RetrogeneDB ID:

retro_cjac_2995

Retrocopy
location
Organism:Marmoset (Callithrix jacchus)
Coordinates:7:80819989..80820261(-)
Located in intron of:ENSCJAG00000020964
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSCJAG00000018026
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_cjac_2995
ATTAAACGGCTCACCCACCATCTGCTGAGCTCGCATGTGTAGGGGTTGGAGCCCTATGGCTTCCCCCTGCACCTCTAGGC
TACCGAGGTCCGCATCTGCCCCGTGGAGTTCAACCCCCAATTCATGGCGCCTATGATACCCAAAGTGGAATGGACGGCGT
TCCTGGAGGTGGCTGATAACTTGCAACTGATCCAGGTGCCTAAAGGGCTGGTTAAGGGTACAAGGAGAATGAAGACTTTC
TGAGGACCATGCACCACTTGCTGCTGGAGGTG

ORF - retro_cjac_2995 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 73.91 %
Parental protein coverage: 72.8 %
Number of stop codons detected: 2
Number of frameshifts detected 1


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalMKLLTHNLLSSHVRGVGPRGYPLRLQATEVRICPVEFNREFVARMIPKVEWAAFLEAADNLRLMQVPKGP
.K.LTH.LLSSHV.G..P.G.PL.L.ATEVRICPVEFN..F.A.MIPKVEW.AFLE.ADNL.L.QVPKG.
RetrocopyIKRLTHHLLSSHV*GLEPYGFPLHL*ATEVRICPVEFNPQFMAPMIPKVEWTAFLEVADNLQLIQVPKGL
ParentalVE-GYEENEEFLKTMHHLLLEV
V..GY.ENE.FL.TMHHLLLEV
RetrocopyVK<GYKENEDFLRTMHHLLLEV

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP051959_colon 0 .24 RPM 7 .97 RPM
SRP051959_heart 0 .07 RPM 10 .61 RPM
SRP051959_kidney 0 .04 RPM 13 .56 RPM
SRP051959_liver 0 .04 RPM 21 .86 RPM
SRP051959_lung 0 .16 RPM 13 .16 RPM
SRP051959_lymph_node 0 .02 RPM 13 .99 RPM
SRP051959_skeletal_muscle 0 .15 RPM 22 .97 RPM
SRP051959_spleen 0 .17 RPM 14 .10 RPM
Callithrix jacchus was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_cjac_2995 retrocopy.
Callithrix jacchus was not studied using FANTOM5 data.
retro_cjac_2995 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_cjac_2995 has 0 orthologous retrocopies within eutheria group .


Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG00000018026 1 retrocopy
retro_cjac_2995 ,
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, retro_mmus_3834, retro_mmus_3835, retro_mmus_3836, retro_mmus_3837, retro_mmus_3838, retro_mmus_3839, retro_mmus_3840, retro_mmus_3841, retro_mmus_3842, retro_mmus_3843, retro_mmus_3844, retro_mmus_3845, retro_mmus_3846, retro_mmus_3847, retro_mmus_3848, retro_mmus_3849, retro_mmus_3850, retro_mmus_3851, retro_mmus_3852, retro_mmus_3853, retro_mmus_3854, retro_mmus_3855, retro_mmus_3856, retro_mmus_3857, retro_mmus_3858, retro_mmus_3859, retro_mmus_3860, retro_mmus_3861, retro_mmus_3862, retro_mmus_3863, retro_mmus_3864, retro_mmus_3865, retro_mmus_3866, retro_mmus_3867, retro_mmus_3868, retro_mmus_3869, retro_mmus_3870, retro_mmus_3871, retro_mmus_3872, retro_mmus_3873, retro_mmus_3874, retro_mmus_3875, retro_mmus_3876, retro_mmus_3877, retro_mmus_3878, retro_mmus_3879, retro_mmus_3880, retro_mmus_3881, retro_mmus_3882, retro_mmus_3883, retro_mmus_3884, retro_mmus_3885, retro_mmus_3886, retro_mmus_3887, retro_mmus_3888, retro_mmus_3889, retro_mmus_3890, retro_mmus_3891, retro_mmus_3892, retro_mmus_3893, retro_mmus_3894, retro_mmus_3895, retro_mmus_3896, retro_mmus_3897, retro_mmus_3898, retro_mmus_3899, retro_mmus_3900, retro_mmus_3901, retro_mmus_3902, retro_mmus_3903, retro_mmus_3904, retro_mmus_3905, retro_mmus_3906, retro_mmus_3907, retro_mmus_3908, retro_mmus_3909, retro_mmus_3910, retro_mmus_3911, retro_mmus_3912, retro_mmus_3913, retro_mmus_3914, retro_mmus_3915, retro_mmus_3916, retro_mmus_3917, retro_mmus_3918, retro_mmus_3919, retro_mmus_3920, retro_mmus_3921, retro_mmus_3922, retro_mmus_3923, retro_mmus_3924, retro_mmus_3925, retro_mmus_3926, retro_mmus_3927, retro_mmus_3928, retro_mmus_3929, retro_mmus_3930, retro_mmus_3931, retro_mmus_3932, retro_mmus_3933, retro_mmus_3934, retro_mmus_3935, retro_mmus_3936, retro_mmus_3937, retro_mmus_3938, retro_mmus_3939, retro_mmus_3940, retro_mmus_3941, retro_mmus_3942, retro_mmus_3943, retro_mmus_3944, retro_mmus_3945, retro_mmus_3946, retro_mmus_3947, retro_mmus_3948, retro_mmus_3949, retro_mmus_3950, retro_mmus_3951, retro_mmus_3952, retro_mmus_3953, retro_mmus_3954, retro_mmus_3955, retro_mmus_3956, retro_mmus_3957, retro_mmus_3958, retro_mmus_3959, retro_mmus_3960, retro_mmus_3961, retro_mmus_3962, retro_mmus_3967, retro_mmus_3968, retro_mmus_3969, retro_mmus_3970, retro_mmus_3971, retro_mmus_3972, retro_mmus_3973, retro_mmus_3974, retro_mmus_3975, retro_mmus_3976, retro_mmus_3977, retro_mmus_3978, retro_mmus_3979, retro_mmus_3980, retro_mmus_3981, retro_mmus_3982, retro_mmus_3983, retro_mmus_3984, retro_mmus_3985, retro_mmus_3986, retro_mmus_3987, retro_mmus_3988, retro_mmus_3989, retro_mmus_3990, retro_mmus_3991, retro_mmus_3992, retro_mmus_3993, retro_mmus_3994, retro_mmus_3995, retro_mmus_3996, retro_mmus_3997, retro_mmus_3998, retro_mmus_3999, retro_mmus_4000, retro_mmus_4001, retro_mmus_4002, retro_mmus_4003, retro_mmus_4004, retro_mmus_4005, retro_mmus_4006, retro_mmus_4007, retro_mmus_4008, retro_mmus_4009, retro_mmus_4010, retro_mmus_4011, retro_mmus_4012, retro_mmus_4013, retro_mmus_4014, retro_mmus_4015, retro_mmus_4016, retro_mmus_4017, retro_mmus_4018, retro_mmus_4019, retro_mmus_4020, retro_mmus_4021, retro_mmus_4022, retro_mmus_4023, retro_mmus_4024, retro_mmus_4025, retro_mmus_4026, retro_mmus_4027, retro_mmus_4028, retro_mmus_4029, retro_mmus_4030, retro_mmus_4031, retro_mmus_4032, retro_mmus_4033, retro_mmus_4034, retro_mmus_4035, retro_mmus_4036, retro_mmus_4037, retro_mmus_4038, retro_mmus_4039, retro_mmus_4040, retro_mmus_4041, retro_mmus_4042, retro_mmus_4043, retro_mmus_4044, retro_mmus_4045, retro_mmus_4046, retro_mmus_4047, retro_mmus_4048, retro_mmus_4049, retro_mmus_4050, retro_mmus_4051, retro_mmus_4052, retro_mmus_4053, retro_mmus_4054, retro_mmus_4055, retro_mmus_4056, retro_mmus_4057, retro_mmus_4058, retro_mmus_4059, retro_mmus_4060, retro_mmus_4061, retro_mmus_4062, retro_mmus_4063, retro_mmus_4064, retro_mmus_4065, retro_mmus_4066, retro_mmus_4067, retro_mmus_4068, retro_mmus_4069, retro_mmus_4070, retro_mmus_4071, retro_mmus_4072, retro_mmus_4073, retro_mmus_4074, retro_mmus_4075, retro_mmus_4076, retro_mmus_4077, retro_mmus_4078, retro_mmus_4079, retro_mmus_4080, retro_mmus_4081, retro_mmus_4082, retro_mmus_4083, retro_mmus_4084, retro_mmus_4085, retro_mmus_4086, retro_mmus_4087, retro_mmus_4088, retro_mmus_4089, retro_mmus_4090, retro_mmus_4091, retro_mmus_4092, retro_mmus_4093, retro_mmus_4094, retro_mmus_4095, retro_mmus_4096, retro_mmus_4097, retro_mmus_4098, retro_mmus_4099, retro_mmus_4100, retro_mmus_4101, retro_mmus_4102, retro_mmus_4103, retro_mmus_4104, retro_mmus_4105, retro_mmus_4106, retro_mmus_4107, retro_mmus_4108, retro_mmus_4109, retro_mmus_4110, retro_mmus_4111, retro_mmus_4112, retro_mmus_4113, retro_mmus_4114, retro_mmus_4115, retro_mmus_4116, retro_mmus_4117, retro_mmus_4118, retro_mmus_4119, retro_mmus_4120, retro_mmus_4121, retro_mmus_4122, retro_mmus_4123, retro_mmus_4124, retro_mmus_4125, retro_mmus_4126, retro_mmus_4127, retro_mmus_4128, retro_mmus_4129, retro_mmus_4130, retro_mmus_4131, retro_mmus_4132, retro_mmus_4133, retro_mmus_4134, retro_mmus_4135, retro_mmus_4136, retro_mmus_4137, retro_mmus_4138, retro_mmus_4139, retro_mmus_4140, retro_mmus_4141, retro_mmus_4142, retro_mmus_4143, retro_mmus_4144, retro_mmus_4145, retro_mmus_4146, retro_mmus_4147, retro_mmus_4148, retro_mmus_4149, retro_mmus_4150, retro_mmus_4151, retro_mmus_4152, retro_mmus_4153, retro_mmus_4154, retro_mmus_4155, retro_mmus_4156, retro_mmus_4157, retro_mmus_4158, retro_mmus_4159, retro_mmus_4160, retro_mmus_4161, retro_mmus_4162, retro_mmus_4163, retro_mmus_4164, retro_mmus_4165, retro_mmus_4166, retro_mmus_4167, retro_mmus_4168, retro_mmus_4169, retro_mmus_4170, retro_mmus_4171, retro_mmus_4172, retro_mmus_4173, retro_mmus_4174, retro_mmus_4175, retro_mmus_4176, retro_mmus_4177, retro_mmus_4178, retro_mmus_4179, retro_mmus_4180, retro_mmus_4181, retro_mmus_4182, retro_mmus_4183, retro_mmus_4184, retro_mmus_4185, retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



Copyright © RetrogeneDB 2014-2017