miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse
Home
Browse miRNAs
Deep-seq predictions
Mirtrons
miRNA genes
Degradomes
Download
Upload
Contact
Species belonging to selected taxon:
Persea americana
,
Actinidia chinensis
,
Actinidia deliciosa
,
Actinidia eriantha
,
Adiantum capillus-veneris
,
Agrostis stolonifera
,
Allium cepa
,
Amborella trichopoda
,
Antirrhinum majus
,
Aquilegia formosa x Aquilegia pubescens
,
Arachis duranensis
,
Oryza sativa
,
Arachis hypogaea
,
Arachis ipaensis
,
Aristolochia fimbriata
,
Avena barbata
,
Avena sativa
,
Barnadesia spinosa
,
Beta vulgaris
,
Botryococcus braunii
,
Brassica napus
,
Brassica oleracea var. alboglabra
,
Brassica rapa
,
Cichorium intybus
,
Citrus aurantium
,
Citrus reticulata
,
Citrus sinensis
,
Citrus unshiu
,
Coccomyxa sp. C-169
,
Coffea canephora
,
Cryptomeria japonica
,
Cucumis melo subsp. melo
,
Curcuma longa
,
Cycas rumphii
,
Cynodon dactylon
,
Dioscorea alata
,
Elaeis guineensis
,
Eragrostis curvula
,
Eschscholzia californica
,
Eucalyptus globulus
,
Eucalyptus gunnii
,
Euonymus alatus
,
Euphorbia esula
,
Fagus sylvatica
,
Festuca arundinacea
,
Festuca pratensis
,
Fragaria vesca
,
Fragaria x ananassa
,
Fraxinus excelsior
,
Gerbera hybrid cultivar
,
Glycine soja
,
Glycyrrhiza uralensis
,
Gnetum gnemon
,
Gossypium arboreum
,
Gossypium hirsutum
,
Gossypium raimondii
,
Guizotia abyssinica
,
Helianthus argophyllus
,
Helianthus ciliaris
,
Helianthus exilis
,
Helianthus paradoxus
,
Helianthus petiolaris
,
Helianthus tuberosus
,
Hevea brasiliensis
,
Hordeum vulgare
,
Hordeum vulgare subsp. spontaneum
,
Humulus lupulus
,
Ipomoea batatas
,
Jatropha curcas
,
Juglans hindsii x Juglans regia
,
Lactuca perennis
,
Lactuca saligna
,
Lactuca sativa
,
Lactuca serriola
,
Lactuca virosa
,
Leymus cinereus x Leymus triticoides
,
Limnanthes alba
,
Linum usitatissimum
,
Liriodendron tulipifera
,
Lolium perenne
,
Lotus japonicus
,
Manihot esculenta
,
Medicago sativa
,
Mesembryanthemum crystallinum
,
Mesostigma viride
,
Mimulus guttatus
,
Mimulus guttatus var. nasutus
,
Mimulus lewisii
,
Musa ABB Group
,
Nicotiana benthamiana
,
Nicotiana langsdorffii x Nicotiana sanderae
,
Nicotiana tabacum
,
Nuphar advena
,
Ocimum basilicum
,
Panax ginseng
,
Panicum virgatum
,
Papaver somniferum
,
Parthenium argentatum
,
Paullinia cupana var. sorbilis
,
Petunia axillaris subsp. axillaris
,
Phaseolus acutifolius
,
Phaseolus coccineus
,
Picea abies
,
Bicyclus anynana
,
Picea engelmannii x Picea glauca
,
Picea glauca
,
Picea sitchensis
,
Pinus banksiana
,
Pinus contorta
,
Pinus pinaster
,
Pinus taeda
,
Pisum sativum
,
Populus deltoides
,
Populus euphratica
,
Populus nigra
,
Populus tremula
,
Populus tremula x Populus alba
,
Populus tremula x Populus tremuloides
,
Populus tremuloides
,
Populus trichocarpa x Populus nigra
,
Populus x canadensis
,
Prunus armeniaca
,
Prunus persica
,
Pseudoroegneria spicata
,
Pseudotsuga menziesii var. menziesii
,
Quercus petraea
,
Quercus robur
,
Raphanus raphanistrum
,
Raphanus raphanistrum subsp. landra
,
Raphanus raphanistrum subsp. maritimus
,
Raphanus sativus
,
Raphanus sativus var. oleiformis
,
Saccharum hybrid cultivar CoS 767
,
Saccharum hybrid cultivar SP70-1143
,
Saccharum officinarum
,
Salvia miltiorrhiza
,
Saruma henryi
,
Solanum habrochaites
,
Solanum lycopersicum
,
Solanum melongena
,
Solanum pennellii
,
Solanum torvum
,
Sorghum propinquum
,
Striga hermonthica
,
Tamarix hispida
,
Taraxacum kok-saghyz
,
Taraxacum officinale
,
Thellungiella halophila
,
Theobroma cacao
,
Trifolium pratense
,
Triphysaria pusilla
,
Triphysaria versicolor
,
Triticum monococcum
,
Triticum turgidum subsp. durum
,
Tropaeolum majus
,
Vitis shuttleworthii
,
Volvox carteri
,
Welwitschia mirabilis
,
Zamia vazquezii
,
Zingiber officinale
,
Zinnia violacea
,
Bruguiera gymnorhiza
,
Cajanus cajan
,
Carica papaya
,
Capsicum annuum
,
Carthamus tinctorius
,
Catharanthus roseus
,
Cenchrus ciliaris
,
Centaurea maculosa
,
Centaurea solstitialis
,
Cicer arietinum
,
Cichorium endivia
,
Artemisia annua
,
Brachypodium distachyon
,
Citrus clementina
,
Helianthus annuus
,
Glycine max
,
Arabidopsis thaliana
,
Acropora millepora
,
Zea mays
,
Mus musculus
,
Sus scrofa
,
Bos taurus
,
Danio rerio
,
Ciona intestinalis
,
Rattus norvegicus
,
Triticum aestivum
,
Drosophila melanogaster
,
Xenopus laevis
,
Oryzias latipes
,
Gallus gallus
,
Salmo salar
,
Caenorhabditis elegans
,
Canis lupus familiaris
,
Physcomitrella patens
,
Ictalurus punctatus
,
Ovis aries
,
Branchiostoma floridae
,
Bombyx mori
,
Aedes aegypti
,
Oncorhynchus mykiss
,
Gasterosteus aculeatus
,
Pimephales promelas
,
Aplysia californica
,
Lottia gigantea
,
Solanum tuberosum
,
Gadus morhua
,
Alvinella pompejana
,
Schistosoma mansoni
,
Ixodes scapularis
,
Vigna unguiculata
,
Hydra vulgaris
,
Macaca fascicularis
,
Litopenaeus vannamei
,
Anolis carolinensis
,
Trichosurus vulpecula
,
Papio anubis
,
Paracentrotus lividus
,
Ictalurus furcatus
,
Lepeophtheirus salmonis
,
Homo sapiens
,
Vitis vinifera
,
Medicago truncatula
,
Acyrthosiphon pisum
,
Sorghum bicolor
,
Culex quinquefasciatus
,
Chlamydomonas reinhardtii
,
Saccoglossus kowalevskii
,
Nematostella vectensis
,
Anopheles gambiae
,
Dendroctonus ponderosae
,
Daphnia pulex
,
Nasonia vitripennis
,
Strongylocentrotus purpuratus
,
Brassica oleracea
,
Petromyzon marinus
,
Drosophila simulans
,
Oreochromis niloticus
,
Molgula tectiformis
,
Schistosoma japonicum
,
Helobdella robusta
,
Petrolisthes cinctipes
,
Taeniopygia guttata
,
Populus trichocarpa
,
Aphis gossypii
,
Clytia hemisphaerica
,
Ciona savignyi
,
Phaseolus vulgaris
,
Ricinus communis
,
Ipomoea nil
,
Ancylostoma caninum
,
Tetranychus urticae
,
Glossina morsitans morsitans
,
Peromyscus maniculatus bairdii
,
Fundulus heteroclitus
,
Choristoneura fumiferana
,
Sparus aurata
,
Spodoptera frugiperda
,
Amphimedon queenslandica
,
Halocynthia roretzi
,
Heliothis virescens
,
Crassostrea gigas
,
Patiria pectinifera
,
Ascaris suum
,
Dicentrarchus labrax
,
Biomphalaria glabrata
,
Heterorhabditis bacteriophora
,
Rhipicephalus microplus
,
Brachionus plicatilis
,
Pongo abelii
,
Locusta migratoria
,
Acropora palmata
,
Phlebotomus papatasi
,
Mytilus californianus
,
Anemonia viridis
,
Penaeus monodon
,
Ursus americanus
,
Drosophila sechellia
,
Drosophila auraria
,
Artemia franciscana
,
Pristionchus pacificus
,
Nilaparvata lugens
,
Equus caballus
,
Dissostichus mawsoni
,
Osmerus mordax
,
Euprymna scolopes
,
Pleurobrachia pileus
,
Antheraea assama
,
Drosophila pseudoobscura
,
Oryctolagus cuniculus
,
Macaca nemestrina
,
Anoplopoma fimbria
,
Cyprinus carpio
,
Teleopsis dalmanni
,
Montastraea faveolata
,
Lutzomyia longipalpis
,
Caenorhabditis japonica
,
Esox lucius
,
Squalus acanthias
,
Caligus rogercresseyi
,
Leucoraja erinacea
,
Taenia solium
,
Nasonia giraulti
,
Homarus americanus
,
Caenorhabditis brenneri
,
Bombus terrestris
,
Metridium senile
,
Rana catesbeiana
,
Myzus persicae
,
Strongyloides ratti
,
Drosophila willistoni
,
Brugia malayi
,
Takifugu rubripes
,
Cynops pyrrhogaster
,
Trichinella spiralis
,
Meloidogyne hapla
,
Heterodera glycines
,
Eptatretus burgeri
,
Sebastes caurinus
,
Drosophila ananassae
,
Solenopsis invicta
,
Drosophila virilis
,
Drosophila erecta
,
Misgurnus anguillicaudatus
,
Perca flavescens
,
Paralabidochromis chilotes
,
Drosophila grimshawi
,
Ceratitis capitata
,
Hippoglossus hippoglossus
,
Spodoptera littoralis
,
Peregrinus maidis
,
Ambystoma tigrinum tigrinum
,
Meloidogyne incognita
,
Caenorhabditis remanei
,
Samia cynthia ricini
,
Lumbricus rubellus
,
Cavia porcellus
,
Drosophila mojavensis
,
Danaus plexippus
,
Bos indicus
,
Rhipicephalus appendiculatus
,
Cochliomyia hominivorax
,
Rutilus rutilus
,
Anopheles stephensi
,
Diabrotica virgifera virgifera
,
Meleagris gallopavo
,
Trichinella pseudospiralis
,
Tubifex tubifex
,
Haematobia irritans irritans
,
Eriocheir sinensis
,
Papilio xuthus
,
Onychiurus arcticus
,
Lonchura striata domestica
,
Poecilia reticulata
,
Mnemiopsis leidyi
,
Rhodnius prolixus
,
Carcinus maenas
,
Bos sp.
,
Polypedilum vanderplanki
,
Onchocerca volvulus
,
Ostrinia nubilalis
,
Lernaeocera branchialis
,
Macropus eugenii
,
Caligus clemensi
,
Peromyscus polionotus subgriseus
,
Nippostrongylus brasiliensis
,
Laupala kohalensis
,
Oncorhynchus tshawytscha
,
Frankliniella occidentalis
,
Capra hircus
,
Daphnia magna
,
Suberites domuncula
,
Paralichthys olivaceus
,
Psetta maxima
,
Gammarus pulex
,
Trichoplusia ni
,
Meloidogyne chitwoodi
,
Pan troglodytes verus
,
Spadella cephaloptera
,
Globodera rostochiensis
,
Lymnaea stagnalis
,
Lates calcarifer
,
Porites astreoides
,
Calanus finmarchicus
,
Strongyloides stercoralis
,
Oncorhynchus nerka
,
Gryllus bimaculatus
,
Sebastes rastrelliger
,
Oscarella carmela
,
Drosophila yakuba
,
Thymallus thymallus
,
Ancylostoma ceylanicum
,
Solea senegalensis
,
Epiphyas postvittana
,
Callinectes sapidus
,
Peripatopsis sedgwicki
,
Fenneropenaeus chinensis
,
Coregonus clupeaformis
,
Aiptasia pallida
,
Torpedo californica
,
Thunnus thynnus
,
Cynoglossus semilaevis
,
Salvelinus fontinalis
,
Schmidtea mediterranea
,
Apis mellifera
,
Tribolium castaneum
,
Macaca mulatta
,
Populus trichocarpa x Populus deltoides
ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST053384
species:
Populus trichocarpa
source:
PMRD, original name:
ptc-miRf11562-akr
Taxonomy by NCBI:
Populus trichocarpa
Populus
Saliceae
Salicaceae
Malpighiales
fabids
rosids
core eudicotyledons
eudicotyledons
Magnoliophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
GTCGGTAACTACCGACGGAA
miRNA*
CTGTCGGTAGTTACCGACTG
mismatches:
1
bulges:
0
View larger
pre-miRNA
CTGTAATTTA
GTCGGTAACTACCGACGGAA
ATTTTCCATCGGTAGTTACCGACTGAATTACGGACGGAAAATGGT
CTGTCGGTAGTTACCGACTG
AATTA
CAG
dot-bracket secondary structure
((((((((((
(((((((((((((((((((.
(((((((.((.((((((........)))))).)).)))))))..)
))))))))))))))))))))
)))))
)))
SIMILARITIES
miRBase
no hits
PMRD
ptc-miRf11563-akr
:
1e-40
microPC
no hits
UniProt
no hits
RFAM
no hits
Identical with:
ptc-miRf11563-akr
from PMRD (
MNEST053385
)
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
download this record