ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica oleracea
miRNA family: MIR824
source: miRBase, original name: bol-MIR824 (MI0006438)
Taxonomy by NCBI:
Brassica oleracea Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGACCATTTGTGAGAAGGGA miRNA* CCTTCTCATCGATGGTCTAGA mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
CCTCGAGTTGTCTTTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGATTTTTTGTTTGCACCGTTCACCCCACTTTCAATCTGTAGTGAGTATTAAGGAAAATAG
CTTGTTCAACATATCACACTACTCTTTTAGAAACAATACTATATTTTAGATGCTTTTCCAGCTTGATATACGTTGTTTTGTTATGTATATCTGTATTATC
CCGGCTACCAAAACGTTAAGAAATAAGGTGAACATCCTAAAACCTGCATCCAATTAGAAAGGTCTAGGTCACAGATATTACTTGTTATCTCTTGATTAAG
CTATTTTATTTCTATCAGCATGATCAGATCATTCAGGAGTTAAGTATAAACTAAAATACATTAAGTCCATTCATGACATTTCTGGATGCTGCATACATAA
TATTTTCCTTGTTTTTGGACTATGCCACACTTCGGACAGACATTTTGCCTAAGAGATGTCAAACCTCTGTCTGGAGTGTTAGAGGTATTTCATGATAGCT
AAGAACTTGAATCTTGCACTACTTAGCTACACTAGATTACTTCATAGTAAATAACTTGGGGAGTGGGGGAAGGTGCTGGGNTATTATTCCCTTCTCATCG
ATGGTCTAGATGTGCGAGGTGACTCTCATTGAGG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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evidence: Northern
references
[1] Kutter C, Schob H, Stadler M, Meins F Jr, Si-Ammour A, Plant Cell. 19:2417-2429(2007)., "MicroRNA-mediated regulation of stomatal development in Arabidopsis"
CCTCGAGTTGTCTTTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGATTTTTTGTTTGCACCGTTCACCCCACTTTCAATCTGTAGTGAGTATTAAGGAAAATAG
CTTGTTCAACATATCACACTACTCTTTTAGAAACAATACTATATTTTAGATGCTTTTCCAGCTTGATATACGTTGTTTTGTTATGTATATCTGTATTATC
CCGGCTACCAAAACGTTAAGAAATAAGGTGAACATCCTAAAACCTGCATCCAATTAGAAAGGTCTAGGTCACAGATATTACTTGTTATCTCTTGATTAAG
CTATTTTATTTCTATCAGCATGATCAGATCATTCAGGAGTTAAGTATAAACTAAAATACATTAAGTCCATTCATGACATTTCTGGATGCTGCATACATAA
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AAGAACTTGAATCTTGCACTACTTAGCTACACTAGATTACTTCATAGTAAATAACTTGGGGAGTGGGGGAAGGTGCTGGGNTATTATTCCCTTCTCATCG
ATGGTCTAGATGTGCGAGGTGACTCTCATTGAGG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD bol-miR824: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR824: 0 |
Identical with: bol-miR824 from PMRD (MNEST048392) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
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evidence: Northern
references
[1] Kutter C, Schob H, Stadler M, Meins F Jr, Si-Ammour A, Plant Cell. 19:2417-2429(2007)., "MicroRNA-mediated regulation of stomatal development in Arabidopsis"
