RetrogeneDB ID:

retro_mmus_3816

Retrocopy
location
Organism:Mouse (Mus musculus)
Coordinates:Y:39574614..39574987(+)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:Trmt112
Ensembl ID:ENSMUSG00000038812
Aliases:Trmt112, 0610038D11Rik, Trm112p
Description:tRNA methyltransferase 11-2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1914924]


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_mmus_3816
ATGAAACTGCTCACCTACAATCTCCTAAGCTCAAATGTGTAGGGCTTGGGCATGCATGACTTCCATCTGTGCCTGCAGGC
CACTGAAATCTGCATCAACTATGTGGAGATCTACCCTGACTTCCTGGCACAGATGCTCCCCAAAATGAAGTGGGAAGTGA
TTGTGCTGGGAGCAGACACCTCAATCTTGGCTGAGGTACTTAAAGATCCAACTGAAAGCTATTAACAGGATGAAACGTTT
TTGAGGAAGATGTACCCACATGTGGCTTGAGATTGATGTATTGGATGGTACCCTGCAATACTCAGAATCTGGACATCTCT
TCCCTATAAGCTGCAGGATCCCCAATATGGTGTTGAATGATGAGGATACAGAG

ORF - retro_mmus_3816 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 64. %
Parental protein coverage: 99.2 %
Number of stop codons detected: 2
Number of frameshifts detected 1


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalMKLLTHNLLSSHVRGVGTRGFPLRLQATEVRINPVEFNPEFVARMIPKVEWAALVQAADTLNLAEVPKEP
MKLLT.NLLSS.V.G.G...F.L.LQATE..IN.VE..P.F.A.M.PK..W...V..ADT..LAEV.K.P
RetrocopyMKLLTYNLLSSNV*GLGMHDFHLCLQATEICINYVEIYPDFLAQMLPKMKWEVIVLGADTSILAEVLKDP
ParentalTEGYEHDETFLRKMH-HVLLEVDVLEGTLQCPESGRLFPISRGIPNMLLNDEETE
TE.Y..DETFLRKM..H..LE.DVL.GTLQ..ESG.LFPIS..IPNM.LNDE.TE
RetrocopyTESY*QDETFLRKMY>HMWLEIDVLDGTLQYSESGHLFPISCRIPNMVLNDEDTE

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP007412_brain 0 .00 RPM 3 .81 RPM
SRP007412_cerebellum 0 .00 RPM 3 .65 RPM
SRP007412_heart 0 .00 RPM 4 .26 RPM
SRP007412_kidney 0 .00 RPM 5 .45 RPM
SRP007412_liver 0 .00 RPM 6 .06 RPM
SRP007412_testis 0 .00 RPM 4 .03 RPM
RNA Polymerase II actvity near the 5' end of retro_mmus_3816 was not detected
No EST(s) were mapped for retro_mmus_3816 retrocopy.
No TSS is located nearby retro_mmus_3816 retrocopy 5' end.
retro_mmus_3816 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_mmus_3816 has 0 orthologous retrocopies within eutheria group .


Parental genes homology:
Parental genes homology involve 16 parental genes, and 501 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812 468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816 , retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, retro_mmus_3834, retro_mmus_3835, retro_mmus_3836, retro_mmus_3837, retro_mmus_3838, retro_mmus_3839, retro_mmus_3840, retro_mmus_3841, retro_mmus_3842, retro_mmus_3843, retro_mmus_3844, retro_mmus_3845, retro_mmus_3846, retro_mmus_3847, retro_mmus_3848, retro_mmus_3849, retro_mmus_3850, retro_mmus_3851, retro_mmus_3852, retro_mmus_3853, retro_mmus_3854, retro_mmus_3855, retro_mmus_3856, retro_mmus_3857, retro_mmus_3858, retro_mmus_3859, retro_mmus_3860, retro_mmus_3861, retro_mmus_3862, retro_mmus_3863, retro_mmus_3864, retro_mmus_3865, retro_mmus_3866, retro_mmus_3867, retro_mmus_3868, retro_mmus_3869, retro_mmus_3870, retro_mmus_3871, retro_mmus_3872, retro_mmus_3873, retro_mmus_3874, retro_mmus_3875, retro_mmus_3876, retro_mmus_3877, retro_mmus_3878, retro_mmus_3879, retro_mmus_3880, retro_mmus_3881, retro_mmus_3882, retro_mmus_3883, retro_mmus_3884, retro_mmus_3885, retro_mmus_3886, retro_mmus_3887, retro_mmus_3888, retro_mmus_3889, retro_mmus_3890, retro_mmus_3891, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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