miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse :: Metazoa



kolor key:
 kingdom   phylum   subclass   order   family   genus   species 


Below is a taxonomy, according to NCBI, of species belonging to kingdom Metazoa. (Go to Viridiplantae.)
The values next to species name mean a number of miRNAs identified by miRNEST pipeline.
You can access the miRNAs by clicking a species name.



 Metazoa 
 Arthropoda 
 Ellipura 
 Collembola 
 Onychiuridae 
 Onychiurus 
 Onychiurus arcticus   2
 Sarsostraca 
 Anostraca 
 Artemiidae 
 Artemia 
 Artemia franciscana   2
 Eumalacostraca 
 Amphipoda 
 Gammaridae 
 Gammarus 
 Gammarus pulex   1
 Decapoda 
 Varunidae 
 Eriocheir 
 Eriocheir sinensis  (Chinese mitten crab, Chinese hairy crab) 7
 Penaeidae 
 Penaeus 
 Penaeus monodon  (black tiger shrimp, giant tiger prawn, tiger prawn) 6
 Litopenaeus 
 Litopenaeus vannamei  (Pacific white shrimp, white shrimp) 17
 Fenneropenaeus 
 Fenneropenaeus chinensis  (fleshy prawn) 2
 Nephropidae 
 Homarus 
 Homarus americanus  (American lobster) 10
 no_rank 
 Petrolisthes 
 Petrolisthes cinctipes  (flat porcelain crab) 15
 Portunidae 
 Carcinus 
 Carcinus maenas  (green crab, common shore crab) 8
 Callinectes 
 Callinectes sapidus  (blue crab) 3
 Phyllopoda 
 Diplostraca 
 Daphniidae 
 Daphnia 
 Daphnia magna   2
 Daphnia pulex  (common water flea) 20
 Copepoda 
 Calanoida 
 Calanidae 
 Calanus 
 Calanus finmarchicus   2
 Siphonostomatoida 
 Caligidae 
 Caligus 
 Caligus clemensi   5
 Caligus rogercresseyi   4
 Lepeophtheirus 
 Lepeophtheirus salmonis  (salmon louse) 15
 Pennellidae 
 Lernaeocera 
 Lernaeocera branchialis   2
 Neoptera 
 Hemiptera 
 Aphididae 
 Aphis 
 Aphis gossypii  (cotton aphid, melon aphid) 22
 Myzus 
 Myzus persicae  (green peach aphid, peach-potato aphid) 5
 Acyrthosiphon 
 Acyrthosiphon pisum  (pea aphid) 15
 Reduviidae 
 Rhodnius 
 Rhodnius prolixus   1
 Delphacidae 
 Peregrinus 
 Peregrinus maidis  (corn hopper) 5
 Nilaparvata 
 Nilaparvata lugens  (brown planthopper) 10
 Hymenoptera 
 Apidae 
 Bombus 
 Bombus terrestris   1
 Apis 
 Apis mellifera  (honey bee, bee, honeybee) 8
 Formicidae 
 Solenopsis 
 Solenopsis invicta  (red fire ant, imported red fire ant, red imported fire ant) 9
 Pteromalidae 
 Nasonia 
 Nasonia vitripennis  (jewel wasp) 6
 Nasonia giraulti   1
 Coleoptera 
 Curculionidae 
 Dendroctonus 
 Dendroctonus ponderosae  (mountain pine beetle) 3
 Tenebrionidae 
 Tribolium 
 Tribolium castaneum  (red flour beetle, rust-red flour beetle) 6

 Thysanoptera 
 Thripidae 
 Frankliniella 
 Frankliniella occidentalis  (western flower thrips) 1
 Lepidoptera 
 Papilionidae 
 Papilio 
 Papilio xuthus   1
 Noctuidae 
 Spodoptera 
 Spodoptera littoralis   3
 Spodoptera frugiperda  (fall armyworm) 5
 Heliothis 
 Heliothis virescens  (tobacco budworm) 7
 Trichoplusia 
 Trichoplusia ni  (cabbage looper) 1
 Nymphalidae 
 Bicyclus 
 Bicyclus anynana  (squinting bush brown) 6
 Danaus 
 Danaus plexippus  (monarch butterfly, American monarch) 4
 Tortricidae 
 Epiphyas 
 Epiphyas postvittana   2
 Choristoneura 
 Choristoneura fumiferana  (spruce budworm) 7
 Saturniidae 
 Antheraea 
 Antheraea assama  (Indian muga silkmoth) 4

 Bombycidae 
 Bombyx 
 Bombyx mori  (domestic silkworm, silk moth, silkworm) 61
 Crambidae 
 Ostrinia 
 Ostrinia nubilalis  (European corn borer) 4
 Orthoptera 
 Acrididae 
 Locusta 
 Locusta migratoria  (migratory locust) 3
 Gryllidae 
 Laupala 
 Laupala kohalensis   4
 Gryllus 
 Gryllus bimaculatus  (two-spotted cricket) 2
 Diptera 
 Calliphoridae 
 Cochliomyia 
 Cochliomyia hominivorax  (primary screw-worm) 4
 Drosophilidae 
 Drosophila 
 Drosophila pseudoobscura   5
 Drosophila auraria   7
 Drosophila grimshawi   3
 Drosophila willistoni   16
 Drosophila yakuba   2
 Drosophila ananassae   2
 Drosophila sechellia   6
 Drosophila erecta   3
 Drosophila virilis   7
 Drosophila melanogaster  (fruit fly) 29
 Drosophila mojavensis   7
 Drosophila simulans   3
 Psychodidae 
 Lutzomyia 
 Lutzomyia longipalpis   9
 Phlebotomus 
 Phlebotomus papatasi   7
 Diopsidae 
 Teleopsis 
 Teleopsis dalmanni   5
 Tephritidae 
 Ceratitis 
 Ceratitis capitata  (Mediterranean fruit fly) 15

 Chironomidae 
 Polypedilum 
 Polypedilum vanderplanki  (sleeping chironomid) 2
 Culicidae 
 Culex 
 Culex quinquefasciatus  (southern house mosquito) 9
 Aedes 
 Aedes aegypti  (yellow fever mosquito) 10
 Anopheles 
 Anopheles gambiae  (African malaria mosquito) 22
 Anopheles stephensi  (Asian malaria mosquito) 6

 Acari 
 Ixodida 
 Ixodidae 
 Ixodes 
 Ixodes scapularis  (black-legged tick, blacklegged tick, deer tick, shoulder tick) 16
 Rhipicephalus 
 Rhipicephalus appendiculatus   2
 Rhipicephalus microplus  (southern cattle tick, cattle tick) 4
 Porifera 
 Ceractinomorpha 
 Haplosclerida 
 Niphatidae 
 Amphimedon 
 Amphimedon queenslandica   11
 Tetractinomorpha 
 Hadromerida 
 Suberitidae 
 Suberites 
 Suberites domuncula   2
 Homoscleromorpha 
 Homosclerophorida 
 Plakinidae 
 Oscarella 
 Oscarella carmela   3
 Onychophora 
 no_rank 
 no_rank 
 Peripatopsidae 
 Peripatopsis 
 Peripatopsis sedgwicki   2
 Annelida 
 Hirudinea 
 Rhynchobdellida 
 Glossiphoniidae 
 Helobdella 
 Helobdella robusta   30
 Oligochaeta 
 Haplotaxida 
 Tubificidae 
 Tubifex 
 Tubifex tubifex  (sludge worm) 8
 Lumbricidae 
 Lumbricus 
 Lumbricus rubellus  (humus earthworm) 7
 Polychaeta 
 Terebellida 
 Alvinellidae 
 Alvinella 
 Alvinella pompejana   27
 Nematoda 
 Chromadorea 
 Spirurida 
 Onchocercidae 
 Brugia 
 Brugia malayi  (agent of lymphatic filariasis) 5
 Onchocerca 
 Onchocerca volvulus   2
 Tylenchida 
 Heteroderidae 
 Heterodera 
 Heterodera glycines  (soybean cyst nematode) 1
 Globodera 
 Globodera rostochiensis   2
 Meloidogynidae 
 Meloidogyne 
 Meloidogyne chitwoodi   2
 Meloidogyne hapla   1
 Meloidogyne incognita  (southern root-knot nematode) 1
 Rhabditida 
 Strongyloididae 
 Strongyloides 
 Strongyloides stercoralis   1
 Strongyloides ratti   1
 Heligmonellidae 
 Nippostrongylus 
 Nippostrongylus brasiliensis   2
 Rhabditidae 
 Caenorhabditis 
 Caenorhabditis brenneri   2
 Caenorhabditis elegans  (nematode) 15
 Caenorhabditis japonica   2
 Caenorhabditis remanei   1
 Ancylostomatidae 
 Ancylostoma 
 Ancylostoma ceylanicum   1
 Ancylostoma caninum  (dog hookworm) 9
 Heterorhabditidae 
 Heterorhabditis 
 Heterorhabditis bacteriophora   4
 Ascaridida 
 Ascarididae 
 Ascaris 
 Ascaris suum  (pig roundworm) 4
 Diplogasterida 
 Neodiplogasteridae 
 Pristionchus 
 Pristionchus pacificus   6
 Enoplia 
 Trichocephalida 
 Trichinellidae 
 Trichinella 
 Trichinella spiralis   6
 Trichinella pseudospiralis   4
 Chaetognatha 
 no_rank 
 Phragmophora 
 Spadellidae 
 Spadella 
 Spadella cephaloptera   1
 Mollusca 
 Eogastropoda 
 Docoglossa 
 Lottiidae 
 Lottia 
 Lottia gigantea   9
 Gastropoda 
 Pulmonata 
 Planorbidae 
 Biomphalaria 
 Biomphalaria glabrata  (bloodfluke planorb) 11
 Lymnaeidae 
 Lymnaea 
 Lymnaea stagnalis  (great pond snail) 6
 Coleoidea 
 Sepiolida 
 Sepiolidae 
 Euprymna 
 Euprymna scolopes   18
 Pteriomorphia 
 Ostreoida 
 Ostreidae 
 Crassostrea 
 Crassostrea gigas  (Pacific oyster) 12
 Mytiloida 
 Mytilidae 
 Mytilus 
 Mytilus californianus  (California mussel) 10
 Orthogastropoda 
 Aplysiomorpha 
 Aplysiidae 
 Aplysia 
 Aplysia californica  (California sea hare) 43
 Chordata 
 Ascidiacea 
 Enterogona 
 Cionidae 
 Ciona 
 Ciona savignyi   2
 Ciona intestinalis   74
 Stolidobranchia 
 Pyuridae 
 Halocynthia 
 Halocynthia roretzi   5
 Molgulidae 
 Molgula 
 Molgula tectiformis   4
 Actinopterygii 
 Scorpaeniformes 
 Sebastidae 
 Sebastes 
 Sebastes rastrelliger  (grass rockfish) 7
 Sebastes caurinus  (copper rockfish) 9
 Anoplopomatidae 
 Anoplopoma 
 Anoplopoma fimbria   11
 Gadiformes 
 Gadidae 
 Gadus 
 Gadus morhua  (Atlantic cod) 49
 Cypriniformes 
 Cyprinidae 
 Rutilus 
 Rutilus rutilus  (roach minnow) 6
 Danio 
 Danio rerio  (zebrafish, leopard danio, zebra danio, zebra fish) 20
 Pimephales 
 Pimephales promelas  (fathead minnow) 17
 Cyprinus 
 Cyprinus carpio  (common carp, carp) 13
 Cobitidae 
 Misgurnus 
 Misgurnus anguillicaudatus  (oriental weatherfish, Japanese weatherfish, dojo loach, oriental weatherloach) 7
 Siluriformes 
 Ictaluridae 
 Ictalurus 
 Ictalurus punctatus  (channel catfish) 50
 Ictalurus furcatus  (blue catfish) 19
 Tetraodontiformes 
 Tetraodontidae 
 Takifugu 
 Takifugu rubripes  (torafugu, tiger puffer) 4
 Perciformes 
 Nototheniidae 
 Dissostichus 
 Dissostichus mawsoni  (Antarctic toothfish) 10
 Sparidae 
 Sparus 
 Sparus aurata  (gilthead seabream, gilthead bream, silver seabream) 25
 Cichlidae 
 Paralabidochromis 
 Paralabidochromis chilotes   4
 Oreochromis 
 Oreochromis niloticus  (Nile tilapia) 26
 Scombridae 
 Thunnus 
 Thunnus thynnus  (northern bluefin tuna, bluefin tuna) 5
 Latidae 
 Lates 
 Lates calcarifer  (barramundi perch, barramundi) 2
 Percidae 
 Perca 
 Perca flavescens  (yellow perch) 3
 Moronidae 
 Dicentrarchus 
 Dicentrarchus labrax  (European seabass, European sea bass) 20
 Osmeriformes 
 Osmeridae 
 Osmerus 
 Osmerus mordax  (rainbow smelt) 19
 Esociformes 
 Esocidae 
 Esox 
 Esox lucius  (northern pike) 13
 Gasterosteiformes 
 Gasterosteidae 
 Gasterosteus 
 Gasterosteus aculeatus  (three-spined stickleback, three spined stickleback) 42
 Salmoniformes 
 Salmonidae 
 Salmo 
 Salmo salar  (Atlantic salmon) 64
 Thymallus 
 Thymallus thymallus  (grayling) 6
 Oncorhynchus 
 Oncorhynchus nerka  (sockeye salmon) 5
 Oncorhynchus tshawytscha  (Chinook salmon, king salmon) 4
 Oncorhynchus mykiss  (rainbow trout) 46
 Salvelinus 
 Salvelinus fontinalis  (brook trout) 5
 Coregonus 
 Coregonus clupeaformis  (lake whitefish) 2
 Cyprinodontiformes 
 Fundulidae 
 Fundulus 
 Fundulus heteroclitus  (mummichog, Atlantic killifish, killifish) 23
 Poeciliidae 
 Poecilia 
 Poecilia reticulata  (guppy) 3
 Beloniformes 
 Adrianichthyidae 
 Oryzias 
 Oryzias latipes  (Japanese medaka, Japanese rice fish, medaka) 54
 Pleuronectiformes 
 Scophthalmidae 
 Psetta 
 Psetta maxima  (turbot) 3
 Cynoglossidae 
 Cynoglossus 
 Cynoglossus semilaevis  (tongue sole) 4
 Paralichthyidae 
 Paralichthys 
 Paralichthys olivaceus  (Japanese flounder, bastard halibut, false halibut, olive flounder) 3
 Pleuronectidae 
 Hippoglossus 
 Hippoglossus hippoglossus  (Atlantic halibut) 7
 Soleidae 
 Solea 
 Solea senegalensis  (Senegalese sole) 8
 Elasmobranchii 
 Torpediniformes 
 Torpedinidae 
 Torpedo 
 Torpedo californica  (Pacific electric ray) 3
 Rajiformes 
 Rajidae 
 Leucoraja 
 Leucoraja erinacea  (little skate) 3
 Squaliformes 
 Squalidae 
 Squalus 
 Squalus acanthias  (spiny dogfish) 8
 Mammalia 
 Perissodactyla 
 Equidae 
 Equus 
 Equus caballus  (horse, domestic horse, equine) 11
 Carnivora 

 Ursidae 
 Ursus 
 Ursus americanus  (American black bear) 12
 Rodentia 
 Muridae 
 Rattus 
 Rattus norvegicus  (Norway rat, brown rat, rat, rats) 160
 Mus 
 Mus musculus  (house mouse, mouse) 322

 Caviidae 
 Cavia 
 Cavia porcellus  (Domestic guinea pig, guinea pig) 20
 Diprotodontia 
 Macropodidae 
 Macropus 
 Macropus eugenii  (tammar wallaby) 8
 Phalangeridae 
 Trichosurus 
 Trichosurus vulpecula  (silver-gray brushtail possum, common brush-tailed possum) 45
 Lagomorpha 
 Leporidae 
 Oryctolagus 
 Oryctolagus cuniculus  (rabbit, European rabbit, Japanese white rabbit, domestic rabbit, rabbits) 10
 Primates 
 Hominidae 
 Pongo 
 Pongo abelii  (Sumatran orangutan, Orang-utan, Orangutan, orang utan) 48
 Homo 
 Homo sapiens  (human, man) 542

 Cercopithecidae 
 Macaca 
 Macaca nemestrina  (pig-tailed macaque, pigtail macaque, pigtail monkey) 25
 Macaca mulatta  (rhesus monkey, rhesus macaque, rhesus macaques, rhesus monkeys) 30
 Macaca fascicularis  (crab-eating macaque, crab eating macaque, cynomolgus monkey, cynomolgus monkeys, long-tailed macaque) 53
 Papio 
 Papio anubis  (Olive baboon, Doguera baboon, Kenya baboon, baboon) 34
 Amphibia 
 Anura 
 Pipidae 
 Xenopus 
 Xenopus laevis  (African clawed frog, clawed frog, common platanna, platanna) 73
 Ranidae 
 Rana 
 Rana catesbeiana  (bullfrog, bullfrogs) 14
 Caudata 
 Salamandridae 
 Cynops 
 Cynops pyrrhogaster  (Japanese firebelly newt, Japanese common newt) 3


 Aves 
 Galliformes 
 Phasianidae 
 Meleagris 
 Meleagris gallopavo  (turkey, common turkey, wild turkey) 5
 Gallus 
 Gallus gallus  (chicken, bantam, chickens) 120
 Passeriformes 
 Estrildidae 

 Taeniopygia 
 Taeniopygia guttata  (zebra finch) 30
 no_rank 
 Squamata 
 Iguanidae 
 Anolis 
 Anolis carolinensis  (green anole) 53
 Petromyzontiformes 
 Petromyzontidae 
 Petromyzon 
 Petromyzon marinus  (sea lamprey, marine lamprey) 26
 Myxiniformes 
 Myxinidae 
 Eptatretus 
 Eptatretus burgeri  (inshore hagfish) 2
 Rotifera 
 Monogononta 
 Ploimida 
 Brachionidae 
 Brachionus 
 Brachionus plicatilis   5
 Hemichordata 
 Enteropneusta 
 no_rank 
 no_rank 
 Petrolisthes 
 Petrolisthes cinctipes  (flat porcelain crab) 15
 Cnidaria 
 Hydrozoa 
 Hydroida 
 Hydridae 
 Hydra 
 Hydra vulgaris   7
 Campanulariidae 
 Clytia 
 Clytia hemisphaerica   1
 Hexacorallia 
 Scleractinia 
 Poritidae 
 Porites 
 Porites astreoides   2
 Acroporidae 
 Acropora 
 Acropora millepora   5
 Acropora palmata  (elkhorn coral) 9
 Faviidae 
 Montastraea 
 Montastraea faveolata   7
 Actiniaria 
 Edwardsiidae 
 Nematostella 
 Nematostella vectensis  (starlet sea anemone) 24
 Actiniidae 
 Anemonia 
 Anemonia viridis   10
 Metridiidae 
 Metridium 
 Metridium senile  (brown sea anemone, frilled sea anemone) 3
 Aiptasiidae 
 Aiptasia 
 Aiptasia pallida   2
 Platyhelminthes 
 Eucestoda 
 Cyclophyllidea 
 Taeniidae 
 Taenia 
 Taenia solium  (pork tapeworm, pig tapeworm) 6
 Digenea 
 Strigeidida 
 Schistosomatidae 
 Schistosoma 
 Schistosoma mansoni   19
 Schistosoma japonicum   10
 Turbellaria 
 Tricladida 
 Dugesiidae 
 Schmidtea 
 Schmidtea mediterranea  (freshwater planarian) 10
 Ctenophora 
 no_rank 
 Cydippida 
 Pleurobrachiidae 
 Pleurobrachia 
 Pleurobrachia pileus   3
 Lobata 
 Bolinopsidae 
 Mnemiopsis 
 Mnemiopsis leidyi   2
 Echinodermata 
 Asteroidea 
 Valvatida 
 Asterinidae 
 Patiria 
 Patiria pectinifera   3
 Euechinoidea 
 Echinoida 
 Echinidae 
 Paracentrotus 
 Paracentrotus lividus  (common urchin, common sea urchin) 17
 Strongylocentrotidae 
 Strongylocentrotus 
 Strongylocentrotus purpuratus  (purple sea urchin, purple urchin) 43



Go to top