miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse :: Viridiplantae



kolor key:
 kingdom   phylum   subclass   order   family   genus   species 


Below is a taxonomy, according to NCBI, of species belonging to kingdom Viridiplantae. (Go to Metazoa.)
The values next to species name mean a number of miRNAs identified by miRNEST pipeline.
You can access the miRNAs by clicking a species name. 


 Viridiplantae 
	 Chlorophyta 	
                 Chlorophyceae 
			 Chlamydomonadales 
				 Chlamydomonadaceae 
					 Chlamydomonas 
						 Chlamydomonas reinhardtii   11
				 Volvocaceae 
					 Volvox 
						 Volvox carteri   6
	 Streptophyta 
		 rosids  298
			 Vitales 
				 Vitaceae 
					 Vitis 
						 Vitis shuttleworthii  (calloose grape) 11
						 Vitis vinifera  (wine grape) 51
			 Fagales 
				 Juglandaceae 
					 Juglans 
						 Juglans hindsii x Juglans regia   8
				 Fagaceae 
					 Quercus 
						 Quercus robur  (English oak, pedunculate oak, truffle oak) 11
						 Quercus petraea  (sessile oak, durmast oak) 11
					 Fagus 
						 Fagus sylvatica  (European beech) 14
			 Fabales 
				 Fabaceae 
					 Vigna 
						 Vigna unguiculata  (cowpea) 43
					 Glycyrrhiza 
						 Glycyrrhiza uralensis  (Chinese licorice, gan zao) 18
					 Cajanus 
						 Cajanus cajan  (pigeon pea) 2
					 Glycine 
						 Glycine max  (soybean, soybeans) 140
						 Glycine soja  (wild soybean) 4
					 Lotus 
						 Lotus japonicus   35
					 Arachis 
						 Arachis ipaensis   18
						 Arachis hypogaea  (peanut, goober, ground-nut) 32
						 Arachis duranensis   42
					 Phaseolus 
						 Phaseolus acutifolius  (tepary bean) 22
						 Phaseolus vulgaris  (French bean, kidney bean, string bean) 21
						 Phaseolus coccineus  (scarlet runner bean) 4
					 Cicer 
						 Cicer arietinum  (chickpea, garbanzo) 2
					 Trifolium 
						 Trifolium pratense  (peavine clover, purple clover, red clover, rotklee) 21
					 Medicago 
						 Medicago sativa  (alfalfa, lucerne) 2
						 Medicago truncatula  (barrel medic) 92
					 Pisum 
						 Pisum sativum  (pea, garden pea, peas) 4
			 Malvales 
				 Malvaceae 
					 Theobroma 
						 Theobroma cacao  (cacao, cocoa) 29
					 Gossypium 
						 Gossypium hirsutum  (upland cotton, American cotton, cotton) 60
						 Gossypium arboreum  (tree cotton) 5
						 Gossypium raimondii   19
			
			 Sapindales 
				
				 Rutaceae 
					 Citrus 
						 Citrus aurantium  (Seville orange, bitter orange, sour orange) 7
						 Citrus reticulata  (mandarin orange, tangerine) 20
						 Citrus sinensis  (Valencia orange, apfelsine, naranja, navel orange, sweet orange) 61
						 Citrus unshiu  (Satsuma orange) 12
						 Citrus clementina   23
			 Malpighiales 
				 Linaceae 
					 Linum 
						 Linum usitatissimum  (flax) 9
				 Salicaceae 
					 Populus 
						 Populus x canadensis  (Canadian poplar, Carolina poplar) 8
						 Populus tremula x Populus alba  (gray poplar) 16
						 Populus trichocarpa x Populus nigra   9
						 Populus deltoides   5
						 Populus tremuloides  (quaking aspen) 3
						 Populus nigra  (Lombardy poplar, black poplar) 37
						 Populus euphratica   3
						 Populus tremula  (European aspen) 22
						 Populus trichocarpa  (black cottonwood, western balsam poplar) 58
						 Populus tremula x Populus tremuloides   32
						 Populus trichocarpa x Populus deltoides   27
				 Rhizophoraceae 
					 Bruguiera 
						 Bruguiera gymnorhiza  (Burma mangrove) 11
				 Euphorbiaceae 
					 Manihot 
						 Manihot esculenta  (cassava, manioc, tapioca, yuca) 43
					 Ricinus 
						 Ricinus communis  (castor bean) 9
					 Hevea 
						 Hevea brasiliensis  (Para rubber tree, jebe, rubbertree, siringa) 3
					 Euphorbia 
						 Euphorbia esula  (leafy spurge, wolf's milk) 38
					 Jatropha 
						 Jatropha curcas   5
			 Celastrales 
				 Celastraceae 
					 Euonymus 
						 Euonymus alatus  (burningbush, winged euonymus) 4
			 Rosales 
				 Cannabaceae 
					 Humulus 
						 Humulus lupulus  (European hop, common hop) 7
				 Rosaceae 
					 Fragaria 
						 Fragaria x ananassa  (strawberry) 1
						 Fragaria vesca  (European strawberry, alpine strawberry, wood strawberry) 10
					 Prunus 
						 Prunus persica  (peach) 26
						 Prunus armeniaca  (apricot) 3
			 Brassicales 
				 Brassicaceae 
					 Raphanus 
						 Raphanus raphanistrum  (jointed charlock, wild radish) 37
						 Raphanus sativus  (radish) 36
					 Thellungiella 
						 Thellungiella halophila   7
					 Brassica 
						 Brassica oleracea   38
						 Brassica napus  (rape, oilseed rape, rapeseeds) 95
						 Brassica rapa  (field mustard) 9
					 Arabidopsis 
						 Arabidopsis thaliana  (thale cress, mouse-ear cress, thale-cress) 268
				 Tropaeolaceae 
					 Tropaeolum 
						 Tropaeolum majus  (nasturtium) 2
				 Limnanthaceae 
					 Limnanthes 
						 Limnanthes alba  (white meadowfoam) 2
				 Caricaceae 
					 Carica 
						 Carica papaya  (papaya, mamon) 18
			 Myrtales 
				 Myrtaceae 
					 Eucalyptus 
						 Eucalyptus globulus  (blue gum) 7
						 Eucalyptus gunnii  (cider tree) 6
		 Liliopsida 
			 Asparagales 
				 Amaryllidaceae 
					 Allium 
						 Allium cepa  (onion) 3
			 Dioscoreales 
				 Dioscoreaceae 
					 Dioscorea 
						 Dioscorea alata  (Guyana arrowroot, greater yam, name-de-agua, ten-months yam, water yam, white yam, winged yam, yam) 10
		 Funariidae 
			 Funariales 
				 Funariaceae 
					 Physcomitrella 
						 Physcomitrella patens   44
		 Polypodiopsida 
			 Polypodiales 
				 Pteridaceae 
					 Adiantum 
						 Adiantum capillus-veneris  (maidenhair fern) 2
		 asterids  66
			 Ericales 
				 Actinidiaceae 
					 Actinidia 
						 Actinidia deliciosa  (Chinese gooseberry, kiwifruit) 13
						 Actinidia eriantha   1
						 Actinidia chinensis   5
			 Gentianales 
				 Apocynaceae 
					 Catharanthus 
						 Catharanthus roseus  (Madagascar periwinkle, chatas, chula, old-maid, rosy periwinkle) 2
				 Rubiaceae 
					 Coffea 
						 Coffea canephora  (robusta coffee) 12
			 Lamiales 
				 Lamiaceae 
					 Ocimum 
						 Ocimum basilicum  (sweet basil, basil) 5
					 Salvia 
						 Salvia miltiorrhiza  (Chinese salvia, dan shen, redroot sage) 2
				 Orobanchaceae 
					 Striga 
						 Striga hermonthica  (purple witchweed) 2
					 Triphysaria 
						 Triphysaria pusilla   14
						 Triphysaria versicolor   2
				 Plantaginaceae 
					 Antirrhinum 
						 Antirrhinum majus  (snapdragon, garden snapdragon, snapdragon) 4
				 Oleaceae 
					 Fraxinus 
						 Fraxinus excelsior  (European ash) 4
				 Phrymaceae 
					 Mimulus 
						 Mimulus lewisii   8
						 Mimulus guttatus  (spotted monkey flower, common monkey flower, yellow monkey flower) 15
			 Solanales 
				 Convolvulaceae 
					 Ipomoea 
						 Ipomoea batatas  (sweet potato, batate) 7
						 Ipomoea nil  (Japanese morning glory, qian niu) 20
				 Solanaceae 
					 Capsicum 
						 Capsicum annuum   9
					
					 Nicotiana 
						 Nicotiana tabacum  (common tobacco, American tobacco, tobacco) 60
						 Nicotiana langsdorffii x Nicotiana sanderae   3
						 Nicotiana benthamiana   14
					 Solanum 
						 Solanum lycopersicum  (tomato) 22
						 Solanum tuberosum  (potato, potatoes) 50
						 Solanum habrochaites   2
						 Solanum torvum  (berenjena cimarrona, devil's fig, pea eggplant, pokak, turkey berry) 6
						 Solanum pennellii   1
						 Solanum melongena  (eggplant, aubergine, brinjal) 21
			 Asterales 
				 Asteraceae 
					 Guizotia 
						 Guizotia abyssinica  (Niger seed, niger, ramtil, ramtilla, werinnua) 11
					 Carthamus 
						 Carthamus tinctorius  (safflower) 17
					 Barnadesia 
						 Barnadesia spinosa   13
					 Lactuca 
						 Lactuca virosa   8
						 Lactuca sativa  (cultivated lettuce, garden lettuce) 27
						 Lactuca perennis  (blue lettuce) 10
						 Lactuca serriola  (prickly lettuce) 11
						 Lactuca saligna   8
					 Taraxacum 
						 Taraxacum officinale  (dandelion) 9
						 Taraxacum kok-saghyz   12
					 Helianthus 
						 Helianthus paradoxus   12
						 Helianthus ciliaris   13
						 Helianthus exilis   8
						 Helianthus tuberosus  (Jerusalem artichoke) 26
						 Helianthus annuus  (common sunflower) 32
						 Helianthus argophyllus   8
						 Helianthus petiolaris   11
					 Parthenium 
						 Parthenium argentatum   13
					 Cichorium 
						 Cichorium endivia   15
						 Cichorium intybus  (chicory, radicchio, succory, witloof) 23
					 Centaurea 
						 Centaurea solstitialis  (St. Barnaby's thistle, golden star thistle, yellow centaury) 22
						 Centaurea maculosa   25
					 Zinnia 
						 Zinnia violacea  (garden zinnia) 6
					 Gerbera 
						 Gerbera hybrid cultivar   4
					 Artemisia 
						 Artemisia annua  (sweet wormwood, sweet Annie) 43
			 Apiales 
				 Araliaceae 
					 Panax 
						 Panax ginseng  (Chinese ginseng, Korean ginseng, ginseng, hong shen, insam, ninjin, ren seng) 6
		 Coniferopsida 
			 Coniferales 
				 Pinaceae 
					 Pinus 
						 Pinus banksiana  (jack pine) 13
						 Pinus pinaster  (cluster pine, maritime pine) 5
						 Pinus taeda  (loblolly pine) 35
						 Pinus contorta  (lodgepole pine) 6
					
					 Picea 
						 Picea sitchensis  (Sitka spruce) 26
						 Picea engelmannii x Picea glauca   9
						 Picea abies  (Norway spruce) 1
						 Picea glauca  (white spruce) 55
				 Cupressaceae 
					 Cryptomeria 
						 Cryptomeria japonica  (Japanese cedar) 4
		 commelinids  246
			 Zingiberales 
				 Zingiberaceae 
					 Curcuma 
						 Curcuma longa  (turmeric) 7
					 Zingiber 
						 Zingiber officinale  (ginger) 10
				
			 Poales 
				 Poaceae 
					 Saccharum 
						 Saccharum officinarum  (noble cane, sugarcane) 126
						
					 Leymus 
						 Leymus cinereus x Leymus triticoides   40
					 Pseudoroegneria 
						 Pseudoroegneria spicata  (beardless wheatgrass) 33
					 Avena 
						 Avena barbata  (barbed oat, slender oat) 32
						 Avena sativa  (oat, cultivated oat) 6
					 Oryza 
						 Oryza sativa  (rice, red rice) 1160
					 Eragrostis 
						 Eragrostis curvula  (weeping love grass, Boer love grass) 4
					 Cenchrus 
						 Cenchrus ciliaris  (African foxtail grass, buffelgrass) 11
					 Agrostis 
						 Agrostis stolonifera  (creeping bent grass) 6
					 Cynodon 
						 Cynodon dactylon  (Bermuda grass) 15
					 Festuca 
						 Festuca arundinacea  (tall fescue) 30
						 Festuca pratensis  (meadow ryegrass) 24
					 Lolium 
						 Lolium perenne  (perennial ryegrass) 9
					 Zea 
						 Zea mays  (maize) 236
					 Brachypodium 
						 Brachypodium distachyon   90
					 Panicum 
						 Panicum virgatum  (switchgrass) 172
					 Triticum 
						 Triticum monococcum  (einkorn wheat, one-grained wheat, small spelt) 12
						 Triticum aestivum  (bread wheat, Canadian hard winter wheat, common wheat, wheat) 773
						
					 Sorghum 
						 Sorghum propinquum   3
						 Sorghum bicolor  (sorghum, broomcorn, milo) 57
					 Hordeum 
						 Hordeum vulgare  (barley) 305
			 Arecales 
				 Arecaceae 
					 Elaeis 
						 Elaeis guineensis  (African oil palm) 13
		 Cycadopsida 
			 Cycadales 
				 Cycadaceae 
					 Cycas 
						 Cycas rumphii   7
				 Zamiaceae 
					 Zamia 
						 Zamia vazquezii   5
		 Mesostigmatophyceae 
			 Mesostigmatales 
				 Mesostigmataceae 
					 Mesostigma 
						 Mesostigma viride   2
		 no_rank 
			 Ranunculales 
				 Papaveraceae 
					 Papaver 
						 Papaver somniferum  (opium poppy) 11
					 Eschscholzia 
						 Eschscholzia californica  (California poppy) 2
				 Ranunculaceae 
					 Aquilegia 
						 Aquilegia formosa x Aquilegia pubescens   24
			 Magnoliales 
				 Magnoliaceae 
					 Liriodendron 
						 Liriodendron tulipifera   3
			 Caryophyllales 
				 Tamaricaceae 
					 Tamarix 
						 Tamarix hispida   1
				 Aizoaceae 
					 Mesembryanthemum 
						 Mesembryanthemum crystallinum  (common iceplant) 16
				 Amaranthaceae 
					 Beta 
						 Beta vulgaris  (beet) 8
			 Amborellales 
				 Amborellaceae 
					 Amborella 
						 Amborella trichopoda   7
			 Nymphaeales 
				 Nymphaeaceae 
					 Nuphar 
						 Nuphar advena   5
			 Laurales 
				 Lauraceae 
					 Persea 
						 Persea americana  (avocado) 4
			 Piperales 
				 Aristolochiaceae 
					 Aristolochia 
						 Aristolochia fimbriata   3
					 Saruma 
						 Saruma henryi   5
		 Gnetopsida 
			 Welwitschiales 
				 Welwitschiaceae 
					 Welwitschia 
						 Welwitschia mirabilis   2
			 Gnetales 
				 Gnetaceae 
					 Gnetum 
						 Gnetum gnemon   3


Go to top