ABOUT THIS RECORDspecies: Glycine max
miRNA family: MIR167
source: PMRD, original name: gma-miR167c
Taxonomy by NCBI:
Glycine max Glycine Phaseoleae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGAAGCTGCCAGCATGATCTG miRNA* GGTCATCTTGCAGCTTCAAT mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTTGAGAGGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTAAATCACATACTTTTTTTTTTCTCACCTCTCATGCCTAATTTTTAAGCACCAGTCATTAGAGAAAAT
AATGGTGAAAAATCCATCTATTCAATTTTTTTTTTCAAATTCAAGGTTTCCAGTATGTATCACTAATGGTGAAAAAAGTGATGGAATTTTGTAGAACATG
GGTTAAATTTACTTTTTTTTTTTTTGAGTTTTCATTTTCTTCAAGTTTCTGAGCCAAGAAATAAAAGAGACTTATAAATTGGAATTAATACTTAAAGGAA
ACCCACCAGAAGGGCAATTTGGTTATCATAAGATGTGGTTTCCATCAGGTCATCTTGCAGCTTCAATCACTCAAT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
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deep sequencing data evidence
references
[1] Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
TTTGAGAGGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTAAATCACATACTTTTTTTTTTCTCACCTCTCATGCCTAATTTTTAAGCACCAGTCATTAGAGAAAAT
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase gma-MIR167c: 2e-156 PMRD ppl-miR167b: 0.000000000001 microPC miR167: 0.00002 | UniProt no hits RFAM MIR167_1: 0.000000000006 |
MOREmiRNEST target predictions
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references
[1] Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
