ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
source: PMRD, original name: ath-miRf10336-akr
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TACTCGACCTCAGGGTCGAGTGGT miRNA* CACTCGGCCTCGGGGTCGAGTGAT mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTGAAGACACTCGGCCTCGGGGTCGAGTGATGTGGTCGAGTGATTGTCAGGTGGTGGAGGTGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGTGGTCGAGT
GTCTCTCCTGATGGTACTCGGCCAGGCGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTGGTGATGTCTTCTACTCGACCTGGTGGTCGAATGGTCTGTTGAGGTCTTGAA
GCTTCTACTCGACCTCAGGGTCGAGTGGTTTGAC
dot-bracket secondary structure
((.(((.(((((((((..((((((((((.....(..((..((((..((((((((((((((......((((..((((((.(.((((.((.(.(((((((((
..(((....)).)..))))))))).))).)))).)..))))))..)))).......))))))))..))))))..))))..))..)....(((((......
))))).))))))))))..))))))))).))).))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
download this record
GTGAAGACACTCGGCCTCGGGGTCGAGTGATGTGGTCGAGTGATTGTCAGGTGGTGGAGGTGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATGTGGTCGAGT
GTCTCTCCTGATGGTACTCGGCCAGGCGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTGGTGATGTCTTCTACTCGACCTGGTGGTCGAATGGTCTGTTGAGGTCTTGAA
GCTTCTACTCGACCTCAGGGTCGAGTGGTTTGAC
dot-bracket secondary structure
((.(((.(((((((((..((((((((((.....(..((..((((..((((((((((((((......((((..((((((.(.((((.((.(.(((((((((
..(((....)).)..))))))))).))).)))).)..))))))..)))).......))))))))..))))))..))))..))..)....(((((......
))))).))))))))))..))))))))).))).))
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ath-miRf10334-akr: 2e-124 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR854: 0.0002 |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
download this record
