• Home
• Browse miRNAs
• Deep-seq predictions
• Mirtrons
• miRNA genes
• Degradomes
• Download
• Upload
• Contact

 Viridiplantae  889
	 Chlorophyta  6
		 Trebouxiophyceae  1
			 no_rank  0
				 no_rank  0
					 Petrolisthes  1
						 Petrolisthes cinctipes  (flat porcelain crab) 1
		 Chlorophyceae  6
			 Chlamydomonadales  5
				 Chlamydomonadaceae  4
					 Chlamydomonas  4
						 Chlamydomonas reinhardtii   4
				 Volvocaceae  1
					 Volvox  1
						 Volvox carteri   1
	 Streptophyta  876
		 rosids  298
			 Vitales  7
				 Vitaceae  7
					 Vitis  7
						 Vitis shuttleworthii  (calloose grape) 2
						 Vitis vinifera  (wine grape) 5
			 Fagales  7
				 Juglandaceae  3
					 Juglans  3
						 Juglans hindsii x Juglans regia   3
				 Fagaceae  4
					 Quercus  1
						 Quercus robur  (English oak, pedunculate oak, truffle oak) 1
						 Quercus petraea  (sessile oak, durmast oak) 0
					 Fagus  3
						 Fagus sylvatica  (European beech) 3
			 Fabales  66
				 Fabaceae  66
					 Vigna  3
						 Vigna unguiculata  (cowpea) 3
					 Glycyrrhiza  1
						 Glycyrrhiza uralensis  (Chinese licorice, gan zao) 1
					 Cajanus  0
						 Cajanus cajan  (pigeon pea) 0
					 Glycine  19
						 Glycine max  (soybean, soybeans) 18
						 Glycine soja  (wild soybean) 1
					 Lotus  3
						 Lotus japonicus   3
					 Arachis  9
						 Arachis ipaensis   0
						 Arachis hypogaea  (peanut, goober, ground-nut) 5
						 Arachis duranensis   1
					 Phaseolus  4
						 Phaseolus acutifolius  (tepary bean) 3
						 Phaseolus vulgaris  (French bean, kidney bean, string bean) 1
						 Phaseolus coccineus  (scarlet runner bean) 0
					 Cicer  0
						 Cicer arietinum  (chickpea, garbanzo) 0
					 Trifolium  1
						 Trifolium pratense  (peavine clover, purple clover, red clover, rotklee) 1
					 Medicago  17
						 Medicago sativa  (alfalfa, lucerne) 0
						 Medicago truncatula  (barrel medic) 17
					 Pisum  0
						 Pisum sativum  (pea, garden pea, peas) 0
			 Malvales  14
				 Malvaceae  14
					 Theobroma  2
						 Theobroma cacao  (cacao, cocoa) 2
					 Gossypium  12
						 Gossypium hirsutum  (upland cotton, American cotton, cotton) 9
						 Gossypium arboreum  (tree cotton) 2
						 Gossypium raimondii   0
			 Cucurbitales  1
				 Cucurbitaceae  1
					 Cucumis  1
						 Cucumis melo  (muskmelon, Oriental melon) 1
			 Sapindales  12
				 Sapindaceae  1
					 Paullinia  1
						 Paullinia cupana  (guarana) 1
				 Rutaceae  11
					 Citrus  11
						 Citrus aurantium  (Seville orange, bitter orange, sour orange) 0
						 Citrus reticulata  (mandarin orange, tangerine) 2
						 Citrus sinensis  (Valencia orange, apfelsine, naranja, navel orange, sweet orange) 3
						 Citrus unshiu  (Satsuma orange) 0
						 Citrus clementina   3
			 Malpighiales  45
				 Linaceae  0
					 Linum  0
						 Linum usitatissimum  (flax) 0
				 Salicaceae  34
					 Populus  34
						 Populus x canadensis  (Canadian poplar, Carolina poplar) 0
						 Populus tremula x Populus alba  (gray poplar) 4
						 Populus trichocarpa x Populus nigra   2
						 Populus deltoides   0
						 Populus tremuloides  (quaking aspen) 2
						 Populus nigra  (Lombardy poplar, black poplar) 2
						 Populus euphratica   0
						 Populus tremula  (European aspen) 2
						 Populus trichocarpa  (black cottonwood, western balsam poplar) 2
						 Populus tremula x Populus tremuloides   3
						 Populus trichocarpa x Populus deltoides   3
				 Rhizophoraceae  1
					 Bruguiera  1
						 Bruguiera gymnorhiza  (Burma mangrove) 1
				 Euphorbiaceae  9
					 Manihot  2
						 Manihot esculenta  (cassava, manioc, tapioca, yuca) 2
					 Ricinus  3
						 Ricinus communis  (castor bean) 3
					 Hevea  0
						 Hevea brasiliensis  (Para rubber tree, jebe, rubbertree, siringa) 0
					 Euphorbia  4
						 Euphorbia esula  (leafy spurge, wolf's milk) 4
					 Jatropha  0
						 Jatropha curcas   0
			 Celastrales  2
				 Celastraceae  2
					 Euonymus  2
						 Euonymus alatus  (burningbush, winged euonymus) 2
			 Rosales  6
				 Cannabaceae  0
					 Humulus  0
						 Humulus lupulus  (European hop, common hop) 0
				 Rosaceae  6
					 Fragaria  0
						 Fragaria x ananassa  (strawberry) 0
						 Fragaria vesca  (European strawberry, alpine strawberry, wood strawberry) 0
					 Prunus  6
						 Prunus persica  (peach) 4
						 Prunus armeniaca  (apricot) 2
			 Brassicales  84
				 Brassicaceae  80
					 Raphanus  4
						 Raphanus raphanistrum  (jointed charlock, wild radish) 3
						 Raphanus sativus  (radish) 1
					 Thellungiella  0
						 Thellungiella halophila   0
					 Brassica  18
						 Brassica oleracea   3
						 Brassica napus  (rape, oilseed rape, rapeseeds) 12
						 Brassica rapa  (field mustard) 1
					 Arabidopsis  49
						 Arabidopsis thaliana  (thale cress, mouse-ear cress, thale-cress) 49
				 Tropaeolaceae  0
					 Tropaeolum  0
						 Tropaeolum majus  (nasturtium) 0
				 Limnanthaceae  1
					 Limnanthes  1
						 Limnanthes alba  (white meadowfoam) 1
				 Caricaceae  3
					 Carica  3
						 Carica papaya  (papaya, mamon) 3
			 Myrtales  2
				 Myrtaceae  2
					 Eucalyptus  2
						 Eucalyptus globulus  (blue gum) 1
						 Eucalyptus gunnii  (cider tree) 1
		 Liliopsida  361
			 Asparagales  0
				 Amaryllidaceae  0
					 Allium  0
						 Allium cepa  (onion) 0
			 Dioscoreales  2
				 Dioscoreaceae  2
					 Dioscorea  2
						 Dioscorea alata  (Guyana arrowroot, greater yam, name-de-agua, ten-months yam, water yam, white yam, winged yam, yam) 2
		 Funariidae  12
			 Funariales  12
				 Funariaceae  12
					 Physcomitrella  12
						 Physcomitrella patens   12
		 Polypodiopsida  0
			 Polypodiales  0
				 Pteridaceae  0
					 Adiantum  0
						 Adiantum capillus-veneris  (maidenhair fern) 0
		 asterids  66
			 Ericales  2
				 Actinidiaceae  2
					 Actinidia  2
						 Actinidia deliciosa  (Chinese gooseberry, kiwifruit) 2
						 Actinidia eriantha   0
						 Actinidia chinensis   0
			 Gentianales  2
				 Apocynaceae  0
					 Catharanthus  0
						 Catharanthus roseus  (Madagascar periwinkle, chatas, chula, old-maid, rosy periwinkle) 0
				 Rubiaceae  2
					 Coffea  2
						 Coffea canephora  (robusta coffee) 2
			 Lamiales  6
				 Lamiaceae  1
					 Ocimum  1
						 Ocimum basilicum  (sweet basil, basil) 1
					 Salvia  0
						 Salvia miltiorrhiza  (Chinese salvia, dan shen, redroot sage) 0
				 Orobanchaceae  0
					 Striga  0
						 Striga hermonthica  (purple witchweed) 0
					 Triphysaria  0
						 Triphysaria pusilla   0
						 Triphysaria versicolor   0
				 Plantaginaceae  1
					 Antirrhinum  1
						 Antirrhinum majus  (snapdragon, garden snapdragon, snapdragon) 1
				 Oleaceae  1
					 Fraxinus  1
						 Fraxinus excelsior  (European ash) 1
				 Phrymaceae  3
					 Mimulus  3
						 Mimulus lewisii   1
						 Mimulus guttatus  (spotted monkey flower, common monkey flower, yellow monkey flower) 2
			 Solanales  12
				 Convolvulaceae  0
					 Ipomoea  0
						 Ipomoea batatas  (sweet potato, batate) 0
						 Ipomoea nil  (Japanese morning glory, qian niu) 0
				 Solanaceae  12
					 Capsicum  0
						 Capsicum annuum   0
					 Petunia  1
						 Petunia axillaris  (large white petunia, white moon petunia) 1
					 Nicotiana  6
						 Nicotiana tabacum  (common tobacco, American tobacco, tobacco) 3
						 Nicotiana langsdorffii x Nicotiana sanderae   0
						 Nicotiana benthamiana   2
					 Solanum  5
						 Solanum lycopersicum  (tomato) 0
						 Solanum tuberosum  (potato, potatoes) 4
						 Solanum habrochaites   0
						 Solanum torvum  (berenjena cimarrona, devil's fig, pea eggplant, pokak, turkey berry) 0
						 Solanum pennellii   0
						 Solanum melongena  (eggplant, aubergine, brinjal) 1
			 Asterales  35
				 Asteraceae  35
					 Guizotia  2
						 Guizotia abyssinica  (Niger seed, niger, ramtil, ramtilla, werinnua) 2
					 Carthamus  2
						 Carthamus tinctorius  (safflower) 2
					 Barnadesia  0
						 Barnadesia spinosa   0
					 Lactuca  5
						 Lactuca virosa   0
						 Lactuca sativa  (cultivated lettuce, garden lettuce) 1
						 Lactuca perennis  (blue lettuce) 1
						 Lactuca serriola  (prickly lettuce) 1
						 Lactuca saligna   0
					 Taraxacum  1
						 Taraxacum officinale  (dandelion) 0
						 Taraxacum kok-saghyz   1
					 Helianthus  10
						 Helianthus paradoxus   0
						 Helianthus ciliaris   1
						 Helianthus exilis   0
						 Helianthus tuberosus  (Jerusalem artichoke) 3
						 Helianthus annuus  (common sunflower) 4
						 Helianthus argophyllus   0
						 Helianthus petiolaris   0
					 Parthenium  1
						 Parthenium argentatum   1
					 Cichorium  5
						 Cichorium endivia   1
						 Cichorium intybus  (chicory, radicchio, succory, witloof) 3
					 Centaurea  4
						 Centaurea solstitialis  (St. Barnaby's thistle, golden star thistle, yellow centaury) 1
						 Centaurea maculosa   3
					 Zinnia  0
						 Zinnia violacea  (garden zinnia) 0
					 Gerbera  0
						 Gerbera hybrid cultivar   0
					 Artemisia  3
						 Artemisia annua  (sweet wormwood, sweet Annie) 3
			 Apiales  0
				 Araliaceae  0
					 Panax  0
						 Panax ginseng  (Chinese ginseng, Korean ginseng, ginseng, hong shen, insam, ninjin, ren seng) 0
		 Coniferopsida  56
			 Coniferales  31
				 Pinaceae  30
					 Pinus  10
						 Pinus banksiana  (jack pine) 2
						 Pinus pinaster  (cluster pine, maritime pine) 0
						 Pinus taeda  (loblolly pine) 7
						 Pinus contorta  (lodgepole pine) 1
					 Pseudotsuga  0
						 Pseudotsuga menziesii  (Douglas-fir) 0
					 Picea  16
						 Picea sitchensis  (Sitka spruce) 2
						 Picea engelmannii x Picea glauca   1
						 Picea abies  (Norway spruce) 1
						 Picea glauca  (white spruce) 9
				 Cupressaceae  1
					 Cryptomeria  1
						 Cryptomeria japonica  (Japanese cedar) 1
		 commelinids  246
			 Zingiberales  3
				 Zingiberaceae  3
					 Curcuma  1
						 Curcuma longa  (turmeric) 1
					 Zingiber  2
						 Zingiber officinale  (ginger) 2
				 Musaceae  0
					 Musa  0
						 Musa x paradisiaca  (banana) 0
			 Poales  233
				 Poaceae  233
					 Saccharum  4
						 Saccharum officinarum  (noble cane, sugarcane) 4
						 Saccharum hybrid cultivar  (sugarcane) 0
					 Leymus  1
						 Leymus cinereus x Leymus triticoides   1
					 Pseudoroegneria  0
						 Pseudoroegneria spicata  (beardless wheatgrass) 0
					 Avena  1
						 Avena barbata  (barbed oat, slender oat) 1
						 Avena sativa  (oat, cultivated oat) 0
					 Oryza  90
						 Oryza sativa  (rice, red rice) 90
					 Eragrostis  1
						 Eragrostis curvula  (weeping love grass, Boer love grass) 1
					 Cenchrus  0
						 Cenchrus ciliaris  (African foxtail grass, buffelgrass) 0
					 Agrostis  0
						 Agrostis stolonifera  (creeping bent grass) 0
					 Cynodon  0
						 Cynodon dactylon  (Bermuda grass) 0
					 Festuca  4
						 Festuca arundinacea  (tall fescue) 2
						 Festuca pratensis  (meadow ryegrass) 2
					 Lolium  2
						 Lolium perenne  (perennial ryegrass) 2
					 Zea  19
						 Zea mays  (maize) 19
					 Brachypodium  4
						 Brachypodium distachyon   4
					 Panicum  4
						 Panicum virgatum  (switchgrass) 4
					 Triticum  35
						 Triticum monococcum  (einkorn wheat, one-grained wheat, small spelt) 0
						 Triticum aestivum  (bread wheat, Canadian hard winter wheat, common wheat, wheat) 32
						 Triticum turgidum  (English wheat, cone wheat, poulard wheat, rivet wheat) 0
					 Sorghum  3
						 Sorghum propinquum   0
						 Sorghum bicolor  (sorghum, broomcorn, milo) 3
					 Hordeum  3
						 Hordeum vulgare  (barley) 3
			 Arecales  1
				 Arecaceae  1
					 Elaeis  1
						 Elaeis guineensis  (African oil palm) 1
		 Cycadopsida  1
			 Cycadales  1
				 Cycadaceae  0
					 Cycas  0
						 Cycas rumphii   0
				 Zamiaceae  1
					 Zamia  1
						 Zamia vazquezii   1
		 Mesostigmatophyceae  1
			 Mesostigmatales  0
				 Mesostigmataceae  0
					 Mesostigma  0
						 Mesostigma viride   0
		 no_rank  0
			 Ranunculales  5
				 Papaveraceae  3
					 Papaver  1
						 Papaver somniferum  (opium poppy) 1
					 Eschscholzia  2
						 Eschscholzia californica  (California poppy) 2
				 Ranunculaceae  2
					 Aquilegia  2
						 Aquilegia formosa x Aquilegia pubescens   2
			 Magnoliales  1
				 Magnoliaceae  1
					 Liriodendron  1
						 Liriodendron tulipifera   1
			 Caryophyllales  0
				 Tamaricaceae  0
					 Tamarix  0
						 Tamarix hispida   0
				 Aizoaceae  0
					 Mesembryanthemum  0
						 Mesembryanthemum crystallinum  (common iceplant) 0
				 Amaranthaceae  0
					 Beta  0
						 Beta vulgaris  (beet) 0
			 Amborellales  1
				 Amborellaceae  1
					 Amborella  1
						 Amborella trichopoda   1
			 Nymphaeales  0
				 Nymphaeaceae  0
					 Nuphar  0
						 Nuphar advena   0
			 Laurales  2
				 Lauraceae  2
					 Persea  2
						 Persea americana  (avocado) 2
			 Piperales  0
				 Aristolochiaceae  0
					 Aristolochia  0
						 Aristolochia fimbriata   0
					 Saruma  0
						 Saruma henryi   0
		 Gnetopsida  2
			 Welwitschiales  0
				 Welwitschiaceae  0
					 Welwitschia  0
						 Welwitschia mirabilis   0
			 Gnetales  2
				 Gnetaceae  2
					 Gnetum  2
						 Gnetum gnemon   2