTTATGTTGGAGAGGGCAATAATAAATAGGGGAGTCAAGAA
AAAATCATTTTCATACACAAAAGTGAAATGAAATTAAAAACTGTAAAGTAGCTTTTTTTCATTCGAAGAAGACAATTTTA
TATATAATTTTAGGATCTATCTGAAACAGTCATTAAACTTTTAAGTGTTGTGTTGAACTCTGAGGCTGTGGGTGTGCATG
GTGGCTCTCATCTGTATATATCCCTTGGTCCACTCCTTATCCCACTTGGTGACTTGTTGTTGACAAATTGAAAAGGCAGA
TTACTGAGGAATGCCATCGACAAGGAAAAGAAAACTATAGTCTTATTTCTGTGATGTTAATTTGGGGGTTTCCTTGAAGT
GAAAGTTCATGGTTTTGTTTTTATTTCTGGATTTCTCACAAGATTATTACTTTTTAGGCTTGGATTTACTGTAGAAGAGA
AAAGGATGGAGGGAGAATAATGGATTTAAATGCACTGGCCCAGCTTTCTGCTTTGGTAGTCGCGGTTTTAAATGCTCATG
CAGGCCCTCTTGCCCTCTTAAATCCTACCCCAGACATTCTCACCTCTCCCTCACACCTTGCTAGCCATCTTCCAAGGAAA
CAAAAAACCTCCCTCTCTTCCTCTCTGGTCATTTTGATCTCTTGTTATCTTGATGGAACTCTCCCATTTCTCTTGACAAG
GCAAAGAAGGGATTGTTTACCGTGTTGAAATCATGTGGAA