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Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002193
Located between position 4013699 and 4013798 on chromosome scaffold_15 strand +
mature miRNAs for MI0002193:
         ptc-miR156j (MIMAT0001899): TTGACAGAAGATAGAGAGCAC

References
[1]Lu S, Sun YH, Shi R, Clark C, Li L, Chiang VL, Plant Cell. 17:2186-2203(2005)., "Novel and mechanical stress-responsive MicroRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis"
[2]Dezulian T, Palatnik JF, Huson DH, Weigel D, http://genomebiology.com/2005/6/11/p13 (2005)., "Conservation and divergence of microRNA families in plants"
[3]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
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