RetrogeneDB ID:

retro_sscr_376

Retrocopy
location
Organism:Pig (Sus scrofa)
Coordinates:13:88481156..88481412(-)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSSSCG00000013029
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_sscr_376
ATGGAACTTCTTCCCCACAACCTGCTGACCTCATGTGTGTGGAGAGTGGAGCCCATGGCTTCTCCCCTCACCTCCAGGCC
ACCAAAGTCTGCACTGGCCCTGAAGAGTTCAACCCCAACGTGGTGGCACATATGATACCTAAGGTGGGATAGGCAGCCCT
TCTGGAGGAGGCTGGTACCCTGCATCTGACTGAGGCACCCCAAGAGCCAATTCATATTGTGAGTGTGATGAAAAATTTCT
GAGGAAGATGCACCAC

ORF - retro_sscr_376 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 62.5 %
Parental protein coverage: 68.8 %
Number of stop codons detected: 1
Number of frameshifts detected 2


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalMKLLTHNLLSSHVRGV-GTRGFPLRLQATEVRINPVEFNPDFVARMIPKVEWAALLEAADTLHLVEVPKE
M.LL.HNLL.S.V..V.G..GF...LQAT.V...P.EFNP..VA.MIPKV..AALLE.A.TLHL.E.P.E
RetrocopyMELLPHNLLTSCVWRV<GAHGFSPHLQATKVCTGPEEFNPNVVAHMIPKVG*AALLEEAGTLHLTEAPQE
ParentalPI-QGYEHDETFLRKMHH
PI....E.DE.FLRKMHH
RetrocopyPI<SYCECDEKFLRKMHH

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP014902_placenta 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP014902_testis 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP018288_heart 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP018288_kidney 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP018288_liver 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP018288_lung 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP018856_adipose 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP035408_brain 0 .00 RPM 0 .00 RPM
SRP035408_liver 0 .00 RPM 0 .00 RPM
Sus scrofa was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_sscr_376 retrocopy.
Sus scrofa was not studied using FANTOM5 data.
retro_sscr_376 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_sscr_376 has 2 orthologous retrocopies within eutheria group .

Species RetrogeneDB ID
Homo sapiens retro_hsap_2847
Equus caballus retro_ecab_103

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 16 parental genes, and 501 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG00000013029 3 retrocopies
retro_sscr_216, retro_sscr_376 , retro_sscr_785,
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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