ABOUT THIS RECORDspecies: Physcomitrella patens
miRNA family: MIR536
source: PMRD, original name: ppt-miR536d
Taxonomy by NCBI:
Physcomitrella patens Physcomitrella Funariaceae Funariales Funariidae Bryopsida Moss Superclass V Bryophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAAC miRNA* AGCCGCAGTTTGGCACGAAGC mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
AGGGTGCATTCCAAGTGCCGTCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCACGAAGCCCTTTCTCCTGCCGCTACTGTTTTGTTAGTCAGGTTTGCAGCGTGTCTCG
ATATAGTGGTGTGCTTCCGTTGCTATCCTTTCCCTCCAGGTAGGAATTCTGTGGCAAACTAGTGGTTGGTTCGCTTATCAAGTTGCAGTCCTTCATACCT
TGATTTTGAATTACTGCAGTCACACCCTTCTTGTCGGCAGTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTCCTACCGACTGCACTGACTGCAGAAAGTCGAAGCAATGGA
GGTGTCGTTGCATTTTCCTCATAGTTTTGCTAGCTTCTACTTCTGGGTTGATGTTGAACCCACTCCACCCACTTGTAGCGGAAAGATGTTAGAATTTCGT
GCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGGTTTGTTACTTCAAATCCAC
dot-bracket secondary structure
.((((((((.....))))..((((((((..(((((((((((((((((((..((..(((..(((((((((((.(((..((.((.((.....)).)).))))
).))))))))).)).((((((((..((((..((.....)).)))).....((((.......((((..((((((..(((((.((((((((..((((.....
......))))..))))))).)..((((.........((((((............(((((((.....))).)))).))))))...((((.(((((...(((
(((((....))))))))....(((.....)))))))).))))..))))))))).))))))....))))))))..))))))))..)).)..))..))))))
))))))))))).))..)))))))).............))))..
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
download this record
references
[1] Axtell MJ, Snyder JA, Bartel DP, Plant Cell. 19:1750-1769(2007)., "Common functions for diverse small RNAs of land plants"
AGGGTGCATTCCAAGTGCCGTCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCACGAAGCCCTTTCTCCTGCCGCTACTGTTTTGTTAGTCAGGTTTGCAGCGTGTCTCG
ATATAGTGGTGTGCTTCCGTTGCTATCCTTTCCCTCCAGGTAGGAATTCTGTGGCAAACTAGTGGTTGGTTCGCTTATCAAGTTGCAGTCCTTCATACCT
TGATTTTGAATTACTGCAGTCACACCCTTCTTGTCGGCAGTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTCCTACCGACTGCACTGACTGCAGAAAGTCGAAGCAATGGA
GGTGTCGTTGCATTTTCCTCATAGTTTTGCTAGCTTCTACTTCTGGGTTGATGTTGAACCCACTCCACCCACTTGTAGCGGAAAGATGTTAGAATTTCGT
GCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGGTTTGTTACTTCAAATCCAC
dot-bracket secondary structure
.((((((((.....))))..((((((((..(((((((((((((((((((..((..(((..(((((((((((.(((..((.((.((.....)).)).))))
).))))))))).)).((((((((..((((..((.....)).)))).....((((.......((((..((((((..(((((.((((((((..((((.....
......))))..))))))).)..((((.........((((((............(((((((.....))).)))).))))))...((((.(((((...(((
(((((....))))))))....(((.....)))))))).))))..))))))))).))))))....))))))))..))))))))..)).)..))..))))))
))))))))))).))..)))))))).............))))..
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ppt-miR536b: 3e-17 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
download this record
references
[1] Axtell MJ, Snyder JA, Bartel DP, Plant Cell. 19:1750-1769(2007)., "Common functions for diverse small RNAs of land plants"
