ABOUT THIS RECORDspecies: Citrus sinensis
source: PMRD, original name: csi-miR156b
Taxonomy by NCBI:
Citrus sinensis Citrus Rutaceae Sapindales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGACAGAAGAGAGAGAGCAC miRNA* AATCTCCATATCACATGTTACA mismatches: 9 bulges: 2 |
pre-miRNA
GTAAATTAAAATCTCCATATCACATGTTACATTATGCACAGGCTACATTCTGGAAAGACATTTTCATAAAGTTATAAATCAAAATCATATGGACTTTTTC
AAATCAAGAAATTAATTTCAAGCTGGTAAGCTTGATGAAAGGCAAACTTTAACAACAAACCAACATTCTAGTCTTGAGAATAAGTTCATTGCAGCAGGAT
TTTCAAGAAGAGAATCCAGAATTATTATATGGAAAGATAACAACCTCTTAGTGACTTACTACTCCCAATGAAAGGGAATTGTTTGAGGGGTATCACTGGC
TGCGGACCCATCATATCCCAAATGAAACACTCCAGGGCAATGAACATTATCATCCTGATCACTGGATACCAGAACAGATTCCATGGGCTCTACACTGTGA
TTATGCAGGCTTGTGCCCAAGGACCGCACCAGTGGCATTGAACTAGGCGGCATCATTTGGCTCAAACTGATACCAGATGTCTGTGTTGTTGGTGATGACA
GAAGAGAGAGAGCAC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase sbi-MIR156d: 0.000007 PMRD sbi-miR156d: 0.000007 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
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