• Home
• Browse miRNAs
• Deep-seq predictions
• Mirtrons
• miRNA genes
• Degradomes
• Download
• Upload
• Contact

 Metazoa  1060
	 Arthropoda  113
		 Ellipura  1
			 Collembola  1
				 Onychiuridae  1
					 Onychiurus  1
						 Onychiurus arcticus   1
		 Sarsostraca  1
			 Anostraca  0
				 Artemiidae  0
					 Artemia  0
						 Artemia franciscana   0
		 Eumalacostraca  16
			 Amphipoda  1
				 Gammaridae  1
					 Gammarus  1
						 Gammarus pulex   1
			 Decapoda  6
				 Varunidae  0
					 Eriocheir  0
						 Eriocheir sinensis  (Chinese mitten crab, Chinese hairy crab) 0
				 Penaeidae  4
					 Penaeus  0
						 Penaeus monodon  (black tiger shrimp, giant tiger prawn, tiger prawn) 0
					 Litopenaeus  4
						 Litopenaeus vannamei  (Pacific white shrimp, white shrimp) 4
					 Fenneropenaeus  0
						 Fenneropenaeus chinensis  (fleshy prawn) 0
				 Nephropidae  1
					 Homarus  1
						 Homarus americanus  (American lobster) 1
				 no_rank  0
					 Petrolisthes  1
						 Petrolisthes cinctipes  (flat porcelain crab) 1
				 Portunidae  0
					 Carcinus  0
						 Carcinus maenas  (green crab, common shore crab) 0
					 Callinectes  0
						 Callinectes sapidus  (blue crab) 0
		 Phyllopoda  4
			 Diplostraca  4
				 Daphniidae  4
					 Daphnia  4
						 Daphnia magna   0
						 Daphnia pulex  (common water flea) 4
		 Copepoda  11
			 Calanoida  1
				 Calanidae  1
					 Calanus  1
						 Calanus finmarchicus   1
			 Siphonostomatoida  5
				 Caligidae  4
					 Caligus  1
						 Caligus clemensi   1
						 Caligus rogercresseyi   0
					 Lepeophtheirus  2
						 Lepeophtheirus salmonis  (salmon louse) 2
				 Pennellidae  1
					 Lernaeocera  1
						 Lernaeocera branchialis   1
		 Neoptera  149
			 Hemiptera  14
				 Aphididae  9
					 Aphis  4
						 Aphis gossypii  (cotton aphid, melon aphid) 4
					 Myzus  1
						 Myzus persicae  (green peach aphid, peach-potato aphid) 1
					 Acyrthosiphon  2
						 Acyrthosiphon pisum  (pea aphid) 2
				 Reduviidae  0
					 Rhodnius  0
						 Rhodnius prolixus   0
				 Delphacidae  5
					 Peregrinus  2
						 Peregrinus maidis  (corn hopper) 2
					 Nilaparvata  3
						 Nilaparvata lugens  (brown planthopper) 3
			 Hymenoptera  5
				 Apidae  3
					 Bombus  1
						 Bombus terrestris   1
					 Apis  2
						 Apis mellifera  (honey bee, bee, honeybee) 2
				 Formicidae  1
					 Solenopsis  1
						 Solenopsis invicta  (red fire ant, imported red fire ant, red imported fire ant) 1
				 Pteromalidae  1
					 Nasonia  1
						 Nasonia vitripennis  (jewel wasp) 0
						 Nasonia giraulti   1
			 Coleoptera  2
				 Curculionidae  0
					 Dendroctonus  0
						 Dendroctonus ponderosae  (mountain pine beetle) 0
				 Tenebrionidae  2
					 Tribolium  2
						 Tribolium castaneum  (red flour beetle, rust-red flour beetle) 2
				 Chrysomelidae  0
					 Diabrotica  0
						 Diabrotica virgifera   0
			 Thysanoptera  1
				 Thripidae  1
					 Frankliniella  1
						 Frankliniella occidentalis  (western flower thrips) 1
			 Lepidoptera  25
				 Papilionidae  0
					 Papilio  0
						 Papilio xuthus   0
				 Noctuidae  5
					 Spodoptera  2
						 Spodoptera littoralis   0
						 Spodoptera frugiperda  (fall armyworm) 2
					 Heliothis  3
						 Heliothis virescens  (tobacco budworm) 3
					 Trichoplusia  0
						 Trichoplusia ni  (cabbage looper) 0
				 Nymphalidae  1
					 Bicyclus  0
						 Bicyclus anynana  (squinting bush brown) 0
					 Danaus  1
						 Danaus plexippus  (monarch butterfly, American monarch) 1
				 Tortricidae  0
					 Epiphyas  0
						 Epiphyas postvittana   0
					 Choristoneura  0
						 Choristoneura fumiferana  (spruce budworm) 0
				 Saturniidae  1
					 Antheraea  0
						 Antheraea assama  (Indian muga silkmoth) 0
					 Samia  1
						 Samia cynthia  (ailanthus silkmoth, cynthia moth) 1
				 Bombycidae  15
					 Bombyx  15
						 Bombyx mori  (domestic silkworm, silk moth, silkworm) 15
				 Crambidae  1
					 Ostrinia  1
						 Ostrinia nubilalis  (European corn borer) 1
			 Orthoptera  4
				 Acrididae  2
					 Locusta  2
						 Locusta migratoria  (migratory locust) 2
				 Gryllidae  2
					 Laupala  2
						 Laupala kohalensis   2
					 Gryllus  0
						 Gryllus bimaculatus  (two-spotted cricket) 0
			 Diptera  33
				 Calliphoridae  1
					 Cochliomyia  1
						 Cochliomyia hominivorax  (primary screw-worm) 1
				 Drosophilidae  14
					 Drosophila  14
						 Drosophila pseudoobscura   1
						 Drosophila auraria   1
						 Drosophila grimshawi   0
						 Drosophila willistoni   2
						 Drosophila yakuba   1
						 Drosophila ananassae   2
						 Drosophila sechellia   0
						 Drosophila erecta   1
						 Drosophila virilis   0
						 Drosophila melanogaster  (fruit fly) 5
						 Drosophila mojavensis   0
						 Drosophila simulans   0
				 Psychodidae  1
					 Lutzomyia  0
						 Lutzomyia longipalpis   0
					 Phlebotomus  1
						 Phlebotomus papatasi   1
				 Diopsidae  0
					 Teleopsis  0
						 Teleopsis dalmanni   0
				 Tephritidae  1
					 Ceratitis  1
						 Ceratitis capitata  (Mediterranean fruit fly) 1
				 Muscidae  1
					 Haematobia  1
						 Haematobia irritans  (horn fly) 1
				 Chironomidae  0
					 Polypedilum  0
						 Polypedilum vanderplanki  (sleeping chironomid) 0
				 Culicidae  9
					 Culex  1
						 Culex quinquefasciatus  (southern house mosquito) 1
					 Aedes  3
						 Aedes aegypti  (yellow fever mosquito) 3
					 Anopheles  5
						 Anopheles gambiae  (African malaria mosquito) 5
						 Anopheles stephensi  (Asian malaria mosquito) 0
				 Glossinidae  0
					 Glossina  0
						 Glossina morsitans  (tsetse fly) 0
		 Acari  16
			 Ixodida  6
				 Ixodidae  5
					 Ixodes  4
						 Ixodes scapularis  (black-legged tick, blacklegged tick, deer tick, shoulder tick) 4
					 Rhipicephalus  1
						 Rhipicephalus appendiculatus   0
						 Rhipicephalus microplus  (southern cattle tick, cattle tick) 1
	 Porifera  0
		 Ceractinomorpha  3
			 Haplosclerida  0
				 Niphatidae  0
					 Amphimedon  0
						 Amphimedon queenslandica   0
		 Tetractinomorpha  0
			 Hadromerida  0
				 Suberitidae  0
					 Suberites  0
						 Suberites domuncula   0
		 Homoscleromorpha  0
			 Homosclerophorida  0
				 Plakinidae  0
					 Oscarella  0
						 Oscarella carmela   0
	 Onychophora  1
		 no_rank  0
			 no_rank  0
				 Peripatopsidae  1
					 Peripatopsis  1
						 Peripatopsis sedgwicki   1
	 Annelida  8
		 Hirudinea  3
			 Rhynchobdellida  1
				 Glossiphoniidae  1
					 Helobdella  1
						 Helobdella robusta   1
		 Oligochaeta  6
			 Haplotaxida  3
				 Tubificidae  1
					 Tubifex  1
						 Tubifex tubifex  (sludge worm) 1
				 Lumbricidae  2
					 Lumbricus  2
						 Lumbricus rubellus  (humus earthworm) 2
		 Polychaeta  4
			 Terebellida  4
				 Alvinellidae  4
					 Alvinella  4
						 Alvinella pompejana   4
	 Nematoda  21
		 Chromadorea  20
			 Spirurida  0
				 Onchocercidae  0
					 Brugia  0
						 Brugia malayi  (agent of lymphatic filariasis) 0
					 Onchocerca  0
						 Onchocerca volvulus   0
			 Tylenchida  3
				 Heteroderidae  1
					 Heterodera  1
						 Heterodera glycines  (soybean cyst nematode) 1
					 Globodera  0
						 Globodera rostochiensis   0
				 Meloidogynidae  2
					 Meloidogyne  2
						 Meloidogyne chitwoodi   1
						 Meloidogyne hapla   0
						 Meloidogyne incognita  (southern root-knot nematode) 1
			 Rhabditida  12
				 Strongyloididae  1
					 Strongyloides  1
						 Strongyloides stercoralis   1
						 Strongyloides ratti   0
				 Heligmonellidae  2
					 Nippostrongylus  2
						 Nippostrongylus brasiliensis   2
				 Rhabditidae  3
					 Caenorhabditis  3
						 Caenorhabditis brenneri   0
						 Caenorhabditis elegans  (nematode) 3
						 Caenorhabditis japonica   0
						 Caenorhabditis remanei   0
				 Ancylostomatidae  4
					 Ancylostoma  4
						 Ancylostoma ceylanicum   0
						 Ancylostoma caninum  (dog hookworm) 4
				 Heterorhabditidae  1
					 Heterorhabditis  1
						 Heterorhabditis bacteriophora   1
			 Ascaridida  1
				 Ascarididae  1
					 Ascaris  1
						 Ascaris suum  (pig roundworm) 1
			 Diplogasterida  4
				 Neodiplogasteridae  4
					 Pristionchus  4
						 Pristionchus pacificus   4
		 Enoplia  2
			 Trichocephalida  2
				 Trichinellidae  2
					 Trichinella  2
						 Trichinella spiralis   1
						 Trichinella pseudospiralis   1
	 Chaetognatha  0
		 no_rank  0
			 Phragmophora  0
				 Spadellidae  0
					 Spadella  0
						 Spadella cephaloptera   0
	 Mollusca  23
		 Eogastropoda  6
			 Docoglossa  3
				 Lottiidae  3
					 Lottia  3
						 Lottia gigantea   3
		 Gastropoda  15
			 Pulmonata  6
				 Planorbidae  5
					 Biomphalaria  5
						 Biomphalaria glabrata  (bloodfluke planorb) 5
				 Lymnaeidae  1
					 Lymnaea  1
						 Lymnaea stagnalis  (great pond snail) 1
		 Coleoidea  1
			 Sepiolida  0
				 Sepiolidae  0
					 Euprymna  0
						 Euprymna scolopes   0
		 Pteriomorphia  13
			 Ostreoida  3
				 Ostreidae  3
					 Crassostrea  3
						 Crassostrea gigas  (Pacific oyster) 3
			 Mytiloida  5
				 Mytilidae  5
					 Mytilus  5
						 Mytilus californianus  (California mussel) 5
		 Orthogastropoda  13
			 Aplysiomorpha  6
				 Aplysiidae  6
					 Aplysia  6
						 Aplysia californica  (California sea hare) 6
	 Chordata  620
		 Ascidiacea  17
			 Enterogona  14
				 Cionidae  14
					 Ciona  14
						 Ciona savignyi   2
						 Ciona intestinalis   12
			 Stolidobranchia  4
				 Pyuridae  1
					 Halocynthia  1
						 Halocynthia roretzi   1
				 Molgulidae  2
					 Molgula  2
						 Molgula tectiformis   2
		 Actinopterygii  110
			 Scorpaeniformes  6
				 Sebastidae  3
					 Sebastes  3
						 Sebastes rastrelliger  (grass rockfish) 1
						 Sebastes caurinus  (copper rockfish) 2
				 Anoplopomatidae  3
					 Anoplopoma  3
						 Anoplopoma fimbria   3
			 Gadiformes  11
				 Gadidae  11
					 Gadus  11
						 Gadus morhua  (Atlantic cod) 11
			 Cypriniformes  13
				 Cyprinidae  12
					 Rutilus  1
						 Rutilus rutilus  (roach minnow) 1
					 Danio  6
						 Danio rerio  (zebrafish, leopard danio, zebra danio, zebra fish) 6
					 Pimephales  3
						 Pimephales promelas  (fathead minnow) 3
					 Cyprinus  2
						 Cyprinus carpio  (common carp, carp) 2
				 Cobitidae  1
					 Misgurnus  1
						 Misgurnus anguillicaudatus  (oriental weatherfish, Japanese weatherfish, dojo loach, oriental weatherloach) 1
			 Siluriformes  9
				 Ictaluridae  7
					 Ictalurus  7
						 Ictalurus punctatus  (channel catfish) 4
						 Ictalurus furcatus  (blue catfish) 3
			 Tetraodontiformes  2
				 Tetraodontidae  2
					 Takifugu  2
						 Takifugu rubripes  (torafugu, tiger puffer) 2
			 Perciformes  12
				 Nototheniidae  1
					 Dissostichus  1
						 Dissostichus mawsoni  (Antarctic toothfish) 1
				 Sparidae  3
					 Sparus  3
						 Sparus aurata  (gilthead seabream, gilthead bream, silver seabream) 3
				 Cichlidae  2
					 Paralabidochromis  2
						 Paralabidochromis chilotes   2
					 Oreochromis  0
						 Oreochromis niloticus  (Nile tilapia) 0
				 Scombridae  0
					 Thunnus  0
						 Thunnus thynnus  (northern bluefin tuna, bluefin tuna) 0
				 Latidae  0
					 Lates  0
						 Lates calcarifer  (barramundi perch, barramundi) 0
				 Percidae  2
					 Perca  2
						 Perca flavescens  (yellow perch) 2
				 Moronidae  3
					 Dicentrarchus  3
						 Dicentrarchus labrax  (European seabass, European sea bass) 3
			 Osmeriformes  2
				 Osmeridae  2
					 Osmerus  2
						 Osmerus mordax  (rainbow smelt) 2
			 Esociformes  0
				 Esocidae  0
					 Esox  0
						 Esox lucius  (northern pike) 0
			 Gasterosteiformes  8
				 Gasterosteidae  7
					 Gasterosteus  7
						 Gasterosteus aculeatus  (three-spined stickleback, three spined stickleback) 7
			 Salmoniformes  29
				 Salmonidae  28
					 Salmo  11
						 Salmo salar  (Atlantic salmon) 11
					 Thymallus  2
						 Thymallus thymallus  (grayling) 2
					 Oncorhynchus  13
						 Oncorhynchus nerka  (sockeye salmon) 1
						 Oncorhynchus tshawytscha  (Chinook salmon, king salmon) 0
						 Oncorhynchus mykiss  (rainbow trout) 11
					 Salvelinus  0
						 Salvelinus fontinalis  (brook trout) 0
					 Coregonus  1
						 Coregonus clupeaformis  (lake whitefish) 1
			 Cyprinodontiformes  3
				 Fundulidae  2
					 Fundulus  2
						 Fundulus heteroclitus  (mummichog, Atlantic killifish, killifish) 2
				 Poeciliidae  0
					 Poecilia  0
						 Poecilia reticulata  (guppy) 0
			 Beloniformes  8
				 Adrianichthyidae  7
					 Oryzias  7
						 Oryzias latipes  (Japanese medaka, Japanese rice fish, medaka) 7
			 Pleuronectiformes  5
				 Scophthalmidae  0
					 Psetta  0
						 Psetta maxima  (turbot) 0
				 Cynoglossidae  1
					 Cynoglossus  1
						 Cynoglossus semilaevis  (tongue sole) 1
				 Paralichthyidae  1
					 Paralichthys  1
						 Paralichthys olivaceus  (Japanese flounder, bastard halibut, false halibut, olive flounder) 1
				 Pleuronectidae  1
					 Hippoglossus  1
						 Hippoglossus hippoglossus  (Atlantic halibut) 1
				 Soleidae  2
					 Solea  2
						 Solea senegalensis  (Senegalese sole) 2
		 Elasmobranchii  10
			 Torpediniformes  1
				 Torpedinidae  1
					 Torpedo  1
						 Torpedo californica  (Pacific electric ray) 1
			 Rajiformes  0
				 Rajidae  0
					 Leucoraja  0
						 Leucoraja erinacea  (little skate) 0
			 Squaliformes  0
				 Squalidae  0
					 Squalus  0
						 Squalus acanthias  (spiny dogfish) 0
		 Mammalia  310
			 Perissodactyla  0
				 Equidae  0
					 Equus  0
						 Equus caballus  (horse, domestic horse, equine) 0
			 Carnivora  10
				 Canidae  4
					 Canis  4
						 Canis lupus  (gray wolf) 4
				 Ursidae  3
					 Ursus  3
						 Ursus americanus  (American black bear) 3
			 Rodentia  71
				 Muridae  65
					 Rattus  12
						 Rattus norvegicus  (Norway rat, brown rat, rat, rats) 12
					 Mus  50
						 Mus musculus  (house mouse, mouse) 50
				 Cricetidae  1
					 Peromyscus  1
						 Peromyscus polionotus  (oldfield mouse) 0
						 Peromyscus maniculatus  (North American deer mouse) 1
				 Caviidae  1
					 Cavia  1
						 Cavia porcellus  (Domestic guinea pig, guinea pig) 1
			 Diprotodontia  9
				 Macropodidae  2
					 Macropus  2
						 Macropus eugenii  (tammar wallaby) 2
				 Phalangeridae  7
					 Trichosurus  7
						 Trichosurus vulpecula  (silver-gray brushtail possum, common brush-tailed possum) 7
			 Lagomorpha  0
				 Leporidae  0
					 Oryctolagus  0
						 Oryctolagus cuniculus  (rabbit, European rabbit, Japanese white rabbit, domestic rabbit, rabbits) 0
			 Primates  123
				 Hominidae  101
					 Pongo  2
						 Pongo abelii  (Sumatran orangutan, Orang-utan, Orangutan, orang utan) 2
					 Homo  97
						 Homo sapiens  (human, man) 97
					 Pan  0
						 Pan troglodytes  (chimpanzee) 0
				 Cercopithecidae  7
					 Macaca  4
						 Macaca nemestrina  (pig-tailed macaque, pigtail macaque, pigtail monkey) 3
						 Macaca mulatta  (rhesus monkey, rhesus macaque, rhesus macaques, rhesus monkeys) 0
						 Macaca fascicularis  (crab-eating macaque, crab eating macaque, cynomolgus monkey, cynomolgus monkeys, long-tailed macaque) 1
					 Papio  3
						 Papio anubis  (Olive baboon, Doguera baboon, Kenya baboon, baboon) 3
			 no_rank  0
				 no_rank  0
					 Petrolisthes  1
						 Petrolisthes cinctipes  (flat porcelain crab) 1
		 Amphibia  17
			 Anura  16
				 Pipidae  12
					 Xenopus  12
						 Xenopus laevis  (African clawed frog, clawed frog, common platanna, platanna) 12
				 Ranidae  2
					 Rana  2
						 Rana catesbeiana  (bullfrog, bullfrogs) 2
			 Caudata  0
				 Salamandridae  0
					 Cynops  0
						 Cynops pyrrhogaster  (Japanese firebelly newt, Japanese common newt) 0
				 Ambystomatidae  0
					 Ambystoma  0
						 Ambystoma tigrinum  (tiger salamander) 0
		 Aves  34
			 Galliformes  27
				 Phasianidae  27
					 Meleagris  1
						 Meleagris gallopavo  (turkey, common turkey, wild turkey) 1
					 Gallus  26
						 Gallus gallus  (chicken, bantam, chickens) 26
			 Passeriformes  7
				 Estrildidae  7
					 Lonchura  2
						 Lonchura striata  (white-rumped munia, white-backed munia) 2
					 Taeniopygia  4
						 Taeniopygia guttata  (zebra finch) 4
		 no_rank  0
			 Squamata  11
				 Iguanidae  11
					 Anolis  11
						 Anolis carolinensis  (green anole) 11
			 Petromyzontiformes  6
				 Petromyzontidae  6
					 Petromyzon  6
						 Petromyzon marinus  (sea lamprey, marine lamprey) 6
			 Myxiniformes  1
				 Myxinidae  1
					 Eptatretus  1
						 Eptatretus burgeri  (inshore hagfish) 1
	 Rotifera  2
		 Monogononta  2
			 Ploimida  2
				 Brachionidae  2
					 Brachionus  2
						 Brachionus plicatilis   2
	 Hemichordata  1
		 Enteropneusta  1
			 no_rank  0
				 no_rank  0
					 Petrolisthes  1
						 Petrolisthes cinctipes  (flat porcelain crab) 1
	 Cnidaria  16
		 Hydrozoa  2
			 Hydroida  2
				 Hydridae  2
					 Hydra  2
						 Hydra vulgaris   2
				 Campanulariidae  0
					 Clytia  0
						 Clytia hemisphaerica   0
		 Hexacorallia  21
			 Scleractinia  6
				 Poritidae  0
					 Porites  0
						 Porites astreoides   0
				 Acroporidae  5
					 Acropora  5
						 Acropora millepora   2
						 Acropora palmata  (elkhorn coral) 3
				 Faviidae  1
					 Montastraea  1
						 Montastraea faveolata   1
			 Actiniaria  8
				 Edwardsiidae  6
					 Nematostella  6
						 Nematostella vectensis  (starlet sea anemone) 6
				 Actiniidae  2
					 Anemonia  2
						 Anemonia viridis   2
				 Metridiidae  0
					 Metridium  0
						 Metridium senile  (brown sea anemone, frilled sea anemone) 0
				 Aiptasiidae  0
					 Aiptasia  0
						 Aiptasia pallida   0
	 Platyhelminthes  11
		 Eucestoda  1
			 Cyclophyllidea  0
				 Taeniidae  0
					 Taenia  0
						 Taenia solium  (pork tapeworm, pig tapeworm) 0
		 Digenea  13
			 Strigeidida  9
				 Schistosomatidae  9
					 Schistosoma  9
						 Schistosoma mansoni   8
						 Schistosoma japonicum   1
		 Turbellaria  2
			 Tricladida  2
				 Dugesiidae  2
					 Schmidtea  2
						 Schmidtea mediterranea  (freshwater planarian) 2
	 Ctenophora  1
		 no_rank  0
			 Cydippida  1
				 Pleurobrachiidae  1
					 Pleurobrachia  1
						 Pleurobrachia pileus   1
			 Lobata  0
				 Bolinopsidae  0
					 Mnemiopsis  0
						 Mnemiopsis leidyi   0
	 Echinodermata  16
		 Asteroidea  0
			 Valvatida  0
				 Asterinidae  0
					 Patiria  0
						 Patiria pectinifera   0
		 Euechinoidea  22
			 Echinoida  16
				 Echinidae  6
					 Paracentrotus  6
						 Paracentrotus lividus  (common urchin, common sea urchin) 6
				 Strongylocentrotidae  10
					 Strongylocentrotus  10
						 Strongylocentrotus purpuratus  (purple sea urchin, purple urchin) 10