ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
miRNA family: MIR839
source: PMRD, original name: ath-miR839
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TACCAACCTTTCATCGTTCCC miRNA* GAACGCATGAGAGGTTGGTAAA mismatches: 0 bulges: 1 |
pre-miRNA
CTCACTCATGTGAGCAGAAAGAGTAGCATGATATTTTCTTCAAGGTCTTTACCAACCTTTCATCGTTCCCTTCTTTGCAATAACGCTGTTTTGCAAAACC
GTGATAGTGCTGAGCCGATGAGCCTCTAATGAAATTATAGACTCATCGGCTCAGGACCATTGCGGTTGTGCAAAACGGTGTTATTGCTGAGAAGGGAACG
CATGAGAGGTTGGTAAAGACCTCAATGGAATCTTATGGTACTCTTTTTGCTCACATGAGTGAGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
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deep sequencing data evidence
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
CTCACTCATGTGAGCAGAAAGAGTAGCATGATATTTTCTTCAAGGTCTTTACCAACCTTTCATCGTTCCCTTCTTTGCAATAACGCTGTTTTGCAAAACC
GTGATAGTGCTGAGCCGATGAGCCTCTAATGAAATTATAGACTCATCGGCTCAGGACCATTGCGGTTGTGCAAAACGGTGTTATTGCTGAGAAGGGAACG
CATGAGAGGTTGGTAAAGACCTCAATGGAATCTTATGGTACTCTTTTTGCTCACATGAGTGAGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase ath-MIR839: 2e-149 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: ath-MIR839 from miRBase (MNEST040162) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
