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Species belonging to selected taxon:
Chlamydomonas reinhardtii
ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST039373
species:
Chlamydomonas reinhardtii
source:
miRBase, original name:
cre-MIR1173
(
MI0006232
)
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii
Chlamydomonas
Chlamydomonadaceae
Chlamydomonadales
Chlorophyceae
Chlorophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
ATGGTTGCAATAGAAATCATG
miRNA*
TGATTTCCATTGTAACCATAC
mismatches:
1
bulges:
0
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pre-miRNA
GTTTGGCCTGGTGTTTAATTTGCTTCCACACATTTGCAATGCCAGCAAATTGCGCATGCCAATGCATTTATAGGTTATTGCATACGCCCTGGATTGGCAG
CGTGAGTGAAAGTGTGCTGGGCTGCGTGCTACTGTAGATGAGTGGGTACTTGCGAAATGTATTGGCGGCCATTGT
ATGGTTGCAATAGAAATCATG
CAGG
GGATACTGTGAATTATATACCATGTACCATGTGCAATGTTTCAGATGTCCCTGCACTAGCAGGCATTCAGACATCCCAGCATCCCAGCGCTGGCAGGCAT
GCCTGAAACATTGCACATGGTACATAATTCACAGTATCCCCTTCA
TGATTTCCATTGTAACCATAC
AATGGCAGCCAATACATTTCTCAAGTACCCACTC
ATCTGTACAGCAGCACGCACCTTCACTCATGCTGCCAATCCAGGGCGTATGCTATAACCTATAAATGCTTTGGCATGCACAATTTGCTGGCATTACAACT
GTGTGGATGCAGATTAACTTGTAACCACAAAC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase
no hits
PMRD
cre-miR1173
:
0
microPC
no hits
UniProt
no hits
RFAM
no hits
Identical with:
cre-miR1173
from PMRD (
MNEST048469
)
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
additional data
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evidence:
cloned
references
[
1
] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC,
Nature. 447:1126-1129(2007).
,
"miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"