RetrogeneDB ID:

retro_cfam_425

Retrocopy
location
Organism:Dog (Canis familiaris)
Coordinates:11:49047980..49048286(+)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSCAFG00000014445
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_cfam_425
CCCACGTGCCTCTAGGCCCCCAAGGTCCGCATCAACCCTGTGCAGTTCGACCTCAAGTTCTGTCACGTGACACCCAAGGT
GTTATCTAGAACGCTTCTGGAGGGGGCCGATAATCTTTCTTCTGGTTGAGGTGCCCAAAGGGTGGGTTGAGGGGTTTGAA
CATGATGAAGAATTTCTGAAGATCCACCACTGCTGCTGGAGGTGGATGTGTCAGAGGGCACCTTGCAATGCCCAGAGTCT
GGACATCTGTTCCCCTACAGCAACAGGGTCCCCAACATGCTGCTGAGTGAGGAAGGCACCCAGACT

ORF - retro_cfam_425 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 61.32 %
Parental protein coverage: 83.2 %
Number of stop codons detected: 1
Number of frameshifts detected 2


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalPLRLQATEVRINPVEFNPDFVARMIPKVEWAALLEAAETLH-LVEVPKGPIEGYEHDEKFLRQMHH-VLL
P..L.A..VRINPV.F...F.....PKV....LLE.A..L..LVEVPKG..EG.EHDE.FL...HH..LL
RetrocopyPTCL*APKVRINPVQFDLKF-CHVTPKVLSRTLLEGADNLS>LVEVPKGWVEGFEHDEEFLK-IHH<LLL
ParentalEVDVLEGTLQCPESGRLFPISRGIPNMLLSDEETET
EVDV.EGTLQCPESG.LFP.S...PNMLLS.E.T.T
RetrocopyEVDVSEGTLQCPESGHLFPYSNRVPNMLLSEEGTQT

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP012049_cerebellum 0 .00 RPM 64 .43 RPM
SRP017611_brain 0 .00 RPM 25 .41 RPM
SRP017611_kidney 0 .00 RPM 58 .05 RPM
SRP017611_liver 0 .00 RPM 8 .99 RPM
Canis familiaris was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_cfam_425 retrocopy.
Canis familiaris was not studied using FANTOM5 data.
retro_cfam_425 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_cfam_425 has 0 orthologous retrocopies within eutheria group .


Parental genes homology:
Parental genes homology involve 16 parental genes, and 501 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG00000014445 1 retrocopy
retro_cfam_425 ,
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, retro_mmus_3834, retro_mmus_3835, retro_mmus_3836, retro_mmus_3837, retro_mmus_3838, retro_mmus_3839, retro_mmus_3840, retro_mmus_3841, retro_mmus_3842, retro_mmus_3843, retro_mmus_3844, retro_mmus_3845, retro_mmus_3846, retro_mmus_3847, retro_mmus_3848, retro_mmus_3849, retro_mmus_3850, retro_mmus_3851, retro_mmus_3852, retro_mmus_3853, retro_mmus_3854, retro_mmus_3855, retro_mmus_3856, retro_mmus_3857, retro_mmus_3858, retro_mmus_3859, retro_mmus_3860, retro_mmus_3861, retro_mmus_3862, retro_mmus_3863, retro_mmus_3864, retro_mmus_3865, retro_mmus_3866, retro_mmus_3867, retro_mmus_3868, retro_mmus_3869, retro_mmus_3870, retro_mmus_3871, retro_mmus_3872, retro_mmus_3873, retro_mmus_3874, retro_mmus_3875, retro_mmus_3876, retro_mmus_3877, retro_mmus_3878, retro_mmus_3879, retro_mmus_3880, retro_mmus_3881, retro_mmus_3882, retro_mmus_3883, retro_mmus_3884, retro_mmus_3885, retro_mmus_3886, retro_mmus_3887, retro_mmus_3888, retro_mmus_3889, retro_mmus_3890, retro_mmus_3891, retro_mmus_3892, retro_mmus_3893, retro_mmus_3894, retro_mmus_3895, retro_mmus_3896, retro_mmus_3897, retro_mmus_3898, retro_mmus_3899, retro_mmus_3900, retro_mmus_3901, retro_mmus_3902, retro_mmus_3903, retro_mmus_3904, retro_mmus_3905, retro_mmus_3906, retro_mmus_3907, retro_mmus_3908, retro_mmus_3909, retro_mmus_3910, retro_mmus_3911, retro_mmus_3912, retro_mmus_3913, retro_mmus_3914, retro_mmus_3915, retro_mmus_3916, retro_mmus_3917, retro_mmus_3918, retro_mmus_3919, retro_mmus_3920, retro_mmus_3921, retro_mmus_3922, retro_mmus_3923, retro_mmus_3924, retro_mmus_3925, retro_mmus_3926, retro_mmus_3927, retro_mmus_3928, retro_mmus_3929, retro_mmus_3930, retro_mmus_3931, retro_mmus_3932, retro_mmus_3933, retro_mmus_3934, retro_mmus_3935, retro_mmus_3936, retro_mmus_3937, retro_mmus_3938, retro_mmus_3939, retro_mmus_3940, retro_mmus_3941, retro_mmus_3942, retro_mmus_3943, retro_mmus_3944, retro_mmus_3945, retro_mmus_3946, retro_mmus_3947, retro_mmus_3948, retro_mmus_3949, retro_mmus_3950, retro_mmus_3951, retro_mmus_3952, retro_mmus_3953, retro_mmus_3954, retro_mmus_3955, retro_mmus_3956, retro_mmus_3957, retro_mmus_3958, retro_mmus_3959, retro_mmus_3960, retro_mmus_3961, retro_mmus_3962, retro_mmus_3967, retro_mmus_3968, retro_mmus_3969, retro_mmus_3970, retro_mmus_3971, retro_mmus_3972, retro_mmus_3973, retro_mmus_3974, retro_mmus_3975, retro_mmus_3976, retro_mmus_3977, retro_mmus_3978, retro_mmus_3979, retro_mmus_3980, retro_mmus_3981, retro_mmus_3982, retro_mmus_3983, retro_mmus_3984, retro_mmus_3985, retro_mmus_3986, retro_mmus_3987, retro_mmus_3988, retro_mmus_3989, retro_mmus_3990, retro_mmus_3991, retro_mmus_3992, retro_mmus_3993, retro_mmus_3994, retro_mmus_3995, retro_mmus_3996, retro_mmus_3997, retro_mmus_3998, retro_mmus_3999, retro_mmus_4000, retro_mmus_4001, retro_mmus_4002, retro_mmus_4003, retro_mmus_4004, retro_mmus_4005, retro_mmus_4006, retro_mmus_4007, retro_mmus_4008, retro_mmus_4009, retro_mmus_4010, retro_mmus_4011, retro_mmus_4012, retro_mmus_4013, retro_mmus_4014, retro_mmus_4015, retro_mmus_4016, retro_mmus_4017, retro_mmus_4018, retro_mmus_4019, retro_mmus_4020, retro_mmus_4021, retro_mmus_4022, retro_mmus_4023, retro_mmus_4024, retro_mmus_4025, retro_mmus_4026, retro_mmus_4027, retro_mmus_4028, retro_mmus_4029, retro_mmus_4030, retro_mmus_4031, retro_mmus_4032, retro_mmus_4033, retro_mmus_4034, retro_mmus_4035, retro_mmus_4036, retro_mmus_4037, retro_mmus_4038, retro_mmus_4039, retro_mmus_4040, retro_mmus_4041, retro_mmus_4042, retro_mmus_4043, retro_mmus_4044, retro_mmus_4045, retro_mmus_4046, retro_mmus_4047, retro_mmus_4048, retro_mmus_4049, retro_mmus_4050, retro_mmus_4051, retro_mmus_4052, retro_mmus_4053, retro_mmus_4054, retro_mmus_4055, retro_mmus_4056, retro_mmus_4057, retro_mmus_4058, retro_mmus_4059, retro_mmus_4060, retro_mmus_4061, retro_mmus_4062, retro_mmus_4063, retro_mmus_4064, retro_mmus_4065, retro_mmus_4066, retro_mmus_4067, retro_mmus_4068, retro_mmus_4069, retro_mmus_4070, retro_mmus_4071, retro_mmus_4072, retro_mmus_4073, retro_mmus_4074, retro_mmus_4075, retro_mmus_4076, retro_mmus_4077, retro_mmus_4078, retro_mmus_4079, retro_mmus_4080, retro_mmus_4081, retro_mmus_4082, retro_mmus_4083, retro_mmus_4084, retro_mmus_4085, retro_mmus_4086, retro_mmus_4087, retro_mmus_4088, retro_mmus_4089, retro_mmus_4090, retro_mmus_4091, retro_mmus_4092, retro_mmus_4093, retro_mmus_4094, retro_mmus_4095, retro_mmus_4096, retro_mmus_4097, retro_mmus_4098, retro_mmus_4099, retro_mmus_4100, retro_mmus_4101, retro_mmus_4102, retro_mmus_4103, retro_mmus_4104, retro_mmus_4105, retro_mmus_4106, retro_mmus_4107, retro_mmus_4108, retro_mmus_4109, retro_mmus_4110, retro_mmus_4111, retro_mmus_4112, retro_mmus_4113, retro_mmus_4114, retro_mmus_4115, retro_mmus_4116, retro_mmus_4117, retro_mmus_4118, retro_mmus_4119, retro_mmus_4120, retro_mmus_4121, retro_mmus_4122, retro_mmus_4123, retro_mmus_4124, retro_mmus_4125, retro_mmus_4126, retro_mmus_4127, retro_mmus_4128, retro_mmus_4129, retro_mmus_4130, retro_mmus_4131, retro_mmus_4132, retro_mmus_4133, retro_mmus_4134, retro_mmus_4135, retro_mmus_4136, retro_mmus_4137, retro_mmus_4138, retro_mmus_4139, retro_mmus_4140, retro_mmus_4141, retro_mmus_4142, retro_mmus_4143, retro_mmus_4144, retro_mmus_4145, retro_mmus_4146, retro_mmus_4147, retro_mmus_4148, retro_mmus_4149, retro_mmus_4150, retro_mmus_4151, retro_mmus_4152, retro_mmus_4153, retro_mmus_4154, retro_mmus_4155, retro_mmus_4156, retro_mmus_4157, retro_mmus_4158, retro_mmus_4159, retro_mmus_4160, retro_mmus_4161, retro_mmus_4162, retro_mmus_4163, retro_mmus_4164, retro_mmus_4165, retro_mmus_4166, retro_mmus_4167, retro_mmus_4168, retro_mmus_4169, retro_mmus_4170, retro_mmus_4171, retro_mmus_4172, retro_mmus_4173, retro_mmus_4174, retro_mmus_4175, retro_mmus_4176, retro_mmus_4177, retro_mmus_4178, retro_mmus_4179, retro_mmus_4180, retro_mmus_4181, retro_mmus_4182, retro_mmus_4183, retro_mmus_4184, retro_mmus_4185, retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



Copyright © RetrogeneDB 2014-2017