miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse

Species belonging to selected taxon:

Agrostis stolonifera, Oryza sativa, Avena barbata, Avena sativa, Cynodon dactylon, Eragrostis curvula, Festuca arundinacea, Festuca pratensis, Hordeum vulgare, Hordeum vulgare subsp. spontaneum, Leymus cinereus x Leymus triticoides, Lolium perenne, Panicum virgatum, Pseudoroegneria spicata, Saccharum hybrid cultivar CoS 767, Saccharum hybrid cultivar SP70-1143, Saccharum officinarum, Sorghum propinquum, Triticum monococcum, Triticum turgidum subsp. durum, Cenchrus ciliaris, Brachypodium distachyon, Zea mays, Triticum aestivum, Sorghum bicolor



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST004046
species: Oryza sativa
miRNA family: MIRf10
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
CTCAAAAGATTCGTCTCGCGA

miRNA*
GCGAGACGAATTTTTTAAGCC

mismatches: 2
bulges: 0

View larger
pre-miRNA
TTAACCCATGTCACATCGGATGTTTGGACGCTAATTTAGAGTATTAAACATGGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAGAGCTAATCCGCGAGACG
AATTTTTTAAGCC
TAATTAATCCATAATTATCAAAAGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAAATCATGGCGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGA
ATTAGTCCAAGCTTATGAAATGGGTTATGTAATTAGTGTATGTTTAATACTCCAAATTAGTGTCCAAACATCCGATGTGACAGGGACTT


dot-bracket secondary structure
....(((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((((.....((((.(((((((((.((.((.(((((.(((((((((
((((((((.((.(
((((((..((((.(((..........((.(((......))).))....))).))))..))))))).)).))))))))))))))))).
)))))))))...))))))))).)))).....)))))).)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))....



SIMILARITIES
miRBase osa-MIR445a: 7e-88

PMRD osa-miR445a: 7e-88

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits
most similar mature miRNAs

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record





Liczniki na strone;