RetrogeneDB ID:

retro_ggor_2157

Retrocopy
location
Organism:Gorilla (Gorilla gorilla)
Coordinates:5:20823470..20823828(+)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:TRMT112
Ensembl ID:ENSGGOG00000001334
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_ggor_2157
AATCTACTGAGCTCGCATGTGTTGGGGGTGGGACCCGTGGCTTCCCCCTGTGCCTCCAGGCCACCGAGGTCTGCATCTGC
CCTGTGGAGTTCAACCCCCACTTCATGGCGGCGCCTATGATACCCAAGGTGGAGTGGGCGGTGTTCCTGGAGGTGGCTGA
TAACTTGCACCTGATCCAGGTGCTAAAGGGCCGGTTGAGGGATATGAGGAGAATGAAGAGTTTCTGAGGACCATGCACCT
CCTGCTGCTGGAGGTGGAAGTGATGGGGGGCACCTTGCAGTGCCCAGAGTCTGGACATATGTTCTCAATCAGCCACAGGA
TCCCCAACATGCTGCTGAGTGAAGAGGAAACTGAGAGT

ORF - retro_ggor_2157 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 81.97 %
Parental protein coverage: 95.2 %
Number of stop codons detected: 0
Number of frameshifts detected 2


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalNLLSSHVRGVG-SRGFPLRLQATEVRICPVEFNPNFVAR-MIPKVEWSAFLEAADNLRLIQV-PKGPVEG
NLLSSHV.GVG..RGFPL.LQATEV.ICPVEFNP.F.A..MIPKVEW..FLE.ADNL.LIQV..KGPVEG
RetrocopyNLLSSHVLGVG<TRGFPLCLQATEVCICPVEFNPHFMAAPMIPKVEWAVFLEVADNLHLIQV<AKGPVEG
ParentalYEENEEFLRTMHHLLLEVEVIEGTLQCPESGRMFPISRGIPNMLLSEEETES
YEENEEFLRTMH.LLLEVEV..GTLQCPESG.MF.IS..IPNMLLSEEETES
RetrocopyYEENEEFLRTMHLLLLEVEVMGGTLQCPESGHMFSISHRIPNMLLSEEETES

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP007412_brain_prefrontal_cortex 0 .05 RPM 41 .77 RPM
SRP007412_cerebellum 0 .00 RPM 31 .72 RPM
SRP007412_heart 0 .00 RPM 28 .14 RPM
SRP007412_kidney 0 .00 RPM 54 .83 RPM
SRP007412_liver 0 .00 RPM 41 .78 RPM
SRP007412_testis 0 .10 RPM 56 .57 RPM
Gorilla gorilla was not studied using ChIP-Seq data.
Gorilla gorilla was not studied using EST data.
Gorilla gorilla was not studied using FANTOM5 data.
retro_ggor_2157 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_ggor_2157 has 3 orthologous retrocopies within eutheria group .

Species RetrogeneDB ID
Homo sapiens retro_hsap_1853
Pongo abelii retro_pabe_1510
Macaca mulatta retro_mmul_1267

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG00000001334 3 retrocopies
retro_ggor_1669, retro_ggor_2157 , retro_ggor_2867,
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, 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retro_mmus_3834, retro_mmus_3835, retro_mmus_3836, retro_mmus_3837, retro_mmus_3838, retro_mmus_3839, retro_mmus_3840, retro_mmus_3841, retro_mmus_3842, retro_mmus_3843, retro_mmus_3844, retro_mmus_3845, retro_mmus_3846, retro_mmus_3847, retro_mmus_3848, retro_mmus_3849, retro_mmus_3850, retro_mmus_3851, retro_mmus_3852, retro_mmus_3853, retro_mmus_3854, retro_mmus_3855, retro_mmus_3856, retro_mmus_3857, retro_mmus_3858, retro_mmus_3859, retro_mmus_3860, retro_mmus_3861, retro_mmus_3862, retro_mmus_3863, retro_mmus_3864, retro_mmus_3865, retro_mmus_3866, retro_mmus_3867, retro_mmus_3868, retro_mmus_3869, retro_mmus_3870, retro_mmus_3871, retro_mmus_3872, retro_mmus_3873, retro_mmus_3874, retro_mmus_3875, retro_mmus_3876, retro_mmus_3877, retro_mmus_3878, retro_mmus_3879, retro_mmus_3880, retro_mmus_3881, retro_mmus_3882, retro_mmus_3883, retro_mmus_3884, retro_mmus_3885, retro_mmus_3886, retro_mmus_3887, retro_mmus_3888, retro_mmus_3889, retro_mmus_3890, retro_mmus_3891, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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