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Species belonging to selected taxon:

Brassica napus, Brassica oleracea var. alboglabra, Brassica rapa, Raphanus raphanistrum, Raphanus raphanistrum subsp. landra, Raphanus raphanistrum subsp. maritimus, Raphanus sativus, Raphanus sativus var. oleiformis, Thellungiella halophila, Arabidopsis thaliana, Brassica oleracea



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST040165
species: Arabidopsis thaliana
miRNA family: MIR841
source: miRBase, original name: ath-MIR841b (MI0014669)

Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
 TACGAGCCACTGGAAACTGAA

miRNA*
 CAATTTCTAGTGGGTCGTATT

mismatches: 2
bulges: 0
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pre-miRNA
 TCCTCATCTCCTCTAACCGCCAACTGCAAATGCCTTGGAGTTATCCTCTTCACTTTCAAATCCTTGTTAGTGTTTTCGGCCAACTGAAGAACCTCAGTAG
TTAGGCATTCAAGGATTGAAGTCGTGTAGACAACATCAGTCGCACCAACAGTACCATGTGCAGAAACTCTGGTCTTAAGTTGCTTGTGAATACGAGCCAC
TGGAAACTGAAAGAAACAAAGAAACAATATCAGTATAAAATTTCATCAAATTAGACTACAAAAAATGAAATTTCTTTGTTTATTTCAATTTCTAGTGGGT
CGTATTCACATACAACTCAAGACTAGAGTATCTACAACATGGTCTACTTGGTGCTATTGTTGTTGACTACACGCCTTCAATCCTAAAGTGCCTAATTTCA
TAGGTTATTGAGTTACTTAGAAACACAAGCAATGATAAGAAAATGAAGAGGATTACTCCAATGCATTGATAGTTGGTGATCGCAGGAGATAAGGA

dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase ath-MIR841: 5e-99

PMRD ath-miR841: 5e-99

microPC no hits		UniProt sp|Q9T0H7|H2A8_ARATH: 2e-26

RFAM no hits

Identical with: ath-miRf11103-akr from PMRD (MNEST048203)

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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: Solexa

references
[1] Fahlgren N, Jogdeo S, Kasschau KD, Sullivan CM, Chapman EJ, Laubinger S, Smith LM, Dasenko M, Givan SA, Weigel D, Carrington JC, Plant Cell. 22:1074-1089(2010)., "MicroRNA gene evolution in Arabidopsis lyrata and Arabidopsis thaliana"



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