ABOUT THIS RECORDspecies: Lactuca serriola
miRNA family: MIRf1647
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Lactuca serriola Lactuca Lactucinae Cichorieae Cichorioideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCACCCATCGTCATCATCTC miRNA* ACTGATGATGATGGTATGGGAT mismatches: 5 bulges: 1 |
pre-miRNA
CGCCCCCAATTTCCACCCATCGTCATCATCTCAATCGAACCACATACTGGGAATACGGTTGACCAAATTAATCTATTTGACCTGATGCAAGGTCAAAGGA
GTATCTTTGATCCTTTCCCAGAAGCTGTTGACCTTAACCAGGGGTCCAATTCCAGCAATAATGCTAGTATGGATGAATCAGATGACTGGAACAACATGTT
ATCTCCAATTGAAAGACGATTGTTAAACAATGATCTTTCCAGTGACCTAAATTTCAGTTATGTGAATAATACAAATCTTCATCATAACTTTAGAAGTTTT
AGCAACTGGGATGTTGGAGAATCAAGCTCTAGAGCAACTTTACAAGATCATGTTTCTAACCATGACACAAGATCACAAGAACATCAACATAATCCATCAA
CAAATGTTGATTCATCATCATCCAATCATATTCCCATGAATGTAAATTTAAGCATTGGGTATGGAGGTTCCAACACTGATGATGATGGTATGGGATTTAT
GGAT
dot-bracket secondary structure
.....(((..(((((.((((((((((((........(((((.(((((((((((...((.....((((.((.(((.((((((((......)))))))))))
.))..))))..)).)))))....((((..((((((.....))))))......))))..((((((((((.(((((((....(((((.(((((((...))))
.(((((((((....)..(((((((....))))))).(((((((.....((((((((((((((((((...........)))).)))))))...))))))).
....))))))).)))))))).))).(((....)))..(((.....((((.(((.((.......)).))).))))..)))...((((((((..........
...))))))))))))).)))))))...((((((....))))))..)))..)))))))))))))..)))))......))))))))))))..)))))....)
))..
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
CGCCCCCAATTTCCACCCATCGTCATCATCTCAATCGAACCACATACTGGGAATACGGTTGACCAAATTAATCTATTTGACCTGATGCAAGGTCAAAGGA
GTATCTTTGATCCTTTCCCAGAAGCTGTTGACCTTAACCAGGGGTCCAATTCCAGCAATAATGCTAGTATGGATGAATCAGATGACTGGAACAACATGTT
ATCTCCAATTGAAAGACGATTGTTAAACAATGATCTTTCCAGTGACCTAAATTTCAGTTATGTGAATAATACAAATCTTCATCATAACTTTAGAAGTTTT
AGCAACTGGGATGTTGGAGAATCAAGCTCTAGAGCAACTTTACAAGATCATGTTTCTAACCATGACACAAGATCACAAGAACATCAACATAATCCATCAA
CAAATGTTGATTCATCATCATCCAATCATATTCCCATGAATGTAAATTTAAGCATTGGGTATGGAGGTTCCAACACTGATGATGATGGTATGGGATTTAT
GGAT
dot-bracket secondary structure
.....(((..(((((.((((((((((((........(((((.(((((((((((...((.....((((.((.(((.((((((((......)))))))))))
.))..))))..)).)))))....((((..((((((.....))))))......))))..((((((((((.(((((((....(((((.(((((((...))))
.(((((((((....)..(((((((....))))))).(((((((.....((((((((((((((((((...........)))).)))))))...))))))).
....))))))).)))))))).))).(((....)))..(((.....((((.(((.((.......)).))).))))..)))...((((((((..........
...))))))))))))).)))))))...((((((....))))))..)))..)))))))))))))..)))))......))))))))))))..)))))....)
))..
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
